Post doctorant (e) - H/F

Centre Lasers Intenses et Applications; Paris; On-site; EUR 32,000 - 38,000; Full time

Benefits offered by this job

RTT annuels et congés

Mobilité durable 300€

Transport remboursé 75%

Job summary

Institut Necker Enfants Malades - Centre de Recherche à Paris recrute un post-doctorant pour concevoir et diriger des projets de recherche sur les éléments retrotransposables et leur régulation génomique. Le candidat mènera des analyses transcriptomiques et épigénomiques, en collaboration avec l’équipe RETROGEN, et contribuera au développement de méthodes et à la rédaction de publications scientifiques.

Le poste implique une autonomie scientifique, de la rigueur et une capacité à travailler en

Qualifications

• Doctorat en bioinformatique, génomique, biologie computationnelle ou discipline apparentée.
• Génomique fonctionnelle, régulation transcriptionnelle et épigénétique ; connaissance des éléments transposables.

Responsibilities

• Concevoir et conduire, en autonomie scientifique et en concertation avec le responsable d’équipe, des projets de recherche sur la contribution des éléments retrotransposables à la régulation génique et aux changements d’état cellulaire, en intégrant données transcriptomiques et épigénomiques.
• Formuler des hypothèses scientifiques, définir les stratégies d’analyse et interpréter les résultats dans leur contexte biologique.
• Analyser des données de transcriptomique et d’accessibilité de la chromatine à l’échelle de la cellule ou du noyau unique (sc/snRNA-seq, sc/snATAC-seq, multiome).
• Identifier les éléments retrotransposables associés aux programmes cellulaires et caractériser leurs liens avec les gènes et réseaux de régulation.
• Étudier les réponses aux changements de l’environnement cellulaire, notamment à l’hypoxie et à l’activation immunitaire, ainsi que les programmes de différenciation et de neurogenèse.
• Contribuer au développement et à la validation des méthodes de quantification des retroéléments, notamment RETROSCAPE, et intégrer des données publiques et internes.
• Développer des analyses statistiques et des workflows reproductibles ; documenter les méthodes, les données et le code.
• Définir avec les biologistes expérimentaux les validations pertinentes et intégrer leurs résultats aux analyses.
• Rédiger les manuscrits, présenter les résultats et contribuer aux demandes de financement en lien avec ses projets.

Skills

R et Python

Analyses unicellulaires

Analyses multiomiques

Régulation transcriptionnelle

Épigénétique

Statistiques

Plans d’analyse

Education

Doctorat en bioinformatique, génomique, biologie computationnelle ou discipline apparentée

Tools

Git

Nextflow

Snakemake

Linux

Job description

Post doctorant (e) - H/F

Nouveau

Institut Necker Enfants Malades - Centre de Recherche

PARIS 15

• Paris
• Chercheur en contrat CDD
• 6 mois
• Doctorat

This offer is available in English version

Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée.

L'offre en un coup d'oeil

L'unité

Institut Necker Enfants Malades - Centre de Recherche

Type de Contrat

Chercheur en contrat CDD

Temps de Travail

Complet

Lieu de Travail

75015 PARIS 15

Durée du contrat

6 mois

Date d'Embauche

01/12/2026

Rémuneration

3 131 euros brut mensuel

Description du Poste

Les Missions

• Concevoir et conduire, en autonomie scientifique et en concertation avec le responsable d’équipe, des projets de recherche sur la contribution des éléments retrotransposables à la régulation génique et aux changements d’état cellulaire, en intégrant données transcriptomiques et épigénomiques
• Formuler des hypothèses scientifiques, définir les stratégies d’analyse et interpréter les résultats dans leur contexte biologique.
• Analyser des données de transcriptomique et d’accessibilité de la chromatine à l’échelle de la cellule ou du noyau unique (sc/snRNA-seq, sc/snATAC-seq, multiome).
• Identifier les éléments retrotransposables associés aux programmes cellulaires et caractériser leurs liens avec les gènes et réseaux de régulation.
• Étudier les réponses aux changements de l’environnement cellulaire, notamment à l’hypoxie et à l’activation immunitaire, ainsi que les programmes de différenciation et de neurogenèse.
• Contribuer au développement et à la validation des méthodes de quantification des retroéléments, notamment RETROSCAPE, et intégrer des données publiques et internes.
• Développer des analyses statistiques et des workflows reproductibles ; documenter les méthodes, les données et le code.
• Définir avec les biologistes expérimentaux les validations pertinentes et intégrer leurs résultats aux analyses.
• Rédiger les manuscrits, présenter les résultats et contribuer aux demandes de financement en lien avec ses projets.

Votre Profil

Compétences

Connaissances

• Doctorat en bioinformatique, génomique, biologie computationnelle ou discipline apparentée.
• Génomique fonctionnelle, régulation transcriptionnelle et épigénétique ; connaissance des éléments transposables.
• Analyses unicellulaires et multiomiques, statistiques et plans d’analyse adaptés aux données biologiques.

Savoir-faire

• Maîtrise de R et/ou Python et de l’environnement Linux ; utilisation de ressources de calcul intensif.
• Analyse et intégration de données RNA-seq et ATAC-seq ; prise en compte des biais techniques, de la variabilité biologique et des séquences répétées.
• Développement de code documenté, gestion de versions (Git) et workflows reproductibles (Nextflow, Snakemake ou équivalent).
• Interprétation critique des résultats, rédaction d’articles et communication scientifique en anglais.

Aptitudes

• Autonomie scientifique, rigueur et capacité à proposer de nouvelles pistes de recherche.
• Organisation, gestion des priorités et aptitude à mener un projet jusqu’à sa valorisation.
• Travail en équipe, échanges avec les biologistes expérimentaux et transmission des connaissances.

Votre Environnement de Travail

L’équipe RETROGEN, dirigée par Manvendra Singh à l’INEM, étudie le rôle des éléments retrotransposables dans la régulation du génome, le développement et les maladies humaines. Elle associe génomique fonctionnelle, analyses unicellulaires et multiomiques et approches computationnelles, notamment dans les systèmes immunitaire et nerveux.

Contraintes et risques

Travail en horaires décalés

Rémunération et avantages

Rémunération

3 131 euros brut mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

Référence de l’offre UMR8253-LEADID-006 Section(s) CN / Domaine de recherche Neurobiologie moléculaire et cellulaire, neurophysiologie

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

Le CNRS

Les métiers de la recherche