Research Engineer in Molecular Biology

Uppsala Universitet; Uppsala kommun; On-site; SEK 424,000 - 536,000; Full time

Job summary

Uppsala universitet söker en Forskningsingenjör i Molekylär Biologi av Kolorektal Cancer vid Institutionen för immunologi, genetik och patologi i Uppsala.

Arbetet fokuserar på utveckling av spatiala och molekylära metoder samt analys av tumörceller och metastaser, med möjlighet att delta i publikationer och mentorskap av studenter.

Qualifications

• Mins MSc i molekylär biologi eller liknande.
• Djup förståelse för RNA-seq och spatialt upplöst RNA-seq.
• Tidigare erfarenhet av mikrofluidik, mikroskopi och scRNA-seq.
• God muntlig och skriftlig kommunikation samt erfarenhet av vetenskaplig artikelskrivning.

Responsibilities

• Använda nya molekylärbiologiska metoder för att analysera storskalig, spatialt upplöst RNA-seq och bilddata.
• Arbeta nära forskare med dataanalys och inom core-faciliteter.
• Samordna insatser mellan flera organisationer.
• Delta i manuskript inför publicering och presentera vid konferenser.
• Assistera i mentorskap av studenter.

Skills

Kommunikation

Projektledning

Mentorskap

Education

MSc i molekylär biologi

Tools

RNA-seq

Spatialt transcriptomik

Immunohistokemi

Job description

Forskningsingenjör i Molekylär Biologi av Kolorektal Cancer

Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl. a cancer, genetiska och autoimmuna sjukdomar. En av de bärande tankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed främja en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom sex forskningsprogram: cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten. Institutionen omsätter omkring 550 miljoner kronor, varav ca två tredjedelar är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 400, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 850 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.uu.se/medarbetare/institution/immunologi-genetik-och-patologi

Vickovic labb fokuserar på att utveckla nya verktyg inom ”digital patologi” för att följa sjukdomsförlopp, i syfte att identifiera translationellt relevanta målmolekyler för läkemedel och behandlingar i kohorter av human vävnad. Teamet utnyttjar tekniker såsom spatial transkriptomik, encellssekvensering och maskininlärning. Ett särskilt fokusområde för laboratoriet är utvecklingen av verktyg för spatial genomik som möjliggör manipulation av mycket komplexa interaktioner vid kolorektalcancer. I synnerhet skulle en förståelse av de inneboende (intrinsika) och yttre (extrinsika) orsaksmekanismerna bakom övergångar mellan olika tumörcelltillstånd kunna bana väg för bättre behandlingar. En systematisk analys av sådana mekanismer försvåras dock av behovet av att utföra, skala upp och validera funktionella experiment. Under senare år har mitt team varit pionjärer inom flera banbrytande tekniker: (i) en integrerad metod för samtidig encellsprofilering och organoidmodellering av tumörer, inklusive matchade prover från frisk vävnad, primärtumörer och metastaser; (ii) manipulation av dessa med hjälp av storskalig, kombinatorisk CRISPR-teknik; samt (iii) kartläggning av tumörens spatiala mikromiljö med hjälp av spatial transkriptomik med hög upplösning. Inom ramen för detta projekt kommer kandidaten att få arbeta med genomikbaserade funktionella screeningar i kombination med spatial profilering av mikromiljön vid kolorektalcancer, i syfte att identifiera de yttre och inneboende faktorer som styr plasticiteten hos metastaserande stamceller samt deras tillståndsspecifika sårbarheter.

Arbetsuppgifter

• Använda nya molekylärbiologiska metoder för att integrera och analysera storskalig, spatialt upplöst RNA-seq, genotypisk och bild data med hjälp av den senaste tekniken.
• Arbeta nära forskare med dataanalys bakgrund och inom core-faciliteter och förstå arbetet med den data som genereras.
• Samordna insatser mellan flera organisationer.
• Aktivt delta i utförandet av manuskript inför publicering och presentera vid vetenskapliga konferenser.
• Assistera i mentorskap av studenter.

Kvalifikationskrav

• Minst MSc i molekylär biologi, bioteknik, forensisk vetenskap, genteknik, eller liknande.
• Fördjupad konceptuell eller teknisk förståelse av moderna molekylära tekniker av hög kapacitet inom biovetenskap (RNA-seq, spatialt upplöst RNA-seq, immunohistokemi).
• Tidigare erfarenhet av mikrofluidik, mikroskopi, scRNA-seq och spatialt upplöst RNA- eller DNA-seq.
• Krav på att vara duktig på muntlig och skriftlig kommunikation, dokumentation av data och på att presentera.
• Krav på att ha erfarenhet av att skriva vetenskapliga artiklar för publicering.
• Projekt- och teamledningsfärdigheter krävs inklusive men inte begränsat till bioprovdokumentation och etiska tillstånd för uttag från biobanker.

Önskvärt/meriterande i övrigt

• Tekniska och professionella färdigheter: Konsekvent uppvisande av förmågor och kunskaper som är relevanta för nuvarande roll; strävar efter att utöka sina tekniska och professionella färdigheter både på djupet och bredden; arbetar med en hög nivå av integritet; uppvisar fokus och disciplin; prioriterar på lämpligt sätt; hanterar förväntningar och levererar åtaganden.
• Samarbetsförmåga och kommunikativ: Bra på samarbeten och lagarbete; tar fram det bästa i andra; arbetar effektivt på alla nivåer, både internt och externt; respekterar och omfamnar mångfald; kommunicerar tydligt och lyssnar noga; använder ett gott omdöme om vad som ska kommuniceras och när det ska göras.
• Anpassningsbar och innovativ: Anpassningsbar och omfamnar förändring; utvecklar nya insikter och strävar efter förbättringar och effektivitet; främjar utbyte av nya idéer och är villig att utmana status quo; tar initiativ och är lösningsorienterad; arbetar med passion och nyfikenhet.

Om anställningen

• Anställningen är tidsbegränsad, 12 månader.
• Omfattningen är heltid.
• Tillträde enligt överenskommelse.
• Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Sanja Vickovic, [e-mail]

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 500 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.

Fackliga företrädare: Saco-S - [e-mail], Seko - [e-mail], ST (OFR/S) - [e-mail]

Anställningsform Särskild visstidsanställning

Anställningens omfattning

Tillträde

Tillträde enligt överenskommelse

Löneform Individuell lönesättning

Antal lediga befattningar

Sysselsättningsgrad