Bioinformatiker till GMCK

Karolinska University Hospital; Stockholms kommun; On-site; SEK 520,000 - 700,000; Full time

Benefits offered by this job

Multidisciplinär arbetsmiljö

Utvecklingsmöjligheter

Världens bästa sjukhus

Job summary

Karolinska Universitetssjukhuset söker en bioinformatiker till GMCK för att stödja storskaliga DNA/RNA‑analyser i klinisk diagnostik. Du arbetar i ett tvärdisciplinärt team tillsammans med läkare, molekylärbiologer och mjukvaruutvecklare för att leverera kliniskt relevanta resultat.

Du bidrar till kontinuerlig förbättring, validering och automatisering av analysflöden, och kommer att delta i samarbeten såsom Genomic Medicine Sweden.

Qualifications

• Magister- eller civilingenjörsexamen inom bioinformatik eller närliggande område.
• Dokumenterad erfarenhet av bioinformatisk dataanalys kopplad till storskalig DNA/RNA-sekvensering (NGS).
• Goda programmeringskunskaper (Python, R).
• Vana att arbeta i Linux-miljö.
• Erfarenhet av HPC-miljö, gärna med SLURM.
• Kunskap i Git.
• Kunskaper i Nextflow eller liknande ramverk.
• Mycket god engelska i tal och skrift.

Responsibilities

• Ansvara för leveranser av NGS-analyser till användare.
• Hjälpa till vid felsökning av bioinformatiska flöden.
• Delta i validering och utveckling av NGS-flöden.
• Analysera patientprover i externa forsknings- och kliniska projekt.
• Bidra till ett väl fungerande arbetsflöde och tvärvetenskapliga möten.

Skills

Python

R

Linux

SLURM

Git

Nextflow

Engelska

Education

Magister-/civilingenjörsexamen inom bioinformik/bioteknik/biomedicin

NGS-dataanalys erfarenhet

Tools

Docker

Singularity

Job description

Kvalifikationer

Vill du arbeta i absolut framkant av den molekylära precisionsdiagnostiken? Vi söker en bioinformatiker för att stärka den pågående implementeringen av storskalig DNA-sekvensering inom sjukvården. Kom och arbeta hos oss med den senaste tekniken på ett av världens mest avancerade sjukhus!

Du erbjuds

• En spännande multidisciplinär arbetsmiljö där ditt dagliga arbete gör stor skillnad för ett stort antal patienter
• Stor möjlighet att utvecklas i din roll och ta dig an nya arbetsuppgifter över tid
• Möjligheten att arbeta på ett av världens bästa sjukhus med vård i framkant

Självklart får du också ta del av våra generella förmåner som Karolinska Universitetssjukhuset erbjuder dig.

Om tjänsten

Tjänsten är placerad vid Genomic Medicine Center Karolinska (GMCK), som är en del av Medicinsk diagnostik Karolinska (MDK). GMCK ansvarar för att tillhandahålla storskaliga och avancerade genomikanalyser till samtliga laboratoriemedicinska specialiteter inom MDK. Vårt uppdrag är att möjliggöra precisionsdiagnostik genom högkvalitativa genetiska analyser med fokus på klinisk relevans och teknisk spetskompetens.

Du bidrar till arbetet i ett multidisciplinärt team tillsammans med läkare, molekylärbiologer, andra bioinformatiker och mjukvaruutvecklare inom sjukhuset samt med forskningsinfrastrukturen Clinical Genomics vid Science for Life laboratoriet (SciLifeLab) och forskargrupper på Karolinska Institutet.

I Rollen Kommer Du Bland Annat Att

• Ansvara för leveranser av NGS analyser till våra användare
• Hantera förfrågningar från användare samt hjälpa till vid felsökning av vår bioinformatiska flöden
• Bidra till kontinuerlig förbättring, validering och utveckling av våra bioinformatiska NGS flöden
• Analysera patientprover inom externa forskningsprojekt och kliniska implementationsprojekt
• Delta i teamets dagliga arbete samt bidra till ett väl fungerande arbetsflöde.
• Delta i tvärvetenskapliga möten och samarbeten, exempelvis inom Genomic Medicine Sweden (GMS).

Vi söker dig som

• är strukturerad och planerar, organiserar och prioriterar ditt arbete effektivt, med fokus på tillförlitliga kliniska leveranser
• har god problemlösande analysförmåga och kan analysera komplexa frågeställningar, identifiera problem och hitta lösningar
• har god samarbetsförmåga och trivs med att arbeta tillsammans med olika professioner och kompetenser
• är initiativtagande och tar ansvar för att driva arbetet framåt samt bidrar till förbättring och utveckling
• har god muntlig kommunikationsförmåga och kommunicerar tydligt samt anpassar din kommunikation efter situation och mottagare.

Vi lägger stor vikt vid personlig lämplighet.

Kvalifikationer

Krav

• Magister- eller civilingenjörsexamen inom bioinformatik, bioteknik, biomedicin eller annat relevant område.
• Dokumenterad erfarenhet av bioinformatisk dataanalys kopplad till storskalig DNA/RNA-sekvensering (NGS)
• Goda programmeringskunskaper (t.ex. Python, R)
• Vana att arbeta i Linux-miljö
• Erfarenhet av arbete i HPC-miljö, gärna med SLURM
• Kunskap i versionshantering (Git)
• Kunskaper i Nextflow eller liknande ramverk för automatisering av beräkningsanalyser
• Mycket god förmåga att uttrycka dig på engelska, både muntligt och skriftligt

Meriterande

• Erfarenhet av arbete i klinisk sjukhusmiljö, nära genetik eller patologi, inom ackrediterad verksamhet (t.ex. ISO 15189)
• Erfarenhet av automatiserad testning, CI och strukturerad kod
• Erfarenhet av containerteknologier (t.ex. Singularity, Docker)
• Erfarenhet av utveckling och arbete i kvalitetssäkrade miljöer
• Fördjupade kunskaper inom human genomik, speciellt kopplat till RNA- och metyleringsanalys med tillämpningar inom sällsynta diagnoser
• Kunskaper inom hälsoinformatik och standardiserade datamodeller (t.ex HL7 FHIR och OMOP)
• Goda kunskaper inom statistisk analys och test design
• God förmåga att uttrycka dig på svenska, både muntligt och skriftligt

Om rekryteringsprocessen

Urval och intervjuer kan komma att ske löpande under ansökningstiden.

Inför tillsättning av befattning som innefattar vård av barn och ungdom, kontrolleras den som erbjuds tjänsten mot misstanke- och belastningsregistret. Här kan du läsa mer om rekryteringsprocessen och om vilka kontroller som utförs på Karolinska.

Som anställd på Karolinska Universitetssjukhuset kan du komma att krigsplaceras. Läs mer om vad det innebär här.

Om du är eller tidigare har varit anställd i Region Stockholm kommer vi att ta interna referenser från din nuvarande eller tidigare chef om du blir aktuell för anställning.

För tillsvidaretjänster kan provanställning komma att tillämpas.

Om Karolinska Universitetssjukhuset

Vi på Karolinska Universitetssjukhuset är stolta över att vi är ett av världens främsta universitetssjukhus. Förutom vårt särskilda ansvar för den högspecialiserade vården i Stockholmsregionen är huvuduppdraget att tillsammans med Karolinska Institutet utbilda framtidens vårdanställda och bedriva världsledande forskning samtidigt som vi fortsätter vårt arbete med att utveckla vården för patientens bästa. Vi arbetar inom en rad olika områden och professioner.

Du kan läsa mer om vårt uppdrag inom vård, forskning och utbildning här.

Vår vision - Vi ska bota och lindra imorgon det ingen kan bota och lindra idag.

Läs gärna mer om oss på karolinska.se och följ oss på sociala medier!

Funktion Medicinsk Diagnostik Karolinska

Funktion Medicinsk Diagnostik Karolinska är en sammanslagning av Karolinska Universitetslaboratoriet och Bild och Funktion med laboratorieverksamhet, radiologi, nuklearmedicin, medicinsk strålningsfysik, radiofarmaci och strålsäkerhet inom Karolinska Universitetssjukhuset.

Här kan du läsa mer om Medicinsk Diagnostik Karolinska.

Här kan du läsa mer om Karolinska Universitetslaboratoriet.