Bioinformaticien - Transcriptomique et biostatistique, projet ATTILAS (F/H) (F/H)

PSL Research University; Paris; Vor Ort; EUR 32.000 - 39.000; Vollzeit

Benefits dieser Stelle

Restauration collective

Transport annuel

Mutuelle d’entreprise

Zusammenfassung

Le Centre de recherche de l’Institut Curie recrute pour l’équipe RACER (Rare Cancers Exploration and Research) afin de conduire des analyses transcriptomiques translationnelles sur les sarcomes, notamment le liposarcome dédifférencié, en collaboration avec les bioinformaticiens du hub.

Le poste s’inscrit dans le projet ATTILAS, financé par l’ANR, et implique l’intégration de données RNA-seq bulk et single-cell, l’analyse de CNV et les validations fonctionnelles, avec publication attendue et

Qualifikationen

• Master 2 ou diplôme d'ingénieur en bioinformatique ou équivalent, ou doctorat en analyse transcriptomique.
• Au moins 2 ans d'expérience en analyse de données haut débit et scRNA-seq.
• Connaissance RNA-seq bulk et single-cell, normalisation et intégration multi-omics.
• Maîtrise des outils statistiques et de bioinformatique pour la survie et l'enrichissement.

Aufgaben

• Analyser les données RNA-seq bulk et scRNA-seq, contrôle qualité et normalisation.
• Déconvolution et annotation cellulaire, inférence de CNV et analyses trajectoires.
• Intégrer les résultats transcriptomiques aux résultats fonctionnels du projet.
• Collaborer avec biologistes et cliniciens, présenter les résultats et contribuer aux publications.

Kenntnisse

R

Python

Bash

Unix

Git

SLURM

Nextflow

Conda

Docker

Singularity

Anglais scientifique

Ausbildung

Master 2 en bioinformatique / biostatistique / science des données

Ingénieur/Biology data science

Doctorat en analyse transcriptomique

Tools

R

Python

Bash

Unix

Git

SLURM

Nextflow

Conda

Docker

Singularity

Jobbeschreibung

Structure d'accueil

Le Centre de recherche de l’Institut Curie

Premier centre français de recherche et de lutte contre le cancer, l'Institut Curie associe un centre de recherche de renommée internationale et un hôpital de pointe. Il offre un environnement d’excellence, où les expertises se mêlent autour de valeurs communes : bienveillance, humanité, ouverture, partage, efficacité, innovation, solidarité et engagement.

Missions

Activités principales

Laboratoire - Service

L’équipe RACER (Rare Cancers Exploration and Research), dirigée par le Dr Sarah Watson au sein de l’unité Chemical Biology of Cancer (INSERM U1339/CNRS UMR3666, Institut Curie, Paris), conduit des recherches translationnelles sur les cancers rares, dont les sarcomes. Elle combine profilage moléculaire multi-échelle, modèles précliniques et accès direct aux cohortes et échantillons biologiques de l’Institut Curie.

Le poste s’inscrit dans le projet ATTILAS (Addressing and Targeting Tumor and Immunological Vulnerabilities in Dedifferentiated Liposarcomas), financé par l’ANR (JCJC, 36 mois) et coordonné par le Dr Watson. Ce projet vise à identifier des vulnérabilités tumorales et immunitaires du liposarcome dédifférencié (DDLPS) grâce à l’intégration d’analyses multi-omiques et de validations fonctionnelles. La personne recrutée contribuera aux analyses bioinformatiques d’un jeu de données comprenant RNA-seq bulk, scRNA-seq, WGS et WES. Elle travaillera en étroite collaboration avec les chercheurs de l’équipe et les bioinformaticiens du Hub de bioinformatique de l’Institut Curie.

Description des activités

Analyse transcriptomique

• Analyser les données RNA-seq bulk : contrôle qualité, normalisation, expression différentielle et analyses fonctionnelles.
• Réaliser la déconvolution des données bulk à partir des références scRNA-seq de l’équipe.
• Traiter et intégrer les données scRNA-seq/snRNA-seq : annotation cellulaire, inférence de CNV, analyses de trajectoire et de communication intercellulaire.
• Intégrer les données transcriptomiques aux résultats fonctionnels du projet.

Biostatistique et biomarqueurs

• Corréler profils moléculaires et données cliniques à l’aide de modèles statistiques adaptés
• Optimiser et valider des signatures pronostiques.
• Identifier des signatures de réponse ou de résistance thérapeutique à partir des données single-cell puis les appliquer aux cohortes bulk.

Gestion des données et valorisation

• Développer des pipelines reproductibles et documentés.
• Assurer la gestion et le dépôt des données selon les principes FAIR et les exigences ANR.
• Collaborer avec biologistes, ingénieurs et cliniciens pour transformer les questions biologiques en analyses exploitables.
• Présenter les résultats et contribuer aux publications et rapports scientifiques.

Spécificités du poste

Possibilité de déplacements ponctuels pour des congrès nationaux et internationaux.

Profil du candidat

Savoirs et compétences attendus

Formation et expérience

• Niveau et diplômes : Master 2 ou diplôme d'ingénieur en bioinformatique, biostatistique, science des données ou discipline connexe ; ou doctorat dans l'un de ces domaines, notamment en analyse transcriptomique.
• Expérience professionnelle : au moins 2 ans d'expérience dans l'analyse de données de séquençage à haut débit. Expérience documentée du scRNA-seq.
• Connaissances attendues : RNA-seq bulk et en cellule unique, de la donnée brute à l'interprétation biologique ; méthodes d'intégration et de correction des effets de lot ; statistiques appliquées à la survie, analyses d'enrichissement fonctionnel. Connaissance de la biologie du cancer ;
• Atouts : déconvolution cellulaire, inférence de communication intercellulaire, analyse de données spatiales, exploitation de données de nombre de copies.

Compétences et qualités requises

• Compétences informatiques : maîtrise de R, Python, bash et de l'environnement Unix ; usage courant de Git ; travail sur cluster de calcul (SLURM) ; gestionnaires de workflow (Nextflow ) et environnements reproductibles (conda, Docker, Singularity).
• Compétences linguistiques : anglais scientifique écrit et oral courant, indispensable.
• Aptitudes : rigueur méthodologique et sens de la reproductibilité, autonomie dans la conduite des analyses, esprit critique sur la robustesse des résultats, capacité à dialoguer avec des biologistes et des cliniciens et à restituer des analyses complexes de façon accessible, goût du travail collaboratif

Informations sur le contrat

• Type de contrat : CDD, niveau ingénieur d'études ou ingénieur de recherche selon le profil
• Date de démarrage : dès que possible
• Durée du contrat : 18 mois, renouvelable
• Temps de travail : temps complet, 39 h par semaine
• Rémunération annuelle : de32480€ to 39459€ selon les grilles en vigueur
• Avantages : Restauration collective, prise en charge du titre de transport annuel à 70%, mutuelle d’entreprise
• Localisation du poste : Paris

Diplôme et expérience professionnelle

Bac+5, Bac+6 et plus

Fidèle à l’héritage de sa fondatrice, l’Institut Curie est pleinement engagé en faveur de l’égalité professionnelle entre les femmes et les hommes. Convaincus que la diversité des profils et des parcours enrichit nos équipes et nourrit l’excellence de nos missions, nous invitons toutes et tous à postuler à nos offres. Nos opportunités sont ouvertes à des personnes en situation de handicap.

https://euraxess.ec.europa.eu/sites/default/files/brochures/eur_21620_en-fr.pdf