Pipeline CNV ULP-WGS et Interface Web de Visualisation

SFBI; Lille; On-site; EUR 13,000 - 20,000; Full time

Job summary

SFBI recherche un stagiaire Master 2 Bioinformatique pour développer un pipeline d’analyse CNV à partir de données ULP WGS et une interface web interactive. Vous travaillerez au CBP CHU Lille avec une équipe bioinformatique pluridisciplinaire et participerez à la validation technique et à la documentation du workflow.

Le projet prévoit le développement d’un pipeline Nextflow reproductible, des métriques de contrôle qualité et une collaboration étroite avec les biologistes et cytogénéticiens.

Qualifications

• Étudiant·e en Master 2 Bioinformatique ou informatique appliquée aux sciences de la vie.
• Connaissances en génomique et analyses NGS.
• Intérêt pour le développement logiciel et la visualisation de données.
• Autonomie, rigueur et goût pour le travail en équipe pluridisciplinaire.

Responsibilities

• Mettre en place un pipeline CNV – ULP WGS et une interface de visualisation.
• Contribuer à la validation et à la documentation du workflow.
• Développer un pipeline Nextflow reproductible et automatisé.
• Générer des métriques de contrôle qualité et recueillir les besoins utilisateurs.

Skills

Génomique et analyses NGS

Autonomie et rigueur

Développement logiciel et visualisaton

Travail en équipe pluridisciplinaire

Education

Master 2 Bioinformatique ou informatique appliquée aux sciences de la vie

Tools

Nextflow

Linux

Git

Docker/Apptainer

Job description

SFBI recherche un stagiaire Master 2 Bioinformatique pour développer un pipeline d’analyse CNV à partir de données ULP WGS et une interface web interactive. Vous travaillerez au CBP CHU Lille avec une équipe bioinformatique pluridisciplinaire et participerez à la validation technique et à la documentation du workflow.

Le projet prévoit le développement d’un pipeline Nextflow reproductible, des métriques de contrôle qualité et une collaboration étroite avec les biologistes et cytogénéticiens.