Stagiaire Bioinformatique — Identification de biomarqueurs par approches statistiques et ML

Business At Work; Paris; Sur place; EUR 13 000 - 18 000; Plein temps

Résumé du poste

Business At Work recherche un stagiaire de Master 2 en bioinformatique pour accompagner la consolidation des pipelines biomarqueurs de PHAREOM, plateforme multi-omique.

Vous participerez à l'identification et structuration de jeux de données, test des pipelines et développement de briques bioinformatiques, avec documentation et travail reproductible.

Qualifications

• Master 2 en bioinformatique, biologie computationnelle ou data science appliquée aux sciences de la vie.
• Bonnes bases en génomique et/ou transcriptomique et/ou protéomique.
• Maîtrise de Python et/ou R; expérience avec un gestionnaire de workflows appréciée.
• Notions de conception de bases de données.
• Autonomie, rigueur scientifique et goût pour la documentation et le travail reproductible.

Responsabilités

• Structurer et industrialiser le volet biomarqueurs de PHAREOM.
• Identifier, télécharger et structurer des jeux de données multi-omiques.
• Tester pipelines d'identification de biomarqueurs et autres pipelines omiques.
• Développer des briques bioinformatiques selon les besoins.
• Contribuer à des démonstrations représentatives des capacités de la plateforme en lien avec l’équipe Business Development.
• Documenter le travail selon les conventions de l'équipe.

Connaissances

Python

R

Gestionnaire de workflows

Autonomie

Rigueur

Documentation

Formation

Master 2 en bioinformatique

Outils

Snakemake

Nextflow

Description du poste

Contexte

Notre équipe développe PHAREOM, une plateforme multi-omique intégrant des pipelines d'analyse transcriptomique, génomique et protéomique, ainsi qu'un volet dédié à l'identification de biomarqueurs. Dans ce cadre, nous recherchons un(e) stagiaire de Master 2 en bioinformatique pour nous accompagner dans la consolidation de nos pipelines biomarqueurs et de leur processus de validation.

Missions principales

Le/la stagiaire participera activement à la structuration et à l'industrialisation du volet biomarqueurs de PHAREOM. Les missions incluront :

• Identification, téléchargement et structuration de plusieurs jeux de données de référence multi-omiques.
• Test des pipelines d'identification de biomarqueurs (approches statistique et apprentissage automatique) sur ces jeux de données.
• Test d'autres pipelines d'analyses omiques, selon les besoins de l'équipe et l'avancée des développements.
• Développement de briques bioinformatiques selon les besoins.
• Contribution à la mise en place de démonstrations représentatives des capacités de la plateforme en lien avec l’équipe Business Development.
• Documentation du travail selon les conventions de l'équipe.

Votre place dans l'équipe

Vous serez intégré(e) dans une équipe de bioinformaticien(ne)s aux expertises complémentaires, et travaillerez sur la partie R&D de notre plateforme d'analyse multi-omique.

• Master 2 en bioinformatique, biologie computationnelle ou data science appliquée aux sciences de la vie.
• Bonnes bases en génomique et/ou transcriptomique et/ou protéomique.
• Maîtrise de Python et/ou R ; expérience avec un gestionnaire de workflows appréciée.
• Notions de conception de bases de données.
• Autonomie, rigueur scientifique, goût pour la documentation et le travail reproductible.