Ingénieur informatique data management EDS H/F

CHU de Poitiers; Poitiers; Hybrid; EUR 25,000 - 31,000; Full time

Benefits offered by this job

Télétravail partiel (1–2 jours/semaine

Job summary

CHU de Poitiers recrute un ingénieur informatique data management des données de santé pour travailler sur l’entrepôt de données de santé (EDS) et les collections biologiques du CRB.

Vous participerez au développement ETL vers i2b2 et OMOP, contribuerez au data management des projets de recherche et appliquerez des techniques de traitement du langage pour extraire des informations des textes cliniques.

Qualifications

• Diplôme Bac+5 exigé en statistique, mathématiques appliquées ou informatique orientée santé.
• Maîtrise SQL et expérience en data management pour projets de recherche.
• Connaissance de Python ou R et d’outils de versionnage (Git).
• Expérience avec analyse de textes et évaluation de métriques en TAL est un plus.

Responsibilities

• Développer et maintenir les procédés ETL des données vers i2b2 et OMOP.
• Assurer le data management des données CRB/EDS pour les projets de recherche.
• Réaliser des traitements NLP pour extraire des informations du texte libre.
• Interroger l’EDS pour des études de faisabilité et soutenir les parcours de santé.
• Contribuer à l’analyse des trajectoires de santé et modéliser des données longitudinales.

Skills

SQL

Python

R

Git

Linux

Docker

Data management

Education

Diplôme Bac+5 en statistique / mathématiques appliquées / informatique orientée santé

Tools

i2b2

OMOP

Job description

INGENIEUR INFORMATIQUE DATA MANAGEMENT DES DONNEES DE SANTE H/F

CENTRE DE RESSOURCES BIOLOGIQUES

DIRECTION DE LA RECHERCHE ET DE L’INNOVATION

CDD 12 MOIS - TEMPS PLEIN

A POURVOIR A COMPTER DU 01 JANVIER 2027

Le centre de ressources biologique (CRB) du CHU de Poitiers recrute un(e) ingénieur data souhaitant travailler sur un projet ambitieux visant à exploiter de grands volumes de données pour enrichir les données des collections biologiques à partir de l’entrepôt de données de santé (EDS).

I. Présentation générale du CHU et de son entrepot de données

Avec une capacité de près de 2 700 lits et places, le CHU de Poitiers est présent sur cinq sites (Poitiers, Châtellerault, Loudun, Lusignan et Montmorillon) répartis sur l’ensemble du territoire de la Vienne. Établissement de recours et de proximité, il assure ses missions de soins et de recherche pour un bassin de population qui s’étend aux départements limitrophes couvrant plus d’un million d’habitants. Le CHU est organisé en 15 pôles d’activités cliniques et médico-techniques.

Le CHU de Poitiers possède un centre de ressources biologiques (CRB). Cette structure réalise les activités de réception, de conservation et de mise à disposition des ressources biologiques d’origine humaine, en particulier à des fins de recherche, de conservation du patrimoine génétique, d’éducation ou de valorisation économique. Le CRB comprend une biothèque située au sein du centre d’investigation clinique, une tumorothèque du service d’anatomie et cytologie pathologiques ainsi qu’une banque de sang placentaire située au sein de laboratoire de thérapie cellulaire de l’établissement français du sang

Par ailleurs, le CHU de Poitiers a mis en place un entrepôt de données de santé (EDS) dans le cadre d'un financement de France 2030. Cette infrastructure permet aux chercheurs d’accéder à un grand nombre de données dans un espace sécurisé, dans le respect de la réglementation. De nombreuses informations médicales sont exploitées dans l’EDS, qu'il s'agisse de données structurées (diagnostics, actes, biologie, etc.) ou non structurées (comptes-rendus médicaux, observations médicales et paramédicales, courriers, etc.). Certains développements de l'EDS sont réalisés en collaboration avec les équipes des CHU de Bordeaux et de Limoges, dans le cadre du projet plus global EDS@NOVA.

À ce jour, il n’existe pas de lien informatique structuré entre les données du CRB et celles de l’EDS, sachant que les données du CRB nécessitent d’être enrichies par des données cliniques afin d’être valorisées à travers des projets de recherche académiques et industriels.

II. Poste proposé

Nous cherchons un(e) ingénieur data souhaitant travailler sur un projet ambitieux visant à exploiter de grands volumes de données pour enrichir les données des collections biologiques du CRB à partir de l’EDS et à faciliter leur exploitation statistique au service des projets de recherche…

Missions générales

Sous La Responsabilité Des Coordonnateurs Du CRB Et De L’EDS, Et En Lien Fonctionnel Étroit Avec Les Cliniciens Responsables Des Collections Biologiques, Les Principales Missions Seront De

• Participer au développement et à la maintenance des processus d’extraction, de transformation et de chargement (ETL) des données du système d’information vers i2b2 et OMOP, nécessaires aux besoins du CRB ;
• Participer aux activités de data management des données pour les projets de recherche en lien avec le CRB (identification, structuration et intégration dans un eCRF des données de l’EDS nécessaires au projet) en coordination avec les cliniciens référents de chaque collection ;
• Analyser les besoins et réaliser des développements spécifiques de traitement automatique de la langue pour les cas d’usage du CRB nécessitant de recueillir des informations mentionnées en texte libre ;
• Interroger les données de l’EDS pour répondre à des études de faisabilité en lien avec le CRB.
• Contribuer à l’analyse des trajectoires de santé des patients inclus dans les collections (évolution de paramètres cliniques et biologiques dans le temps, identification de la survenue d’événements de santé d’intérêt), au-delà du seul travail de structuration des données, via des approches de modélisation simple adaptées aux besoins des cliniciens.

Cas d’usage prioritaires : collections du CRB

L’objectif Transversal Est De Reconstruire La Trajectoire De Santé Des Patients Inclus Dans Les Collections, De Faciliter L’exploitation Des Échantillons Biologiques Associés, Et Ainsi De Consolider Les Partenariats Scientifiques Et Les Candidatures Aux Appels D’offres Nationaux Et Internationaux. Le Poste S’appuiera En Priorité Sur Les Collections Suivantes, Tout En Restant Ouvert à D’autres Collections Du CRB

Étude SURDIAGENE (1 470 patients, ~50 000 échantillons : sérum, plasma, ADN) : reconstruction des pentes de fonction rénale à partir des données longitudinales de l’EDS, identification de la survenue d’événements d’intérêt cardiovasculaires et rénaux d’intérêt pour la modélisation, structuration des données techniques des échantillons pour faciliter leur exploitation.

Collection Diabète (2 000 patients, ~10 000 échantillons : sérum, plasma, ADN, tissu) : mêmes objectifs de phénotypage longitudinal et de structuration des échantillons, en articulation avec les données cliniques de l’EDS. À terme, cette collection sera poolée avec SURDIAGENE pour constituer une cohorte unifiée, renforçant la puissance statistique des analyses de trajectoires.

Collection Obésité (2 000 patients, ~10 000 échantillons : sérum, plasma, ADN, tissu) : reconstruction de trajectoires de santé (notamment métaboliques et rénales), identification d’événements de santé d’intérêt, mise en qualité des données techniques des échantillons.

Collection AIGLE (~45 patients, 90 échantillons biopsies tissulaires) mise en qualité et structuration des données associées à ces échantillons,

Ces cas d’usage visent à améliorer le phénotypage des patients, à mieux organiser les données techniques associées aux échantillons pour en simplifier l’exploitation, et à renforcer l’attractivité de ces collections pour de futurs partenariats et appels à projets.

Activités complémentaires

Participer à la réalisation d’analyses statistiques descriptives des données mises en qualité dans le cadre des cas d’usage CRB/EDS ;

Participer à la production d’indicateurs dans le cadre du système de management de la qualité et des certifications réglementaires relatifs au CRB ;

Dynamiser une communauté avec les autres ingénieurs en charge de l’exploitation des données des EDS et des CRB.

Nature du contrat et des conditions de recrutement

Le poste est à pourvoir en CDD de 12 mois à compter du 1 janvier 2027

Votre rémunération sera fixée en fonction de votre formation et de votre expérience, sur un grade d’Ingénieur Hospitalier, catégorie A (grille indiciaire de la fonction publique hospitalière) soit un salaire à partir de 28K€ brut/an

Possibilité de télétravail 1 à 2 jours par semaine

Quotité de temps de travail

Temps plein = 100%

III. Profil recherché

Diplôme Bac +5 en en statistique, mathématiques appliquées ou informatique avec une orientation donnée de santé ;

Expertise en gestion de bases de données ;

Maîtrise du langage SQL ;

Maîtrise d’un langage de traitement des données (Python ou R);

Expériences dans les algorithmes de TAL et des métriques d’évaluation, notamment en reconnaissances d’entités nommées et en classification automatique de textes ;

Compétences en modélisation statistique appliquée aux trajectoires de santé (modèles de survie, régressions) ;

Connaissance de Git ;

Connaissance de Linux ;

Serait Un Plus

• Une expérience en épidémiologie clinique ou en intégration de cohortes longitudinales
• Une expérience dans le domaine de la santé
• La connaissance de Docker
• Rigueur, autonomie, sens de l'organisation.

Capacités Particulières

• Le (la) candidat(e) devra en outre avoir les qualités humaines et relationnelles adaptées au travail au sein d'une équipe composite, dynamique et pluridisciplinaire intégrant médecins, informaticiens, attachés de recherche clinique, chef de projet et gestionnaire administratif.

IV. Renseignements complémentaires

Le CHU de POITIERS s’engage en faveur de la diversité et de l’inclusion.

Nos offres d’emplois sont ouvertes en personnes en situation d’handicap conformément à l’article L1132-1 du code du travail.

Pourquoi rejoindre le CHU de POITIERS ?

• Faire preuve d’un engagement fort au sein d’une structure hospitalière publique
• Réputation : le CHU de POITIERS est reconnu pour ses services de hautes qualités et ses avancées dans divers domaines médicaux.
• Localisation : Situé à Poitiers, une ville avec un riche patrimoine historique et culturel, le CHU offre un cadre de vie agréable, avec un bon équilibre entre vie professionnelle et vie privée.
• Accompagnement personnalisé des agents durant leur carrière (prévention des RPS, service social du personnel.)
• Accès à l’ensemble du plan de formation institutionnel
• Offre diversifiée de restauration (Food truck, self)
• Jardins et espaces verts/ parking gratuit/ réseau covoiturage
• Accès au CE/CGOS : vacances à prix réduits, tarifs préférentiels sur des spectacles, places de cinéma, chèques cultures, CESU, prestations sociales, chèques vacances …

V. Démarches à effectuer pour postuler

Des renseignements supplémentaires peuvent être demandés auprès de

Dr Sébastien COSSIN, référent scientifique de l’EDS du CHU de Poitiers ([e-mail])

Dr Alexandre QUILLET, coordonnateur de l’EDS du CHU de Poitiers ([e-mail])

Pr David TOUGERON, coordonnateur du CRB du CHU de Poitiers ([e-mail])

Ref : C110O101701