Bioinformatiker/systemingenjör till Klinisk genomik, Region Örebro

Region Örebro län; Örebro kommun; On-site; SEK 446,400 - 669,600; Full time

Job summary

En offentlig hälsoorganisation i Örebro söker en bioinformatiker/systemingenjör till enheten klinisk genomik. Du kommer arbeta med installation och konfiguration av bioinformatiska pipelines samt systemintegration. Vi söker en person med teknisk eller naturvetenskaplig utbildning som har erfarenhet av NGS-datahantering. Tjänsten är en tidsbegränsad anställning i två år.

Qualifications

• Teknisk eller naturvetenskaplig utbildning, gärna på civilingenjörs-, master- eller forskarnivå.
• Erfarenhet av installation och konfiguration av analyspipelines i Linuxmiljö.
• Praktisk erfarenhet av NGS-datahantering och bioinformatiska analyser.

Responsibilities

• Installera och konfigurera bioinformatiska pipelines.
• Tekniskt stödja anslutning av regioner till Nationella Genomikplattformen.
• Arbeta med containerteknik och automatisering.

Skills

Installation av bioinformatiska pipelines

NGS-datahantering

Systemintegration

Projektledaregenskaper

Education

Civilingenjör, master eller doktorsexamen inom bioinformatik eller relaterat

Tools

Linux

Nextflow

Snakemake

Job description

Bioinformatiker/systemingenjör till Klinisk genomik, Region Örebro

Vill du jobba i gränslandet mellan forskning och klinisk tillämpning och bidra till framtidens precisionsmedicin?

Vi söker en bioinformatiker/systemingenjör till Enheten klinisk genomik på Kliniskt forskningscentrum, Region Örebro län. Vid enheten samlas utveckling inom next generation sequencing (NGS) för klinisk diagnostik och nationella satsningar baserade på genomik såsom Genomic Medicine Sweden (GMS). GMS samordnar på nationell nivå införandet av precisionsmedicin och banar väg för bättre diagnostik, vård och behandling i Sverige. Region Örebro län och Örebro universitet utgör en del av GMS genom Genomiskt medicincentrum Örebro (GMC Örebro) och har i uppgift att bidra till att utföra bred gensekvensering av patientprover inom sjukvården.

Som bioinformatiker/systemingenjör kommer du att arbeta med tekniska och bioinformatiska moment kopplade till den Nationella Genomikplattformen (NGP), GMS:s nationella satsning för säker lagring, analys och delning av genetisk data.

Dina arbetsuppgifter kommer bland annat innefatta:

• installation, konfigurering och driftsättning av bioinformatiska pipelines utvecklade inom GMS
• att tekniskt stödja och genomföra anslutning av regioner till NGP, inklusive systemintegration och anpassning av lokala miljöer
• arbete med containerteknik, versionshantering och automatisering för robust och reproducerbar drift
• medverkan i utveckling, optimering och testning av pipelines och NGS-arbetsflöden
• samverkan med nationella arbetsgrupper för att möjliggöra snabb och tillförlitlig identifiering och typning av mikroorganismer med NGS

Kvalifikationer:

Vi söker dig med teknisk eller naturvetenskaplig utbildning, gärna på civilingenjörs-, master- eller forskarnivå inom bioinformatik, datateknik, bioteknik eller annan relevant disciplin.

Du bör ha:

• erfarenhet av installation, konfigurering och driftsättning av analyspipelines i Linuxmiljö
• praktisk erfarenhet av NGS-datahantering och bioinformatiska analyser
• förmåga att arbeta med systemintegration och tekniska lösningar vid anslutning av externa miljöer till en central plattform
• goda projektledaregenskaper, såsom förmåga att planera, koordinera och driva tekniska uppdrag i samverkan med flera aktörer, både lokalt och nationellt

Meriterande:

• erfarenhet av molnbaserade eller klusterbaserade beräkningsmiljöer
• arbete med pipeline-ramverk som Nextflow eller Snakemake
• erfarenhet av större nationella, distribuerade eller forskningsnära projekt

Arbetet sker i nära samarbete med forskare, molekylärbiologer, medicinskt ansvariga läkare och biomedicinska analytiker, både lokalt och nationellt. Vi förutsätter därför god samarbetsförmåga samt mycket goda kunskaper i svenska och engelska i tal och skrift.

Vi lägger stor vikt vid personliga egenskaper.

*Allmän visstid

Visstidanställning 2 år. Tillträde enligt överenkommelse.

Vi har gjort vårt medieval för denna rekrytering och undanber oss därför erbjudanden om annonserings- och rekryteringshjälp i samband med denna annonsering.