Postdoctorant en Bioinformatique & Génomique Unicellulaire

Centre Lasers Intenses et Applications; Paris; On-site; EUR 32,000 - 38,000; Full time

Benefits offered by this job

RTT annuels et congés

Mobilité durable 300€

Transport remboursé 75%

Job summary

Institut Necker Enfants Malades - Centre de Recherche à Paris recrute un post-doctorant pour concevoir et diriger des projets de recherche sur les éléments retrotransposables et leur régulation génomique. Le candidat mènera des analyses transcriptomiques et épigénomiques, en collaboration avec l’équipe RETROGEN, et contribuera au développement de méthodes et à la rédaction de publications scientifiques.

Le poste implique une autonomie scientifique, de la rigueur et une capacité à travailler en

Qualifications

• Doctorat en bioinformatique, génomique, biologie computationnelle ou discipline apparentée.
• Génomique fonctionnelle, régulation transcriptionnelle et épigénétique ; connaissance des éléments transposables.

Responsibilities

• Concevoir et conduire, en autonomie scientifique et en concertation avec le responsable d’équipe, des projets de recherche sur la contribution des éléments retrotransposables à la régulation génique et aux changements d’état cellulaire, en intégrant données transcriptomiques et épigénomiques.
• Formuler des hypothèses scientifiques, définir les stratégies d’analyse et interpréter les résultats dans leur contexte biologique.
• Analyser des données de transcriptomique et d’accessibilité de la chromatine à l’échelle de la cellule ou du noyau unique (sc/snRNA-seq, sc/snATAC-seq, multiome).
• Identifier les éléments retrotransposables associés aux programmes cellulaires et caractériser leurs liens avec les gènes et réseaux de régulation.
• Étudier les réponses aux changements de l’environnement cellulaire, notamment à l’hypoxie et à l’activation immunitaire, ainsi que les programmes de différenciation et de neurogenèse.
• Contribuer au développement et à la validation des méthodes de quantification des retroéléments, notamment RETROSCAPE, et intégrer des données publiques et internes.
• Développer des analyses statistiques et des workflows reproductibles ; documenter les méthodes, les données et le code.
• Définir avec les biologistes expérimentaux les validations pertinentes et intégrer leurs résultats aux analyses.
• Rédiger les manuscrits, présenter les résultats et contribuer aux demandes de financement en lien avec ses projets.

Skills

R et Python

Analyses unicellulaires

Analyses multiomiques

Régulation transcriptionnelle

Épigénétique

Statistiques

Plans d’analyse

Education

Doctorat en bioinformatique, génomique, biologie computationnelle ou discipline apparentée

Tools

Git

Nextflow

Snakemake

Linux

Job description

Institut Necker Enfants Malades - Centre de Recherche à Paris recrute un post-doctorant pour concevoir et diriger des projets de recherche sur les éléments retrotransposables et leur régulation génomique. Le candidat mènera des analyses transcriptomiques et épigénomiques, en collaboration avec l’équipe RETROGEN, et contribuera au développement de méthodes et à la rédaction de publications scientifiques.

Le poste implique une autonomie scientifique, de la rigueur et une capacité à travailler en