Bioinformatiker – Klinisk Genomik & NGS i framkant

Karolinska University Hospital; Solna kommun; On-site; SEK 650,000 - 900,000; Full time

Job summary

Karolinska Universitetssjukhuset söker en bioinformatiker till GMCK med fokus på storskalig DNA/RNA-sekvensering och precision diagnostics.

Du arbetar i ett multidisciplinärt team och levererar analyser till kliniska och forskningsprojekt, utvecklar flöden i Nextflow/HPC-miljöer och bidrar till kontinuerlig förbättring.

Kvalifikationen inkluderar master eller civilingenjör inom bioinformatik samt goda kunskaper i Python/R och engelska.

Qualifications

• Magister- eller civilingenjörsexamen inom bioinformatik, bioteknik, biomedicin eller annat relevant område.
• Dokumenterad erfarenhet av bioinformatorisk dataanalys kopplad till storskalig DNA/RNA-sekvensering (NGS)
• Goda programmeringskunskaper (t.ex. Python, R)
• Vana att arbeta i Linux-miljö
• Erfarenhet av arbete i HPC-miljö, gärna med SLURM
• Kunskaper i Nextflow eller liknande ramverk för automatisering av beräkningsanalyser
• Mycket god förmåga att uttrycka dig på engelska, både muntligt och skriftligt

Responsibilities

• Ansvara för leveranser av NGS-analyser till våra användare
• Hantera förfrågningar från användare samt hjälpa till vid felsökning av bioinformatiska flöden
• Bidra till kontinuerlig förbättring, validering och utveckling av våra bioinformatiska NGS-flöden
• Analysera patientprover inom externa forskningsprojekt och kliniska implementationsprojekt
• Delta i teamets dagliga arbete samt bidra till ett väl fungerande arbetsflöde
• Delta i tvärvetenskapliga möten och samarbeten inom Genomic Medicine Sweden (GMS)

Skills

Python

R

Linux

Nextflow

SLURM

Engelska

Education

Magister- eller civilingenjörsexamen inom bioinformatik/bioteknik/biomedicin

Tools

Nextflow

SLURM

Job description

Karolinska Universitetssjukhuset söker en bioinformatiker till GMCK med fokus på storskalig DNA/RNA-sekvensering och precision diagnostics.

Du arbetar i ett multidisciplinärt team och levererar analyser till kliniska och forskningsprojekt, utvecklar flöden i Nextflow/HPC-miljöer och bidrar till kontinuerlig förbättring.

Kvalifikationen inkluderar master eller civilingenjör inom bioinformatik samt goda kunskaper i Python/R och engelska.