Lead Computational Biologist — Spatial Transcriptomics

SciLifeLab Group; Mississippi; On-site; USD 52,000 - 60,000; Full time

Job summary

Göteborgs universitet söker en mycket motiverad forskare med bakgrund inom encellsgenomik och spatial transkriptomik till Dr. Joan Camuñas forskargrupp.

Projektet kräver tvärvetenskapligt arbete och utveckling av metoder för att studera humana pankreasvävnadssnitt genom Slice-seq. Forskaren kommer att integrera data från spatiala transkriptomik och bilddata, samt bidra till experimentella genomiska arbetsflöden och dekonvolution av celltyper.

Qualifications

• Doktorsexamen inom ett relevant forskningsområde (t.ex. bioinformatik, molekylärbiologi eller matematik).
• Vara mycket motiverad, proaktiv och noggrann.
• Förmåga att arbeta både självständigt och i grupp.
• Erfarenhet av analys av spatial transkriptomik och encellsgenomiska data.
• Erfarenhet av beräkningsmässig integration av spatial transkriptomik med bilddata eller kvantitativ bildanalys.
• Erfarenhet av programmering i R och/eller Python samt Bash och arbete i HPC-miljöer med arbetsflödeshanterare såsom Snakemake eller Nextflow.
• Erfarenhet av analys av encellsgenomiska data från pankreas eller pankreasöar är meriterande.
• Erfarenhet av analys av cellfritt RNA, genidentifiering eller dekonvolution av celltyper är meriterande.
• Erfarenhet av experimentella genomiska metoder, inklusive RNA-extraktion och biblioteksberedning, är meriterande.
• Tidigare erfarenhet av automatiserad vätskehanteringsutrustning är meriterande.
• God förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska är ett krav.

Responsibilities

• Utveckla och genomföra beräkningsanalyser av spatiala transkriptomikdata.
• Integrera spatiala transkriptomikdata med bilddata, inklusive högupplöst kalciumavbildning.
• Analysera encells- och enkelkärne-RNA-sekvenseringsdata (scRNA-seq och snRNA-seq).
• Integrera data från olika genomiska modaliteter, inklusive spatial transkriptomik och snRNA-seq.
• Analysera cellfritt RNA, inklusive dekonvolution av celltyper och genidentifiering.
• Utveckla och underhålla reproducerbara beräkningsarbetsflöden för analys av genomiska data.
• Utföra encellsprotokoll med hjälp av automatiserad vätskehanteringsutrustning med hög kapacitet.
• Utföra RNA-extraktion och beredning av NGS-bibliotek.
• Leda projektet, presentera resultat vid gruppmöten och konferenser samt skriva vetenskapliga artiklar baserade på forskningsresultaten.
• Bidra till handledning och mentorskap av juniora medarbetare.

Skills

Spatial transcriptomics

Single-cell genomics

R

Python

Bash

Snakemake

Nextflow

Engelska

Teamwork

Education

Doktorsexamen

Job description

Göteborgs universitet söker en mycket motiverad forskare med bakgrund inom encellsgenomik och spatial transkriptomik till Dr. Joan Camuñas forskargrupp.

Projektet kräver tvärvetenskapligt arbete och utveckling av metoder för att studera humana pankreasvävnadssnitt genom Slice-seq. Forskaren kommer att integrera data från spatiala transkriptomik och bilddata, samt bidra till experimentella genomiska arbetsflöden och dekonvolution av celltyper.