Ingénieur en Bio-informatique (F/H)

Université de Montpellier; Montpellier; On-site; EUR 24,000 - 31,000; Full time

Benefits offered by this job

Congés annuels jusqu’à 46 jours

Télétravail jusqu’à 2 jours/semaine

Restauration collective

Aide et prestations sociales

Prise en charge partielle des abonnés

Job summary

Service Formation Continue de l'Université de Montpellier recherche un(e) ingénieur(e) en bioinformatique pour le projet ESCALATE, afin de tester et valider Reindeer 2 et d’analyser des données RNA-seq liées au cancer. Vous travaillerez en équipe, concevrez des pipelines et participerez à des publications scientifiques.

Le poste implique une mission de 16 mois ou plus, avec un démarrage en décembre 2026, sur Montpellier.

Qualifications

• Expérience confirmée en bioinformatique et analyses Omics.
• Maîtrise des pipelines bioinformatiques et de l’indexation de données à grande échelle.
• Bon esprit d’équipe et autonomie dans un contexte collaboratif.

Responsibilities

• Benchmarking des nouvelles structures d’indexation (quantification, détection d’événements rares).
• Automatisation des designs de sondes de kmers en collaboration avec Paris Saclay.
• Réalisation d’analyses différentielles et identification de biomarqueurs via des données OMICS.
• Déploiement des structures d’indexation pour des données multiOmique et partage via GitHub.
• Rédaction de rapports, participation à des publications et communications.

Skills

Rigueur

Autonomie

Esprit d’initiative

Organisation du travail

Esprit d’équipe

Tools

Pipelines bioinformatiques

Indexation de données

Programmation

Analyses NGS à grande échelle

Job description

Intitulé du projet : Analyse efficace et évolutive du cancer par exploration transcriptomique avancée à grande échelle
Acronyme du projet : ESCALATE
Durée globale du projet : 48 mois
Description sommaire du projet : L'objectif d'ESCALATE est de traiter et d'analyser efficacement des centaines de milliers d'ensembles de données RNA-seq sur le cancer humain.

L'innovation centrale du projet est le développement de méthodes sans référence pour l'indexation et l'interrogation d'ensembles de données de séquences, s'écartant des méthodes traditionnelles qui ne prennent généralement en compte que les gènes ou les transcrits annotés. Cela n'est possible que grâce à l'implication du partenaire de l'Université de Lille, qui développe ces structures de données hautement optimisées. Notre implication dans le projet repose sur une solide expérience dans l'exploitation des données RNA-seq pour la recherche sur le cancer.
Mission principale : Nous souhaitons recruter un.e Ingénieur.e en bioinformatique pour le projet ESCALATE pour lui confier une mission principale qui sera de tester et valider une nouvelle structure d’indexation : Reindeer 2, en lien avec les objectifs du projet et le partenaire de l'Université de Lille. Mots clefs du projet : Bioinformatique, indexation de données, Analyses à grande échelle, Analyses multiOMiques, Analyses différentielles.
Définition des tâches à accomplir :

• Benchmarking des nouvelles structures d'indexation (quantification, recherche d'événements rares).

• Réaliser la mise en place de méthodes automatisées pour le design de sondes de kmers (sets de séquences spécifiques d’événements biologiques/de biomarqueurs) en collaboration avec nos partenaires de Paris Saclay.

• Prise en main des analyses différentielles en utilisant les approches par k-mers, tester les procédures sur des données OMICS (RNAseq) afin d'extraire de nouveaux biomarqueurs de cancers, de vieillissement ou pathologies liées au vieillissement.

• Participer aux déploiements des structures d'indexation pour des données multiOmiques

• Interagir avec l'ensemble des équipes, chercheurs, ingénieurs doctorants du projet et mettre en partage les outils et pipelines développés sur GitHub. Définir les procédures d'échange, de partage et de sécurité.

• Participer aux réunions, rédiger les rapports et procédures,

• Participer à la rédaction de publications et participer à des conférences pour communiquer les résultats.

Description précise de l'évènement ou du résultat objectif déterminant la fin de la relation contractuelle ainsi que les modalités d'évaluation et de contrôle de ce résultat:Finaliser le benchmarking de Reindeer 2, réaliser les analyses différentielles et identifier les biomarqueurs d’intérêt à partir des données de leucémies aiguës myéloïdes traitées dans le cadre du projet. La fin du projet sera matérialisée par la finalisation de ces analyses et la production des résultats associés, destinés à être valorisés dans une publication scientifique. L’atteinte de cet objectif sera évaluée au regard des analyses réalisées, des résultats obtenus et de leur intégration dans les travaux de valorisation scientifique du projet.

• Bon esprit d’équipe requis, personnalité bien adaptée au travail en équipe.

• Expertise et maturité professionnelle.

• Esprit d‘initiative et d'autonomie.

• Organisation du travail et adaptabilité à de nouvelles procédures.

Ce poste nécessite une personne expérimentée ayant la rigueur, l'expertise et la connaissance des méthodologies nécessaires au projet (programmation, indexation de données à grande échelle, connaissances des pipelines bioinformatiques pour les analyses NGS à grande échelle)

Nous souhaitons confier ces missions en lien avec les objectifs du projet ITMO MIC (ESCALATE) à unu.e ingénieur.e ayant déjà une première expérience dans le domaine d’expertise présenté. Nous avons besoin d'une personne spécialisée dans la connaissance des données « Omics », des outils bioinformatiques, des structures d'indexation.

Recruter dans ce projets de recherche une personne ayant des compétences acquises est un atout important pour son bon déroulement car il concerne beaucoup de validation d’outils à mettre en place dans une structure déjà existante..

Rejoindre l'université de Montpellier, c'est bénéficier de nombreux avantages dans une région qui offre un cadre de vie qualitatif.

Nos avantages :
> Dispositifs de développement des compétences: accès à une grande offre de formation, préparation aux concours internes >> Jusqu’à 46 jours de congés / an (pour un temps plein à 38h30) >> Temps de travail aménageable >> Jusqu'à 2 jours de télétravail / semaine (selon les modalités de la charte de TT applicable à l'UM) >> Restauration collective >> Aide et prestations sociales >> Prise en charge partielle des abonnements au transport de la ville >> Accès aux activités sportives, culturelles et de loisirs de l'université >> Soutien à la parentalité: club de loisirs pour enfant, partenariat de crèches, jours enfant-malade Avantages dépendant de la nature et la durée du contrat, des nécessités de services et des conditions d'éligibilité

Informations complémentaires :

Rémunération : de 2160 € à 2760 € bruts mensuels, dont 200 € d'indemnité mensuelle des agents contractuels (prime)

Prise de poste : décembre 2026

Type de contrat : CDD de catégorie A

Durée du contrat : 16 mois

Clôture des candidatures : 28/11/2026