Bioinformatiker – Klinisk NGS & precisionsdiagnostik

Karolinska University Hospital; Stockholms kommun; Sur place; SEK 520 000 - 700 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Multidisciplinär arbetsmiljö

Utvecklingsmöjligheter

Världens bästa sjukhus

Résumé du poste

Karolinska Universitetssjukhuset söker en bioinformatiker till GMCK för att stödja storskaliga DNA/RNA‑analyser i klinisk diagnostik. Du arbetar i ett tvärdisciplinärt team tillsammans med läkare, molekylärbiologer och mjukvaruutvecklare för att leverera kliniskt relevanta resultat.

Du bidrar till kontinuerlig förbättring, validering och automatisering av analysflöden, och kommer att delta i samarbeten såsom Genomic Medicine Sweden.

Qualifications

• Magister- eller civilingenjörsexamen inom bioinformatik eller närliggande område.
• Dokumenterad erfarenhet av bioinformatisk dataanalys kopplad till storskalig DNA/RNA-sekvensering (NGS).
• Goda programmeringskunskaper (Python, R).
• Vana att arbeta i Linux-miljö.
• Erfarenhet av HPC-miljö, gärna med SLURM.
• Kunskap i Git.
• Kunskaper i Nextflow eller liknande ramverk.
• Mycket god engelska i tal och skrift.

Responsabilités

• Ansvara för leveranser av NGS-analyser till användare.
• Hjälpa till vid felsökning av bioinformatiska flöden.
• Delta i validering och utveckling av NGS-flöden.
• Analysera patientprover i externa forsknings- och kliniska projekt.
• Bidra till ett väl fungerande arbetsflöde och tvärvetenskapliga möten.

Connaissances

Python

R

Linux

SLURM

Git

Nextflow

Engelska

Formation

Magister-/civilingenjörsexamen inom bioinformik/bioteknik/biomedicin

NGS-dataanalys erfarenhet

Outils

Docker

Singularity

Description du poste

Karolinska Universitetssjukhuset söker en bioinformatiker till GMCK för att stödja storskaliga DNA/RNA‑analyser i klinisk diagnostik. Du arbetar i ett tvärdisciplinärt team tillsammans med läkare, molekylärbiologer och mjukvaruutvecklare för att leverera kliniskt relevanta resultat.

Du bidrar till kontinuerlig förbättring, validering och automatisering av analysflöden, och kommer att delta i samarbeten såsom Genomic Medicine Sweden.