Postdoctoral position

Uppsala Universitet; Uppsala kommun; On-site; SEK 420,000 - 480,000; Full time

Benefits offered by this job

Lönereglering enligt UU

Job summary

Uppsala universitet söker en postdoktor som kommer att utveckla genetiskt definierade leukemi-cellinjemodeller för att undersöka hur TP53-förändringar påverkar cellbeteende och kliniskt relevanta fenotyper. Projektet integrerar genomredigering, cancerbiologi och högkoncentrerad bildanalys.

Du bidrar till läkemedelsresponsprofilering, multiomikdata och utveckling av maskininlärningsmodeller. Placering är i Uppsala och anställningen är tidsbegränsad i 2 år med möjlighet till förlängning.

Qualifications

• Doktorsexamen i relevant disciplin krävs.
• Erfarenhet av däggdjurscellkultur och leukemimodeller.
• Genomik och/eller transkriptomik samt multi-omik-integrering ses som meriterande.

Responsibilities

• Leda TP53-arbetspaketet, inklusive val av varianter och cellmodeller.
• Planera och optimera protokoll och beräkningsarbetsflöden.
• Säkerställa datakvalitet, dokumentation och reproducerbarhet samt bidra till manuskript och metodbeskrivningar.
• Samarbeta med kliniker, bioinformatiker och molekylärgenetiker; handledning av master- och doktorandstudenter.

Skills

CRISPR/Cas-genomredigering

Däggdjurscellkultur

Genomik/Transkriptomik

Publikationshistorik

Självständigt arbete

Education

Doktorsexamen i relevant biologi

Job description

Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl. a cancer, genetiska och autoimmuna sjukdomar. En av de bärande tankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed främja en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom sex forskningsprogram: cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten. Institutionen omsätter omkring 550 miljoner kronor, varav ca två tredjedelar är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 400, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 850 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.uu.se/medarbetare/institution/immunologi-genetik-och-patologi

Arbetsbeskrivning

Postdoktorn kommer att utveckla innovativa och genetiskt definierade leukemi-cellinjemodeller för att undersöka hur specifika TP53-förändringar påverkar cellbeteende och kliniskt relevanta fenotyper. Projektet kommer att integrera genomredigering, funktionell cancerbiologi, läkemedelsresponsprofilering, högkoncentrerad avbildning och kvantitativ dataanalys.

Huvuduppgifter

• Generera isogena leukemi-cellinjemodeller som bär kliniskt relevanta TP53-förändringar med hjälp av CRISPR/Cas-baserad genomredigering.
• Etablera modeller som representerar distinkta alleltillstånd, inklusive vildtyp, heterozygot mutation, homozygot mutation, förlust av heterozygositet och TP53-nolltillstånd.
• Definiera effekten av TP53-genotypen på proliferation, konkurrenskraftig kondition, cellcykelkontroll, apoptos, senescensliknande fenotyper, DNA-skadesvar, genomisk stabilitet och stressanpassning.
• Bedöm hur TP53-förändringar påverkar känslighet och resistens mot kliniskt relevanta terapier, inklusive kemoterapi, hypometylerande medel, venetoklaxbaserade kombinationer, DNA-skadande medel, bestrålning och nya riktade behandlingar.
• Bidra till metodutveckling för att tillämpa Cell Painting på suspensionsceller och till maskininlärningsmodeller för klassificering av TP53-varianter.

Omfattning av arbetsuppgifter

Ungefär 70–80 % experimentellt/våtlabbarbete, 20–30 % dataanalys, modellering och manuskriptförberedelse; den exakta balansen kan anpassas till kandidatens profil och projektbehov.

Handledning

Postdoktorn kommer att vetenskapligt handledas av PI(erna) för leukemi/TP53-programmet och kommer att samarbeta nära med seniora bioinformatiker, kliniker och molekylärgenetiker; de kan samhandleda master-/doktorandstudenter i det dagliga laboratorie- och analysarbetet.

Specifikt ansvar/beslutsbefogenheter

• Leda planering av experiment och analyser inom TP53-arbetspaketet, inklusive val av varianter, cellmodeller och sammansatta förhållanden.
• Fatta självständiga beslut om optimering av protokoll, funktionsval och beräkningsmässiga arbetsflöden, i samråd med projektledaren.
• Säkerställa datakvalitetskontroll, dokumentation och reproducerbarhet, och ta en ledande roll i att utarbeta manuskript, presentationer och metodbeskrivningar för detta projekt.

Kvalifikationer

• Doktorsexamen i molekylärbiologi, cellbiologi, cancerbiologi, hematologi, genetik, genomik eller en relaterad disciplin. Examen måste vara avlagd vid tidpunkten för anställningsbeslutet. Prioritet ges till sökande som har avlagt sin examen högst tre år före ansökningsdatumet. På grund av särskilda omständigheter kan examen ha avlagts tidigare. Treårsperioden kan förlängas på grund av omständigheter som sjukfrånvaro, föräldraledighet, arbetsuppgifter inom fackföreningar etc.
• Dokumenterad erfarenhet av cellkultur från däggdjur, helst inklusive hematopoetiska eller leukemimodeller och funktionella analyser (läkemedelsrespons, apoptos, DNA-skador etc.).
• Kännedom om NGS-baserad genomik eller transkriptomik (variantanrop, RNA-sekvensering, encells- eller bulkanalyser) och integration av multiomikdata är mycket önskvärt.
• Utmärkt publikationshistorik i förhållande till karriärstadiet, med minst en förstaförfattarartikel som involverar kvantitativ eller bildbaserad analys.
• Stark problemlösningsförmåga, förmåga att arbeta självständigt och motivation att driva ett tvärvetenskapligt projekt i gränssnittet mellan leukemibiologi och beräkningsanalys.
• Samarbetsförmåga, god kommunikationsförmåga och vilja att arbeta nära våtlaboratorie-, kliniska och beräkningsmässiga partners.
• Hög grad av noggrannhet, noggrannhet och entusiasm för att utveckla nya analysmetoder och omsätta resultat till precisionsmedicin vid leukemi.

Meriterande

• Goda kunskaper inom cancerbiologi, helst inklusive leukemi, hematopoes, p53-biologi eller funktionell genomik.
• Praktisk erfarenhet av CRISPR/Cas-genomredigering eller relaterade gentekniktekniker.
• Erfarenhet av funktionella analyser såsom viabilitetsanalyser, proliferationsanalyser, apoptosanalyser, cellcykelanalyser, DNA-skadeanalyser eller läkemedelsresponsexperiment.

Om anställningen

Anställningen är tidsbegränsad i 2 år enligt centralt kollektivavtal med möjlighet till 1 års förlängning. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av:

Thierry Soussi, [e-mail], Panagiotis Baliakas, [e-mail]

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 500 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.

Fackliga företrädare: Saco-S - [e-mail], Seko - [e-mail], ST (OFR/S) - [e-mail]

Anställningsform Tidsbegränsad anställning

Anställningen avslutas

Anställningens omfattning

Tillträde

Tillträde enligt överenskommelse

Löneform Individuell lönesättning

Antal lediga befattningar

Sysselsättningsgrad

Referensnummer