Ingénieur-e développement bioinformatique

INRAE; Jouy-en-Josas; Sur place; EUR 52 000 - 76 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Congés annuels et RTT

Formation continue

Aide sociale et chèques vacances

Résumé du poste

INRAE recherche un(e) ingénieur(e) en informatique pour faire évoluer l’outil Food Microbiome Metabolic Modules (F3M) et faciliter son usage via des interfaces utilisateur conviviales.

Vous intégrerez la plateforme Migale dans le cadre du projet DOMINO, en collaboration avec l’Université de Trento, et vous assurerez maintenance, tests et déploiement, tout en rédigeant les documentations associées.

Qualifications

• Maîtrise de Python et de Snakemake ou d’un gestionnaire de workflows.
• Connaissances en gestion de projets informatiques et en DevOps.
• Maîtrise du français et anglais (C1).

Responsabilités

• Participer à l’expression du besoin et au cahier des charges.
• Concevoir et développer l’outil F3M et ses interfaces utilisateur.
• Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.
• Concevoir et exécuter des tests fonctionnels et techniques.
• Assurer la maintenance évolutive et curative des développements.
• Déployer et mettre à disposition les déploiements en production.
• Assurer une assistance fonctionnelle et technique aux utilisateurs.
• Participer à la formation des utilisateurs et à l’appropriation des outils.

Connaissances

Python

Snakemake

Workflow management

DevOps practices

Formation

Master 2 informatique

Description du poste

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Votre mission s’inscrit dans le cadre du projet DOMINO (https://www.domino-euproject.eu), un projet de recherche européen portant sur le rôle de la diversité des microbiotes des aliments fermentés sur la santé. Ce projet de recherche et d’innovation, lancé dans le cadre d'Horizon Europe, a pour but de comprendre le rôle et de valoriser la diversité des microbiotes d’aliments fermentés pour des systèmes alimentaires sains et durables.

Au sein de la plateforme de bioinformatique Migale, équipe du laboratoire MaAIGE, vous serez en charge de mettre à disposition de la communauté les outils d’analyse développés dans DOMINO.

Plus particulièrement, vous participerez au développement de l’outil Food Microbiome Metabolic Modules (F3M), un outil de profilage fonctionnel de microbiomes alimentaires.

Une première version de F3M a déjà été développée et mise à disposition des utilisateurs sous la forme d’un workflow d’analyse et d’un package R ( https://fme.micalis.fr/article/2025/11/06/food-microbiome-metabolic-modules-f3m/ ).

Vous serez en charge de faire évoluer l’outil fonctionnellement, de construire des interfaces interfaces utilisateur permettant de l’utiliser facilement sans connaissance de la ligne de commande , de gérer les mises à jour de la base de référence de modules.

Vous travaillerez également en collaboration avec les partenaires du projet DOMINO qui voudront utiliser l’outil sur leurs propres données, et avec le laboratoire de Nicola Segatta à l’Université de Trento pour l’intégration des résultats de F3M dans la curated Food Metagenomic Database (https://github.com/SegataLab/cFMD). Cette base, crée dans DOMINO, rassemble et réanalyse de façon standardisée l’ensemble des métagénomes alimentaires publics.

Vos Principales Activités Seront

• Participer à l’expression du besoin et au cahier des charges.
• Modéliser, concevoir et développer l’outil.
• Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.
• Élaborer la stratégie de test, concevoir, spécifier et exécuter des tests fonctionnels et/ou techniques.
• Assurer la maintenance évolutive et curative des développements réalisés.
• Créer et tester les packages applicatifs et les scripts de déploiement en production.
• Réaliser le déploiement.
• Réceptionner, installer, documenter, mettre à disposition les développements en assurant le suivi des versions.
• Assurer une assistance fonctionnelle et technique aux utilisateurs.
• Participer à la conception et à la conduite des actions de formation.

Licence/Master (Bac+3/5)

Formation recommandée : Master 2 en informatique, ou licence en informatique avec une expérience avérée en développement de systèmes d’information

Connaissances Souhaitées

• Maitrise de Python, de Snakemake ou d’un gestionnaire de workflows
• Méthodologie de gestion de projets informatiques
• Connaissances méthodologie DevOps :gestion de code source, intégration et déploiement continu
• Maîtrise du français, de l’anglais (C1)

Expérience Appréciée

• Expérience en bioinformatique
• Projets pluridisciplinaires si possible en biologie, microbiologie ou génomique

Aptitudes Recherchées

• Capacité à travailler en équipe, y compris à distance
• Sens de l’écoute, bon relationnel
• Bonne gestion de son temps
• Rigueur

Votre qualité de vie à INRAE

• jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
• d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
• d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
• de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
• d'activités sportives et culturelles ;
• d'une restauration collective.

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr