DATA ENGINEER NLP

H; Brest; On-site; EUR 26,000 - 30,000; Full time

Job summary

CHU de Brest recrute un Ingénieur d'études hospitalier (Data Engineer) pour un CDD de 6 mois renouvelable, au sein du Centre de Données Cliniques. Poste 100 % à Brest, rémunération brute mensuelle de 2 500 €, avec perspectives de renouvellement et d'évolution selon expérience et résultats.

Profil recherché: Master 2 ou diplôme d'ingénieur en informatique, data science ou IA; une première expérience en orchestration de flux de données ou traitement du langage est un atout.

Qualifications

• Master 2 ou diplôme d'ingénieur en informatique, science des données, intelligence artificielle ou domaine équivalent.
• Une première expérience, y compris académique, dans l'orchestration de flux de données ou le traitement automatique du langage constitue un atout.

Responsibilities

• Déploiement et maintien en conditions opérationnelles des composants du noeud local de la plateforme nationale d'évaluation fédérée
• Constitution et préparation des jeux de données locaux servant à l'évaluation : extraction, sélection, contrôle de conformité, documentation
• Exécution des campagnes d'évaluation des modèles fournis par le consortium sur les données réelles de l'établissement
• Production, contrôle et transmission des métriques d'évaluation au coordonnateur du projet
• Documentation du cadre réglementaire et de sécurité appliqué, traçabilité des traitements réalisés
• Interface technique avec les équipes du Health Data Hub et des autres partenaires ; participation aux points d'avancement et contribution aux rendus techniques attendus
• Exploration et cartographie des bases contenant des documents textuels : volumétrie, typologies de comptes rendus, métadonnées, chaînage aux séjours et aux patients
• Conception, développement et industrialisation des chaînes de traitement (ETL) d'extraction et de préparation des corpus, orchestrées sous Dagster- Mise en qualité des données : détection des anomalies, doublons, documents tronqués ou mal rattachés ; normalisation et documentation des corpus produits
• Définition et calcul des métriques d'évaluation des traitements (qualité des corpus, performance des modèles) et restitution aux équipes métier
• Mise en oeuvre technique des cas d'usage prioritaires retenus par le service, en s'appuyant sur les ressources ouvertes produites par PARTAGES (corpus PARHAF et PARCOMED, modèles open source)
• Documentation des travaux (code, jeux de données, résultats), versionnement sous Git et transfert de compétences auprès de l'équipe

Skills

Anglais scientifique

Conduite de projet

Informatique / Systèmes d'information

Education

Master 2 en informatique / Data science / IA

Tools

Dagster

Git

Job description

Descriptif L'ÉTABLISSEMENT

Le CHU de BREST, établissement support du GHT de Bretagne Occidentale, recherche un(e) Ingénieur(e) d'études hospitalier (Data Engineer) pour un CDD de 6 mois renouvelable. Etablissement dynamique situé en bord de mer, le CHU de Brest est un acteur économique de 1er plan : 1er opérateur de santé et moteur économique de la région, l'établissement est le 1er employeur de la ville. Le Centre Hospitalier Universitaire couvre un territoire comprenant une population de 1,2 million d'habitants et emploie plus de 8000 personnes dont 750 médecins. Il offre à la fois des soins de proximité et de recours. Le CHU de BREST : Qui sommes-nous ? https://www.brest-life.fr / https://www.toutcommenceenfinistere.com/

LE POSTE

• Déploiement et maintien en conditions opérationnelles des composants du noeud local de la plateforme nationale d'évaluation fédérée
• Constitution et préparation des jeux de données locaux servant à l'évaluation : extraction, sélection, contrôle de conformité, documentation
• Exécution des campagnes d'évaluation des modèles fournis par le consortium sur les données réelles de l'établissement
• Production, contrôle et transmission des métriques d'évaluation au coordonnateur du projet
• Documentation du cadre réglementaire et de sécurité appliqué, traçabilité des traitements réalisés
• Interface technique avec les équipes du Health Data Hub et des autres partenaires ; participation aux points d'avancement et contribution aux rendus techniques attendus
• Exploration et cartographie des bases contenant des documents textuels : volumétrie, typologies de comptes rendus, métadonnées, chaînage aux séjours et aux patients
• Conception, développement et industrialisation des chaînes de traitement (ETL) d'extraction et de préparation des corpus, orchestrées sous Dagster- Mise en qualité des données : détection des anomalies, doublons, documents tronqués ou mal rattachés ; normalisation et documentation des corpus produits
• Définition et calcul des métriques d'évaluation des traitements (qualité des corpus, performance des modèles) et restitution aux équipes métier
• Mise en oeuvre technique des cas d'usage prioritaires retenus par le service, en s'appuyant sur les ressources ouvertes produites par PARTAGES (corpus PARHAF et PARCOMED, modèles open source)
  • Génération de comptes rendus fictifs (data augmentation)
  • pseudonymisation automatique des comptes rendus médicaux
  • Aide au codage médical automatisé à partir des comptes rendus (DIM)
  • Utilisation, spécialisation et évaluation de modèles de langage sur les corpus annotés, sur l'infrastructure de calcul dédiée
• Documentation des travaux (code, jeux de données, résultats), versionnement sous Git et transfert de compétences auprès de l'équipe

PROFIL RECHERCHÉ

Le poste est à pourvoir rapidement au sein du Centre de Données Cliniques de l'Hôpital Morvan.

Le poste est ouvert aux profils juniors, y compris aux candidats en première expérience professionnelle.

Conditions d'emploi

• CDD de 6 mois renouvelable
• Temps de travail : 100 %
• Poste à pourvoir rapidement
• Rémunération selon l'expérience

Rémunération brut : 2500.00 / mois

Profil recherché

• Vous êtes titulaire d'un Master 2 ou d'un diplôme d'ingénieur en informatique, science des données, intelligence artificielle ou dans un domaine équivalent.
• Une première expérience, y compris académique, dans l'orchestration de flux de données ou le traitement automatique du langage constitue un atout.

Connaissances requises

• Anglais scientifique
• Biologie
• Bureautique / Technologies de l'information et de la communication
• Conduite de projet
• Éthique et déontologie médicales
• Informatique / Systèmes d'information
• Méthodes de recherche clinique
• Vocabulaire médical