PhD student position in Bioinformatics/Evolutionary Microbiology

Uppsala Universitet; Uppsala kommun; On-site; SEK 335,000 - 402,000; Full time

Job summary

Uppsala universitet söker en mycket motiverad doktorand till projektet om en två miljarder år lång historia av infektioner och värdanpassning hos tidiga gammaproteobakterier. Anställningen är tidsbegränsad och heltid vid Biomedicinskt centrum i Uppsala, med bred internationell forskningsmiljö.

Arbetet innefattar att samla genomdata, rekonstruera evolutionen, undersöka horisontell genöverföring och analysera gemensamma egenskaper hos DIG och Legionella under ledning av projektet finansierat av

Qualifications

• Behörig till utbildning på forskarnivå inom relevanta områden.
• Dokumenterade programmeringskunskaper i Python eller R.
• Kunskap om metagenomik och molekylär evolution.

Responsibilities

• Samla in DIG-genom och rekonstruera evolutionär historia.
• Bedöma metabola potential och identifiera Gener för värdanpassning.
• Analysera HR evolutionen inom Legionella och Tillhörande släkten.

Skills

Python

R

Metagenomik

Molekylär evolution

Education

Avancerad examen i bioinformatik

240 hp med 60 hp på avancerad nivå inkl. självständigt arbete

Tools

HPC-pipelines

Job description

Doktorandplats inom bioinformatik/evolutionär mikrobiologi

Uppsala universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi

Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning. Forskningen vid IMBIM spänner över biokemi, molekylär- och cellbiologi, strukturbiologi, tumörbiologi, jämförande genetik, funktionsgenomik, immunologi, bakteriologi och virologi. Forskningen är grundvetenskapligt inriktad med stark relevans för mekanismer bakom hälsa och sjukdom hos både djur och människa. Mer information: Forskning – Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi – Uppsala universitet

Vi söker en mycket motiverad doktorand till projektet ”En två miljarder år lång historia av infektioner: evolution av värdanpassning hos tidiga gammaproteobakterier”, finansierat av Vetenskapsrådet och lett av Lionel Guy. Doktoranden kommer att vara placerad vid Biomedicinskt centrum (BMC) i Uppsala.

Projektbeskrivning

Förmågan att livnära sig på andra organismer genom fagocytos är ett avgörande steg i eukaryoternas evolution och en förutsättning för näringsvävar, flercellighet och förmodligen även förvärvet av mitokondrier. Den banade också väg för intracellulär parasitism, då vissa bakterier undgick att brytas ned av sina värdar och i stället förökade sig i den näringsrika cytoplasman.

Här fokuserar vi på djupt förgrenade intracellulära gammaproteobakterier (Deep-branching Intracellular Gammaproteobacteria, DIG), en stor grupp av besläktade bakterier (t.ex. Legionella och Francisella) med en stor variation av strategier för värdanpassning. Vår hypotes är att DIG:s senaste gemensamma förfader uppstod under eukaryogenesen för två miljarder år sedan och var bland de första bakterierna att infektera eukaryoter.

I projektet kommer doktoranden att samla in ett gediget urval av DIG-genom, inklusive isolat från 30 nya Legionella-arter, rekonstruera deras evolutionära historia, bedöma deras metabola potential och identifiera deras gener för värdanpassning. Doktoranden kommer att söka igenom genomen efter horisontell genöverföring från tidiga eukaryoter eller Asgard-arkéer, och särskilt analysera evolutionen inom släktet Legionella.

En bättre förståelse av relationerna mellan de första eukaryoterna och deras tidiga inkräktare kommer att kasta ljus över eukaryogenesen, och särskilt över fagocytosens roll.

Kvalifikationskrav

Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• avlagt examen på avancerad nivå inom bioinformatik, molekylärbiologi, mikrobiologi, mikrobiell ekologi eller närliggande område eller
• fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Examen ska vara avlagd, eller förväntas vara avlagd, före mars 2027.

• Dokumenterade programmeringskunskaper i Python eller R.
• Erfarenhet av att använda och/eller utveckla metoder inom metagenomik och molekylär evolution
• Grundläggande förståelse för och intresse av mikrobiell evolution
• Goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift
• Förmåga att självständigt planera, genomföra och slutföra forskningsprojekt
• Kreativitet och god samarbetsförmåga

Önskvärt/meriterande i övrigt

• Erfarenhet av att bygga pipelines för högpresterande beräkningskluster (HPC)
• Kompetens i hantering av stora datamängder
• Erfarenhet av DNA-extraktion och framställning av sekvenseringsbibliotek

Urvalet baseras på följande kriterier: uppfyllande av ovanstående kvalifikationer, betyg i relevanta kurser, kursernas relevans för forskningsprogrammet samt tidigare erfarenhet av arbete och forskning inom det vidare område som projektet berör. En samlad bedömning av den sökande görs för att anställa den bästa möjliga kandidaten, som kan tillgodogöra sig forskarutbildningen och bidra till en positiv utveckling av forskningsprogrammet. Stor vikt läggs vid personliga egenskaper såsom analytisk förmåga, noggrannhet, flexibilitet och samarbetsförmåga.

Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 500 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.

Fackliga företrädare: Saco-S - [e-mail], Seko - [e-mail], ST (OFR/S) - [e-mail]

Anställningsform Tidsbegränsad anställning

Anställningens omfattning

Tillträde

Tillträde Enligt överenskommelse

Löneform Enligt lokalt avtal

Antal lediga befattningar

Sysselsättningsgrad

Referensnummer