Ingénieur Informatique Data Management Eds H/F

Centre Hospitalier de Poitiers; Poitiers; Hybrid; EUR 25,000 - 31,000; Full time

Benefits offered by this job

Restauration / cantine

Formation institutionnelle

Parking gratuit

Job summary

Le Centre Hospitalier de Poitiers recherche un ingénieur hospitalier spécialisé en statistiques et informatique pour soutenir le CRB/EDS. Vous contribuerez à l’ETL, au data management et au traitement automatisé du langage pour les projets de recherche.

Le poste est un CDI temporaire de 12 mois à partir du 1er janvier 2027, avec une rémunération à partir de 28 000 € brut/an. Télétravail 1–2 jours/semaine, Bac+5 avec SQL/Python/R, Git et Linux.

Qualifications

• Diplôme Bac+5 en statistiques, mathématiques appliquées ou informatique.
• Maîtrise du langage SQL.
• Maîtrise d'un langage de traitement de données (Python ou R).
• Expériences dans les algorithmes de TAL et des métriques d’évaluation (NER, classification de textes).
• Compétences en modélisation statistique appliquée aux trajectoires de santé.
• Connaissance de Git et Linux.

Responsibilities

• Participer au développement et à la maintenance des ETL des données vers i2b2 et OMOP.
• Effectuer le data management pour les projets de recherche en coordination avec les cliniciens référents.
• Développer des traitements automatiques de langue pour les cas d'usage du CRB/EDS.
• Interroger l'EDS pour des études de faisabilité et contribuer à la traçabilité des données.

Skills

Gestion de données

TAL / NLP

Modélisation statistique

Rigueur scientifique

Esprit d'équipe

Git

Linux

Education

Bac+5 en statistiques, mathématiques appliquées ou informatique

Tools

SQL

Python

R

Docker

Job description

Missions générales

Sous la responsabilité des coordonnateurs du CRB et de l'EDS, et en lien fonctionnel étroit avec les cliniciens responsables des collections biologiques, les principales missions seront de :

• Participer au développement et à la maintenance des processus d'extraction, de transformation et de chargement (ETL) des données du système d'information vers i2b2 et OMOP, nécessaires aux besoins du CRB
• Participer aux activités de data management des données pour les projets de recherche en lien avec le CRB (identification, structuration et intégration dans un eCRF des données de l'EDS nécessaires au projet) en coordination avec les cliniciens référents de chaque collection
• Analyser les besoins et réaliser des développements spécifiques de traitement automatique de la langue pour les cas d'usage du CRB nécessitant de recueillir des informations mentionnées en texte libre
• Interroger les données de l'EDS pour répondre à des études de faisabilité en lien avec le CRB.
• Contribuer à l'analyse des trajectoires de santé des patients inclus dans les collections (évolution de paramètres cliniques et biologiques dans le temps, identification de la survenue d'événements de santé d'intérêt), au-delà du seul travail de structuration des données, via des approches de modélisation simple adaptées aux besoins des cliniciens.
• Participer à la réalisation d'analyses statistiques descriptives des données mises en qualité dans le cadre des cas d'usage CRB/EDS
• Participer à la production d'indicateurs dans le cadre du système de management de la qualité et des certifications réglementaires relatifs au CRB
• Dynamiser une communauté avec les autres ingénieurs en charge de l'exploitation des données des EDS et des CRB.

L'objectif transversal est de reconstruire la trajectoire de santé des patients inclus dans les collections, de faciliter l'exploitation des échantillons biologiques associés, et ainsi de consolider les partenariats scientifiques et les candidatures aux appels d'offres nationaux et internationaux.

Collections prioritaires

• Étude SURDIAGENE (1 470 patients, ~50 000 échantillons : sérum, plasma, ADN) : reconstruction des pentes de fonction rénale à partir des données longitudinales de l'EDS, identification de la survenue d'événements d'intérêt cardiovasculaires et rénaux d'intérêt pour la modélisation, structuration des données techniques des échantillons pour faciliter leur exploitation.
• Collection Diabète (2 000 patients, ~10 000 échantillons : sérum, plasma, ADN, tissu) : mêmes objectifs de phénotypage longitudinal et de structuration des échantillons, en articulation avec les données cliniques de l'EDS. À terme, cette collection sera poolée avec SURDIAGENE pour constituer une cohorte unifiée, renforçant la puissance statistique des analyses de trajectoires.
• Collection Obésité (2 000 patients, ~10 000 échantillons : sérum, plasma, ADN, tissu) : reconstruction de trajectoires de santé (notamment métaboliques et rénales), identification d'événements de santé d'intérêt, mise en qualité des données techniques des échantillons.
• Collection AIGLE (~45 patients, 90 échantillons biopsies tissulaires) mise en qualité et structuration des données associées à ces échantillons,Ces cas d'usage visent à améliorer le phénotypage des patients, à mieux organiser les données techniques associées aux échantillons pour en simplifier l'exploitation, et à renforcer l'attractivité de ces collections pour de futurs partenariats et appels à projets.

Nature du contrat et des conditions de recrutement

• Le poste est à pourvoir en CDD de 12 mois à compter du 1 janvier 2027
• Votre rémunération sera fixée en fonction de votre formation et d votre expérience, sur un grade d'Ingénieur Hospitalier, catégorie A (grille indiciaire de la fonction publique hospitalière) soit un salaire à partir de 28K€ brut/an
• Possibilité de télétravail 1 à 2 jours par semaine
• Quotité de temps de travailTemps plein = 100%
• Diplôme Bac +5 en en statistique, mathématiques appliquées ou informatique avec une orientation donnée de santé
• Expertise en gestion de bases de données
• Maîtrise du langage SQL
• Maîtrise d'un langage de traitement des données (Python ou R)
• Expériences dans les algorithmes de TAL et des métriques d'évaluation, notamment en reconnaissances d'entités nommées et en classification automatique de textes
• Compétences en modélisation statistique appliquée aux trajectoires de santé (modèles de survie, régressions)
• Connaissance de Git
• Connaissance de Linux

Serait un plus :

• Une expérience en épidémiologie clinique ou en intégration de cohortes longitudinales Une expérience dans le domaine de la santé
• La connaissance de Docker
• Rigueur, autonomie, sens de l'organisation.

Le (la) candidat(e) devra en outre avoir les qualités humaines et relationnelles adaptées au travail au sein d'une équipe composite, dynamique et pluridisciplinaire intégrant médecins, informaticiens, attachés de recherche clinique, chef de projet et gestionnaire administratif.

Avantages

• Réputation : le CHU de POITIERS est reconnu pour ses services de hautes qualités et ses avancées dans divers domaines médicaux.
• Localisation : Situé à Poitiers, une ville avec un riche patrimoine historique et culturel, le CHU offre un cadre de vie agréable, avec un bon équilibre entre vie professionnelle et vie privée.
• Accompagnement personnalisé des agents durant leur carrière (prévention des RPS, service social du personnel.)
• Accès à l'ensemble du plan de formation institutionnel
• Offre diversifiée de restauration (Food truck, self)
• Jardins et espaces verts/ parking gratuit/ réseau covoiturage
• Accès au CE/CGOS : vacances à prix réduits, tarifs préférentiels sur des spectacles, places de cinéma, chèques cultures, CESU, prestations sociales, chèques vacances

Contact

• Dr Sébastien COSSIN, référent scientifique de l'EDS du CHU de Poitiers
• Dr Alexandre QUILLET, coordonnateur de l'EDS du CHU de Poitiers
• Pr David TOUGERON, coordonnateur du CRB du CHU de Poitiers

Ref : C110O101701