Ingénieur en techniques biologiques (H/F)

Cnrs Inc; Saint-Martin-d'Hères; On-site; EUR 30,000 - 42,000; Full time

Job summary

Cnrs recrute au sein de l’équipe ICE3 de l’IGE (Grenoble) pour préparer et optimiser les bibliothèques d’ADN/ARN issues de carottes de glace, dans un contexte de faible biomasse, en vue du séquençage.

Vous réaliserez extraction et purification, concentration, construction de bibliothèques et étapes de séquençage haut débit (Illumina/Nanopore). Travail en équipe et rigueur indispensables.

Qualifications

• Maîtrise des techniques de biologie moléculaire, y compris extraction d’ADN/ARN et PCR.
• Connaissance des enjeux liés à la faible biomasse et contamination.
• Familiarité avec des outils bioinformatiques de base.

Responsibilities

• Préparer et purifier ADN/ARN à partir de carottes de glace.
• Optimiser les méthodes de concentration et purification.
• Construire les bibliothèques et effectuer PCR, clonage et génotypage.
• Réaliser des séquençages haut débit et adapter les protocoles.
• Réaliser analyses qualité (électrophorèse, cytométrie, microscopie).
• Valider les bibliothèques avant séquençage et documenter les résultats.
• Collaborer avec l’équipe ICE3 et tenir le cahier de laboratoire.

Skills

Biologie moléculaire

Extraction ADN/ARN

PCR

Électrophorèse

Séquençage

Bioinformatique de base

Tools

Thermocycleurs

Systèmes de séquençage

Microscopes

Job description

Missions:

Préparer et optimiser les bibliothèques d’ADN et d’ARN issues de carottes de glace en vue de leur séquençage, dans un contexte de faible biomasse.

Activités:

Préparation des échantillons:

Extraire et purifier l’ADN et ARN à partir de carottes de glace, en respectant des protocoles adaptés aux échantillons à faible biomasse.

Optimiser les méthodes de concentration et de purification pour maximiser la récupération d’ADN et d’ARN.

Construction des bibliothèques:

Appliquer des techniques de PCR, clonage et génotypage pour préparer les échantillons avant séquençage.

Utiliser des méthodes de séquençage haut débit (ex: Illumina, Nanopore) et adapter les protocoles en fonction des spécificités des échantillons glaciaires.

Contrôle qualité:

Réaliser des analyses par électrophorèse, cytométrie et microscopie pour évaluer la qualité et la quantité d’ADN et d’ARN.

Valider les bibliothèques avant séquençage (ex: vérification de la taille des fragments, absence de contaminants) .

Collaboration et documentation:

Travailler en étroite collaboration avec les chercheurs de l’équipe ICE3 pour ajuster les protocoles.

Documenter les procédures et les résultats dans un cahier de laboratoire ou un système de gestion des données.

Contexte de travail:

L’Institut des Géosciences de l’Environnement IGE est une unité mixte de recherche multitutelles (CNRS, INRAE, IRD, UGA, Grenoble INP) hébergée sur le campus de St Martin d’Hères près de Grenoble et faisant partie de l’Observatoire des Sciences de l’Univers de Grenoble (OSUG) .

L’IGE étudie les climats, le fonctionnement de la planète et de ses évolutions en termes de pollutions, de changements globaux et de risques pour les sociétés. Historiquement, l’IGE conduit ses recherches dans des régions aux enjeux sociétaux et environnementaux prégnants: les régions polaires, la zone intertropicale, et les régions de montagne.

L’effectif moyen du laboratoire est d’environ 330 personnes, dont 190 membres permanents (chercheurs·es, enseignant·es-chercheurs·es, ingénieur·es, technicien·nes et personnels administratifs) et environ 140 doctorant·es, post-doctorant·es et personnels en contrat à durée déterminée. Le laboratoire accueille chaque année une centaine de stagiaires et visiteurs·euses scientifiques. L’IGE est hébergé dans quatre bâtiments situés sur le campus universitaire de Grenoble (bâtiment Glaciologie, OSUG-B, Maison Climat Planète et INRAE-Grenoble Saint Martin d’Hères)

La personne recrutée intégrera l’équipe ICE3, sous la responsabilité de Catherine Larose, pour soutenir le projet Paleo-MARE.

Conditions particulières d'exercice

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde: 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers) , en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Profil recherché

Competences:

• Savoirs / connaissances
• Maîtrise des techniques de biologie moléculaire: extraction d’ADN, d’ARN, PCR, électrophorèse, séquençage.
• Connaissance des enjeux liés à la faible biomasse (ex: contamination, sensibilité des méthodes) .
• Familiarité avec les outils bioinformatiques de base pour l’analyse des données de séquençage (un plus) .

Savoir-faire

• Expérience en manipulation d’échantillons environnementaux (idéalement glace ou milieux extrêmes) .
• Capacité à optimiser des protocoles pour des échantillons complexes.
• Utilisation d’équipements de laboratoire: thermocycleurs, systèmes de séquençage, microscopes.

Savoirs-être

• Rigueur et minutie (travail en environnement stérile, éviter les contaminations) .
• Autonomie et capacité d’adaptation (travail sur des protocoles en évolution) .
• Esprit d’équipe et communication claire (collaboration avec chercheurs et techniciens) .

Contraintes et risques:

RAS

Présentation de Cnrs

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.