Wissenschaftler / Bioinformatiker (m/w/d)

Uniklinikum Jena; Jena; On-site; EUR 60,000 - 90,000; Full time

Benefits offered by this job

Betriebliches Gesundheitsmanagement

Team Events

Kantinen / Cafeterien

Job summary

Das Universitätsklinikum Jena sucht eine/n Bioinformatiker/in mit Schwerpunkt DevOps zur Entwicklung und Pflege von Analysepipelines für NGS-Daten. Sie arbeiten an bioinformatischen Workflows, automatisieren Deployments und betreiben DevOps-Tools in einer Linux-basierten Umgebung.

Sie bringen Kenntnisse in Linux, Git, CI/CD, Containerisierung (Podman) und Cloud-Technologien mit. Eine enge Zusammenarbeit mit der IT-Abteilung ist vorgesehen, um robuste, skalierbare Lösungen zu liefern.

Qualifications

• Abgeschlossenes Studium in Bioinformatik, Informatik oder vergleichbarer Fachrichtung.
• Sicherer Umgang mit mindestens einer Programmiersprache; bestehender Code muss unabhängig von KI-Werkzeugen entwickelt, verstanden, geprüft und weiterentwickelt werden können.
• Gute Linux-Kenntnisse und Kommandozeile; Bash/Shell-Skripte.
• Sicherer Umgang mit Git und Kollaborationsplattformen (GitLab, GitHub, Bitbucket).
• Verständnis moderner Softwareentwicklungs- und DevOps-Prozesse; Erfahrung in CI/CD, Containerisierung, Automatisierung, Linux-Administration, Monitoring/Logging, Netzwerkgrundlagen, Cloud, IaC, DevSecOps.
• Grundlegendes Verständnis molekulargenetischer Zusammenhänge bzw. Bereitschaft, sich intensiv einzuarbeiten.
• Gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift.
• Ausgeprägte Zuverlässigkeit, Genauigkeit und Verantwortungsbewusstsein.
• Selbstständige, strukturierte und lösungsorientierte Arbeitsweise sowie gute Kommunikationsfähigkeiten.

Responsibilities

• Aufbau, Weiterentwicklung und Pflege von Software- und Analysepipelines zur Verarbeitung von NGS-Daten.
• Entwicklung, Implementierung und Validierung bioinformatischer Workflows.
• Automatisierung von Analyse-, Test- und Deployment-Prozessen sowie Weiterentwicklung der Entwicklungs- und Betriebsumgebungen.
• Einsatz moderner DevOps-Strukturen, einschließlich Versionsverwaltung, CI/CD, Containerisierung, Monitoring und automatisierter Bereitstellung.
• Administration und technischer Betrieb Linux-basierter Serversysteme und bioinformatischer Anwendungen.
• Ansprechpartner für Hard- und Software-diagnostische Systeme in Zusammenarbeit mit der internen IT.
• Analyse, Verarbeitung und Interpretation großer genomischer Datensätze.

Skills

Linux-Umgang & Shell

Git & Kollaborationsplattformen

CI/CD

Containerisierung (Podman)

Automatisierung

Linux-Serveradministration

Monitoring & Logging

Netzwerkgrundlagen

Cloud-Technologien

Infrastructure as Code

Security/DevSecOps

Englischkenntnisse

Bioinformatik-Grundverständnis

Education

Bioinformatik/Informatik oder vergleichbare Fachrichtung

Tools

GitLab

Podman

Job description

Das sind Ihre Aufgaben:

• Aufbau, Weiterentwicklung und Pflege von Software und Analysepipelines zur Verarbeitung von Next-Generation-Sequencing-(NGS)-Daten
• Entwicklung, Implementierung und Validierung bioinformatischer Workflows für wissenschaftliche und diagnostische Fragestellungen
• Automatisierung von Analyse-, Test- und Deployment-Prozessen sowie Weiterentwicklung der hierfür eingesetzten Entwicklungs- und Betriebsumgebungen
• Einsatz und Integration moderner DevOps-Strukturen, insbesondere für Versionsverwaltung, CI/CD, Containerisierung, Monitoring und automatisierte Bereitstellung von Anwendungen
• Administration und technische Betreuung Linux-basierter Serversysteme und bioinformatischer Anwendungen
• Verantwortung für Hard- und Software diagnostikrelevanter Systeme und Geräte in enger Zusammenarbeit mit der klinikinternen IT-Abteilung
• Analyse, Verarbeitung und Interpretation großer genomischer Datensätze im wissenschaftlichen und diagnostischen Kontext
• Dokumentation von Software, Analyseworkflows und technischen Prozessen unter Berücksichtigung der Anforderungen eines diagnostischen Umfelds

Darauf kommt es uns an:

• erfolgreich abgeschlossenes Studium der Bioinformatik, Informatik oder einer vergleichbaren Fachrichtung
• sicherer und selbstständiger Umgang mit mindestens einer Programmiersprache; vorhandener Code soll unabhängig von KI-gestützten Werkzeugen entwickelt, verstanden, geprüft und weiterentwickelt werden können
• gute Kenntnisse im Umgang mit Linux-Systemen und der Kommandozeile sowie Erfahrung mit Bash/Shell-Skripten
• sicherer Umgang mit Git und Erfahrung mit einer Plattform zur kollaborativen Softwareentwicklung, z. B. GitLab, GitHub oder Bitbucket
• Verständnis moderner Softwareentwicklungs- und DevOps-Prozesse sowie Erfahrung in mehreren der folgenden Bereiche:
• CI/CD: automatisiertes Bauen, Testen und Bereitstellen von Software, z. B. mit GitLab CI/CD, GitHub Actions oder Jenkins
• Containerisierung: insbesondere Podman bzw. vergleichbare Containertechnologien
• Automatisierung: Automatisierung wiederkehrender Analyse-, Test-, Deployment- und Administrationsaufgaben
• Linux- und Serveradministration
• Monitoring und Logging: z. B. Prometheus, Grafana oder ELK
• Netzwerkgrundlagen: insbesondere DNS, HTTP/HTTPS, TCP/IP und Reverse Proxies
• Cloud-Technologien: z. B. AWS, Microsoft Azure oder Google Cloud
• Infrastructure as Code: z. B. Terraform oder Ansible
• Security/DevSecOps: Berücksichtigung von Sicherheitsaspekten innerhalb von Entwicklungs-, Test- und Deployment-Prozessen
• grundlegendes Verständnis molekulargenetischer Zusammenhänge bzw. die Bereitschaft, sich intensiv in diese einzuarbeiten
• gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift
• ausgeprägte Zuverlässigkeit und Genauigkeit sowie ein hohes Verantwortungsbewusstsein
• selbstständige, strukturierte und lösungsorientierte Arbeitsweise sowie gute kommunikative Fähigkeiten

Nicht alle der folgenden Kenntnisse werden vorausgesetzt. Erfahrungen in einzelnen Bereichen sind jedoch von Vorteil:

• Kenntnisse in der objektorientierten Softwareentwicklung
• Erfahrung mit weiteren Programmiersprachen und Skriptsprachen, z. B. Java, Python, R, PHP oder Perl
• Kenntnisse in Webtechnologien und Frameworks, z. B. Laravel/PHP, React, jQuery oder in einem vergleichbaren bzw. moderneren Technologie-Stack
• Erfahrung mit Workflow-Sprachen und Workflow-Management-Systemen, z. B. WDL
• Kenntnisse relationaler Datenbanksysteme, insbesondere MySQL/MariaDB
• Erfahrung im Umgang mit großen Datenmengen und entsprechenden Speicher- und Datenmanagementkonzepten
• Kenntnisse in paralleler bzw. verteilter Datenverarbeitung
• Erfahrung mit NGS-Analysepipelines und gängigen bioinformatischen Werkzeugen
• Erfahrung im molekulargenetischen bzw. humangenetischen Diagnostikumfeld

Wir bieten Ihnen noch mehr:

• Teamvielfalt mit gemeinsamer Haltung: Zusammenarbeit mit unterschiedlichsten Berufsgruppen und Persönlichkeiten – verbunden durch Verantwortungsbewusstsein, Pragmatismus und den gemeinsamen Auftrag, die Versorgung am UKJ zu unterstützen.
• Begegnung & Austausch im Alltag: Mehrere Cafeterien als soziale Treffpunkte für kurze Pausen, Austausch über Berufsgrenzen hinweg und kleine Auszeiten im Arbeitsalltag.
• Stabilität mit Sinn: Öffentlicher Arbeitgeber mit verlässlichen Strukturen, transparenten Rahmenbedingungen und dem guten Gefühl, Teil von etwas gesellschaftlich Relevantem zu sein.
• Gesundheit & Wohlbefinden: Betriebliches Gesundheitsmanagement, Präventions- und Sportangebote sowie regelmäßige Team Events

Kennziffer: 298/2026

* Befristet für einen Zeitraum von 2 Jahren mit Option auf Verlängerung.

Unabhängig von Herkunft, Alter, Geschlecht oder Behinderung – bei uns am Universitätsklinikum Jena sind Sie willkommen.