Ingénieur en bio-informatique H/F

IRD; Montpellier; Hybride; EUR 42 000 - 56 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Congés 32 jours + RTT

Restauration collective

Mutuelle MGEN

Mobilité et transport

Télétravail 1–3 jours/semaine

Résumé du poste

IRD recherche un/la bio-informaticien(ne) pour contribuer à des projets en génomique et adaptation des plantes face au climat. Vous intégrerez l'équipe Dynadiv, UTtverse DIADE à Montpellier, avec collaboration active avec INRAE, CIRAD et autres unités, et vous développerez des outils et scripts en environnement HPC.

Le poste requiert un diplôme de niveau 7 (Ingénieur/Master) et une expérience en bio-informatique; télétravail partiel possible et travail en équipe seront privilégiés.

Qualifications

• Diplôme de niveau 7, ingénieur et/ou Master avec expérience en bio-informatique.
• Maîtrise UNIX et manipulation de données sur HPC; connaissance de conteneurisation (Docker, Apptainer).
• Maîtrise Python et R; notions en C, et connaissance des données de séquençage.
• Connaissances en biologie et analyse de données de séquençage.

Responsabilités

• Développer des outils bio-informatiques pour l'adaptation des plantes face aux variations climatiques et futures projections.
• Construire des briques logicielles et les intégrer dans un outil existant; valider les scripts sur divers modèles végétaux et proposer des tutoriels et formations.
• Prendre en compte l'incertitude des données ADN ancien dans l'analyse bio-informatique et étudier la diversité et l'adaptation au climat.

Connaissances

UNIX

HPC

Python

R

C

Docker

Apptainer

Formation

Master ou diplôme d'ingénieur en bio-informatique

Outils

Docker

Apptainer

Description du poste

L'IRD est une organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui, depuis près de 80 ans, s'engage dans des partenariats équitables avec les pays du Sud et dans les Outre-mer français.

Acteur de l'agenda international pour le développement, ses priorités s'inscrivent dans la mise en oeuvre des Objectifs de développement durable (ODD).

Ensemble, scientifiques et partenaires de l'Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l'innovation des leviers majeurs du développement.

L'Institut est placé sous la double tutelle du ministère chargé de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et de celui chargé des Affaires Étrangères.

Dans le cadre du PEPR Agroécologie et Numérique, ce projet offre une opportunité de recherche en génomique de l'adaptation et d'étude de l'évolution associé aux climats.

Sous la responsabilité du directeur d'unité, votre mission sera de participer à comprendre l'adaptation des plantes et des mélanges de plantes aux variations du climats en utilisant des données génomiques et climatiques pour accompagner la transition agroécologique.

Dans ce cadre vos activités seront les suivantes:

• Développer des outils bio-informatiques pour analyser l'adaptation des plantes aux variations du climat et des climats futurs. L'approche sera basée sur l'utilisation de méthodes innovantes pour pouvoir interroger des données issues d'analyse de pangénome/pan-graphe.
• Construire des briques logicielles pour ces analyses et les intégrer dans un outil existant, Valider l'intégration et le développement de scripts en analysant des jeux de données sur différents modèles végétaux et proposer des tutoriels et la formation pour leur utilisation.
• Développer des outils bio-informatiques pour prendre en compte l'incertitude des séquences ADN (contamination, faible profondeur, type de donnée, repeats) due à l'ADN ancien (dommages post-mortem et fragmentation importante) dans l'analyse bio-informatique de la diversité et de l'association au climat.

Votre future équipe

Vous intégrerez l'équipeDynadiv au sein de l'UMR DIADE à Montpellier. Le projet est fortement collaboratif et implique des échanges réguliers avec des chercheurs de différentes unités de recherche (AGAP, GDEC) et instituts (INRAE, CIRAD, MNHN).

Vous avez développé les compétences suivantes :

• Maîtrise des systèmes UNIX et expérience en manipulation de données sur HPC, connaissances en contenerisation (Docker, apptainner).
• Maîtrise du langage de programmation Python et R, et si possible notion dans un des autres langages tels que C.
• Connaissances en biologie et analyse de données de séquençage.

Vous faites preuve des qualités humaines suivantes :

• Autonomie et rigueur.
• Capacité de travail en équipe.
• Capacité à gérer des interactions avec de multiples chercheurs.

Vous êtes titulaire d'un diplôme de niveau 7, ingénieur et/ou Master avec une expérience en bio-informatique

L'IRD, au cours de votre parcours professionnel, vous accompagne dans le développement de vos compétences.

L'institut met à votre disposition un panel d'outils tel que le parcours digital d'intégration, l'accès à la formation permanente, à la promotion et la mobilité.

L'IRD offre, en fonction des activités, la possibilité de télétravailler de 1 à 3 jours hebdomadaires.

En rejoignant l'IRD, vous bénéficierez:

• De 32 jours de congés + 13 RTT (pour un temps plein à 38h30 hebdomadaire).
• Une restauration collective.
• Souscription annuelle (facultative) à l'Association des Ouvres Sociales: prestations vacances-loisirs et sportives-culturelles.
• D'une affiliation à la protection sociale complémentaire MGEN, offrant une couverture santé et prévoyance de qualité.
• D'un cadre de travail agréable, proche de la nature, desservi par le Tram ligne 5 et accessible en vélo et bénéficiant d'un système de co-voiturage (convention mobilité signée avec la métropole).

Nos recrutements sont fondés sur les compétences, sans distinction d'origine, d'âge ou de genre et tous nos postes sont ouverts aux personnes en situation de handicap.