Researcher

SciLifeLab Group; Mississippi; Presencial; USD 52.000 - 60.000; Jornada completa

Descripción de la vacante

Göteborgs universitet söker en mycket motiverad forskare med bakgrund inom encellsgenomik och spatial transkriptomik till Dr. Joan Camuñas forskargrupp.

Projektet kräver tvärvetenskapligt arbete och utveckling av metoder för att studera humana pankreasvävnadssnitt genom Slice-seq. Forskaren kommer att integrera data från spatiala transkriptomik och bilddata, samt bidra till experimentella genomiska arbetsflöden och dekonvolution av celltyper.

Formación

• Doktorsexamen inom ett relevant forskningsområde (t.ex. bioinformatik, molekylärbiologi eller matematik).
• Vara mycket motiverad, proaktiv och noggrann.
• Förmåga att arbeta både självständigt och i grupp.
• Erfarenhet av analys av spatial transkriptomik och encellsgenomiska data.
• Erfarenhet av beräkningsmässig integration av spatial transkriptomik med bilddata eller kvantitativ bildanalys.
• Erfarenhet av programmering i R och/eller Python samt Bash och arbete i HPC-miljöer med arbetsflödeshanterare såsom Snakemake eller Nextflow.
• Erfarenhet av analys av encellsgenomiska data från pankreas eller pankreasöar är meriterande.
• Erfarenhet av analys av cellfritt RNA, genidentifiering eller dekonvolution av celltyper är meriterande.
• Erfarenhet av experimentella genomiska metoder, inklusive RNA-extraktion och biblioteksberedning, är meriterande.
• Tidigare erfarenhet av automatiserad vätskehanteringsutrustning är meriterande.
• God förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska är ett krav.

Responsabilidades

• Utveckla och genomföra beräkningsanalyser av spatiala transkriptomikdata.
• Integrera spatiala transkriptomikdata med bilddata, inklusive högupplöst kalciumavbildning.
• Analysera encells- och enkelkärne-RNA-sekvenseringsdata (scRNA-seq och snRNA-seq).
• Integrera data från olika genomiska modaliteter, inklusive spatial transkriptomik och snRNA-seq.
• Analysera cellfritt RNA, inklusive dekonvolution av celltyper och genidentifiering.
• Utveckla och underhålla reproducerbara beräkningsarbetsflöden för analys av genomiska data.
• Utföra encellsprotokoll med hjälp av automatiserad vätskehanteringsutrustning med hög kapacitet.
• Utföra RNA-extraktion och beredning av NGS-bibliotek.
• Leda projektet, presentera resultat vid gruppmöten och konferenser samt skriva vetenskapliga artiklar baserade på forskningsresultaten.
• Bidra till handledning och mentorskap av juniora medarbetare.

Conocimientos

Spatial transcriptomics

Single-cell genomics

R

Python

Bash

Snakemake

Nextflow

Engelska

Teamwork

Educación

Doktorsexamen

Descripción del empleo

Diarienummer PAR 2026/772

Göteborgs universitet möter samhällets utmaningar med mångsidig kunskap. 58 000 studenter och 6800 medarbetare gör universitetet till en stor och inspirerande arbetsplats. Stark forskning och attraktiva utbildningar lockar forskare och studenter från hela världen. Med ny kunskap och nya perspektiv bidrar Göteborgs universitet till en bättre framtid.

På institutionen för biomedicin bedrivs forskning och undervisning inom prekliniska och kliniska medicinska ämnen. Institutionen är indelad i följande fyra avdelningar: infektionssjukdomar, mikrobiologi och immunologi, medicinsk kemi och cellbiologi samt laboratoriemedicin. För närvarande har institutionen cirka 315 medarbetare och cirka 450 Mkr i omsättning.

Vi söker en mycket motiverad och engagerad forskare med bakgrund inom encellsgenomik och spatial transkriptomik till Dr. Joan Camuñas forskargrupp. Forskargruppen arbetar i gränslandet mellan genomik, biofysik och precisionsmedicin. Vårt mål är att utveckla experimentella och beräkningsbaserade metoder för att identifiera molekylära mekanismer som leder till dysfunktionella celltillstånd vid mänskliga sjukdomar (www.camunaslab.org).

Projektet kräver ett omfattande tvärvetenskapligt arbete inom spatialbiologi, bildanalys, encellsbiologi och genomik. Forskargruppen är en del av Wallenberg Centre for Molecular and Translational Medicine (WCMTM) och SciLifeLab vid Göteborgs universitet och har nära samarbeten med ett brett nätverk av internationella forskare.

Kandidaten kommer att bidra till att vidareutveckla de beräkningsmässiga delarna av Slice-seq, en ny metod för att studera humana pankreasvävnadssnitt genom att kombinera högupplöst kalciumavbildning med spatial transkriptomik. Forskaren kommer att utveckla metoder för att förbättra analysen av spatiala transkriptomikdata och integrera bilddata med transkriptomik. Forskaren kommer även att bidra till beräkningsanalys av cellfritt RNA vid diabetes, inklusive genidentifiering och dekonvolution av celltyper. Även om projektets huvudsakliga fokus är beräkningsbaserat förväntas kandidaten också bidra till experimentella arbetsflöden inom genomik, inklusive provbearbetning, nukleinsyraextraktion, biblioteksberedning och användning av automatiserade vätskehanteringssystem i laboratoriet.

• Utveckla och genomföra beräkningsanalyser av spatiala transkriptomikdata.
• Integrera spatiala transkriptomikdata med bilddata, inklusive högupplöst kalciumavbildning.
• Analysera encells- och enkelkärne-RNA-sekvenseringsdata (scRNA-seq och snRNA-seq).
• Integrera data från olika genomiska modaliteter, inklusive spatial transkriptomik och snRNA-seq.
• Analysera cellfritt RNA, inklusive dekonvolution av celltyper och genidentifiering.
• Utveckla och underhålla reproducerbara beräkningsarbetsflöden för analys av genomiska data.
• Utföra encellsprotokoll med hjälp av automatiserad vätskehanteringsutrustning med hög kapacitet.
• Utföra RNA-extraktion och beredning av NGS-bibliotek.
• Leda projektet, presentera resultat vid gruppmöten och konferenser samt skriva vetenskapliga artiklar baserade på forskningsresultaten.
• Bidra till handledning och mentorskap av juniora medarbetare.

Kvalifikationer

Ideala Kandidater Bör Ha Följande Kvalifikationer

• Doktorsexamen inom ett relevant forskningsområde (t.ex. bioinformatik, molekylärbiologi eller matematik).
• Vara mycket motiverad, proaktiv och noggrann.
• Förmåga att arbeta både självständigt och i grupp.
• Erfarenhet av analys av spatial transkriptomik och encellsgenomiska data
• Erfarenhet av beräkningsmässig integration av spatial transkriptomik med bilddata eller kvantitativ bildanalys.
• Erfarenhet av programmering i R och/eller Python samt Bash och arbete i HPC-miljöer med arbetsflödeshanterare såsom Snakemake eller Nextflow.
• Erfarenhet av analys av encellsgenomiska data från pankreas eller pankreasöar är meriterande.
• Erfarenhet av analys av cellfritt RNA, genidentifiering eller dekonvolution av celltyper är meriterande.
• Erfarenhet av experimentella genomiska metoder, inklusive RNA-extraktion och biblioteksberedning, är meriterande.
• Tidigare erfarenhet av automatiserad vätskehanteringsutrustning är meriterande.
• God förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska är ett krav.

Anställning

Anställningen är på heltid, tidsbegränsad 8 månader, och med placering tills vidare vid Institutionen för biomedicin. Tillträde sker enligt överenskommelse.

Kontaktuppgifter för anställningen

Har du frågor om anställningen är du välkommen att kontakta Dr. Joan Camuñas Soler, [e-mail]

Ansökan ska vara inkommen senast 2026-10-28

Universitetet arbetar aktivt för en arbetsmiljö med jämställda förhållanden och sätter värde på de kvalitéer mångfald tillför verksamheten.

Universitetet tillämpar individuell lönesättning.

Enligt Riksarkivets föreskrifter är universitetet skyldigt att förvara ansökningshandlingar i två år efter tillsättningsbeslutet. Om du som sökande till en anställning särskilt begär tillbaka dina handlingar återsänds de när de två åren har förflutit, i annat fall kommer de att gallras ut.