Bioinformaticien (H/F)

Abolis Biotechnologies SAS; France; Sur place; EUR 65 000 - 90 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Télétravail

Titres restaurants

Mutuelle

Remboursement Navigo

Parking

Résumé du poste

Abolis Biotechnologies SAS recherche un ingénieur en bioinformatique structurale pour rejoindre le Département Biologie. Vous développerez des pipelines d’analyse de génomes et de RNAseq, reconstruirez des structures 3D d’enzymes et analyserez des ligands à haut débit.

Vous proposerez des enzymes et des mutants pour optimiser stabilité et activité et réaliserez des analyses statistiques et des visualisations.

Qualifications

• Titulaire d’une formation Bac+5/+8 en biologie moléculaire, modélisation des protéines et interactions protéine-ligand, ou discipline connexe, avec 5 années d’expérience en bioinformatique structurale.
• Maîtrise des outils et pratiques de programmation (Git, reproductibilité, maintenabilité).
• Connaissance de l’analyse des génomes et données de séquençage; chimie et mécanismes enzymatiques.
• Bonne maîtrise de l’anglais; capacité à communiquer les résultats et rédiger des livrables scientifiques.

Responsabilités

• Développer et faire tourner des pipelines pour analyser les génomes et reconstruire les structures 3D des enzymes.
• Analyser les données générées par les pipelines et proposer des enzymes ou mutants pour optimiser stabilité et activité.
• Réaliser des analyses statistiques et des visualisations (scikit-learn, numpy, matplotlib, plotly).
• Concevoir des plans d’expérience et coordonner les Wet Lab; interpréter les résultats (moléculaire, OMICS, fermentation).
• Rédiger rapports et présentations pour clients/partenaires; assurer veille scientifique et bibliographique.

Connaissances

Bioinformatique structurale

Génomique

RNA-seq analysis

Machine learning

Data visualization

Programmation Python

Formation

Bac+5/+8 en biologie moléculaire et modélisation des protéines

Outils

Snakemake

Boltz

Git

Python bibliothèques (scikit-learn, numpy, matplotlib, plotly)

Description du poste

Le poste

Abolis recherche un Ingénieur en Bioinformatique structurale (H/F) pour rejoindre notre Département Biologie.Vous aurez la responsabilité de :

• Développer et faire tourner des pipelines permettant d'analyser les génomes, reconstruire les structure 3D des enzymes, docker et analyser les ligands à haut débit

• Développer et faire tourner des pipelines d'analyse de génome et de RNAseq

• Construire des bases de données d’enzyme naturelle

• Réaliser des analyses statistiques et des visualisations sur les données (scikitlearn, numpy, matplotlib, plotly...)

• Analyse des données produites par les pipelines pour proposer aux équipes de biologie de nouvelles enzymes ainsi que des mutants ou des bibliothèque de mutant pour optimiser stabilité et activité.

• Concevoir des plans d'expérience réalisées par les équipes du Wet Lab selon les objectifs et moyens disponibles.

• Analyser les résultats expérimentaux (moléculaire, génétique, OMICS, fermentation) et identifier les bottlenecks enzymatiques.

• Travailler selon la stratégie scientifique et communiquer les résultats en interne et externe

• Rédiger rapports scientifiques, livrables, présentations et suivis d'activité pour clients/partenaires

• Réaliser la veille scientifique et bibliographique sur les sujets concernés

Le profil

Vousêtes diplômé(e) d’une formationBac+5/+8en biologie moléculaire, modélisation des protéines et des interactions protéine-ligandou discipline connexe et vous justifiez d’une de 5 ans minimumet d’une expérience réussie en bioinformatique structurale.

Vous codez avec aisance et vous connaissez les derniers outils (Boltz, Snakemake...) et bonnes pratiques de programmation (Git, maintenabilité, reproductibilité, etc). Vous connaissez un minimum l'analyse des génomes et données de séquençage.

Vous connaissez la biophysique (champ de force, MD...) et le machine learning (deeplearning, stable diffusion,...) qui sous-tendent les logiciels que utilisez. Vous comprenez comment vous paramétrez l'algorithme ou le modèle.

Vous comprenez bien la chimie et les mécanismes réactionnels des sites catalytique des enzymes, ainsi que les interactions qui permettent d'en augmenter l'activité ou le binding.

Vous êtes rigoureux(se), curieux(se),très organisé(e),vous avez un esprit de synthèse porté sur les résultats, vous êtes force de proposition, vous savez vous adapter et avez la capacité de travailler en équipe.Une très bonne maîtrise de l’anglais est fortement recommandée.

Les avantages

• CDI à pourvoir dès que possible,

• Rémunération : (selon profil),

• Titres restaurants, RIE, télétravail, Mutuelle, Remboursement Navigo, Parking, CE...

• Des projets challengeants et intéressants, couvrant quasiment toutes les classes d\'enzymes

• Un environnement convivial avec des équipes dynamiques et engagées,