Ingénieur-e développement pour le data brokering des données de microbiomes et santé.

INRAE; Jouy-en-Josas; On-site; EUR 42,000 - 62,000; Full time

Benefits offered by this job

Jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT

Soutien à la parentalité

Formation et développement des compet.

Accompagnement social

Chèque-vacances et loisirs

Activités sportives et culturelles

Restauration collective

Job summary

INRAE recrute un(e) ingénieur(e) master pour contribuer au projet Cloud4sams dans le cadre du PEPR SAMS. Vous participerez à la définition et au développement d’une solution logicielle dédiée à la gestion des données et métadonnées de microbiomes humains, en partenariat avec les équipes du projet.

Le poste exige des compétences en programmation et DevOps, une maîtrise du français et de l’anglais (C1), et une capacité à travailler en équipe, y compris à distance.

Qualifications

• Maîtrise de la programmation et des méthodologies de développement logiciel.
• Connaissance des pratiques DevOps (intégration et déploiement continu).
• Bonne maîtrise du français et de l’anglais (C1).

Responsibilities

• Travailler sur le projet Cloud4sams et proposer des solutions logicielles dédiées à la collecte, la validation et le dépôt des données et métadonnées.
• Collaborer avec les partenaires du projet et l’équipe de pilotage.
• Rédiger des guidelines de gestion et de soumission des données et du microbiote humain.

Skills

Maîtrise de la programmation

Gestion de projets informatiques

DevOps

Anglais (C1)

Education

Master/Ingénieur Bac+5

Job description

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Votre mission, les objectifs qui vous serons fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent principalement dans le cadre du projet Cloud4sams du PEPR SAMS qui vise à proposer une Preuve de Concept pour une infrastructure numérique distribuée et sécurisée permettant aux scientifiques d’exploiter des données de microbiomes et de santé.

Au sein de ce projet, nous souhaitons proposer une solution pilote pour la gestion des données et métadonnées de microbiomes d’origine Humaine depuis leur production jusqu’à leur publication au sein d’entrepôts publics sécurisés dédiés (ex : FEGA).

Dans ce contexte, vous serez chargé de travailler avec les membres du projet Cloud4sams pour proposer une solution

Logicielle Permettant

• la gestion des métadonnées en respectant les standards internationaux du domaine et les contraintes juridiques, sécuritaires et réglementaires liées au caractère potentiellement identifiant des informations
• En collaboration avec les partenaires du projet, la définition et la mise en oeuvre de critères pour évaluer la qualité des données et métadonnées issues de microbiomes humains
• Le développement d’une première brique logicielle dédiée à la collecte, la validation et au dépôt automatisé des données dans des entrepôts publics sécurisés. Ce travail s’appuiera sur le développement récent de l’outil madbot (https://madbot.france-bioinformatique.fr) qui permet la mise en place de connecteurs dédiés à des entrepôts et s’effectuera en partenariat avec l’équipe de développement en charge du pilotage du projet.
• La rédaction d’un guideline de gestion et soumission des données et métadonnées du microbiote humain et la contribution à l’élaboration d’un support de formation.

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Connaissances souhaitées

Maitrise de la programmation

Méthodologie de gestion de projets informatiques

Connaissances méthodologie DevOps :gestion de code source, intégration et déploiement continu

Maîtrise du français, de l’anglais (C1)

Expérience Appréciée

Développement logiciel

Projets pluridisciplinaires si possible en biologie, microbiologie ou génomique

Aptitudes Recherchées

Capacité à travailler en équipe, y compris à distance

Sens de l’écoute, bon relationnel

Bonne gestion de son temps

Rigueur

Votre qualité de vie à INRAE

• jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
• d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
• d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
• de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
• d'activités sportives et culturelles ;
• d'une restauration collective.

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site

fonction publique.gouv.fr