Ingénieur·e d’études : spectroscopie NIR et chimiométrie

INRAE Occitanie-Toulouse; Occitanie; On-site; EUR 42,000 - 56,000; Full time

Benefits offered by this job

30 jours de vacances par an

RTT 15 jours

Restaurants collectifs

Horaires flexibles

Accès à installations sportives

Job summary

INRAE recherche un(e) ingénieur(e) d’études pour contribuer à QUALIDIG et DIGEST-NIR, en analyse de données spectrales et développement méthodologique. Vous travaillerez sur la gestion de données, la chimiométrie et la validation des modèles.

Le poste implique du travail en équipe pluridisciplinaire et une interaction régulière avec les acquisitions spectrales et les analyses de référence, avec une orientation vers la robustesse et la reproductibilité.

Qualifications

• Diplôme Bac+5 (master ou école d’ingénieurs) en science des données ou domaine équivalent.
• Formation et expérience en statistiques appliquées et outils de data science.

Responsibilities

• Consolider les bases de données et assurer leur traçabilité et qualité des métadonnées.
• Explorer et prétraiter les spectres NIRS, comparer méthodes statistiques et machine learning.
• Développer un prototype R Shiny pour l’application et documenter les modèles.

Skills

R et Python

Statistiques appliquées

Chimiométrie

Modélisation prédictive

Education

Master ou diplôme d’ingénieur en science des données

Tools

R Shiny

R

Python

Job description

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Presentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Présentation du LBE

Le Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement (LBE) est une unité propre de recherche du centre Occitanie-Montpellier de l’Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’alimentation et l’Environnement (INRAE), située à Narbonne. Les recherches menées au LBE visent à développer le concept de bioraffinerie environnementale qui consiste à valoriser les résidus, déchets, effluents organiques ainsi que certaines biomasses en produits d'intérêt industriel (bioénergies, biomolécules, amendement et fertilisant organique) tout en minimisant leur impact environnemental et sanitaire. Symbolisées par la production de bioénergies (eg., via le biométhane et le biohydrogène par des écosystèmes anaérobies), les recherches du LBE cherchent à traiter et/ou valoriser les rejets organiques, qu'il s'agisse d’effluents liquides (agroalimentaires en particulier), de résidus solides (résidus agricoles, déchets ménagers et boues issues des stations d'épuration) ou de biomasses spécifiques telles que les micro-algues ou les cultures intermédiaires à vocation énergétique (CIVE). Cette valorisation se décline en intégrant explicitement les contraintes d'innocuité sanitaire (eg., liées à la présence de résidus pharmaceutiques, de détergents et/ou de pathogènes…). L’ensemble de ses recherches couvre un très large spectre de compétences disciplinaires : microbiologie, écologie microbienne, génie biologique, génie des procédés, modélisation, automatique et transfert industriel. Le LBE bénéficie d’une implantation de 4757 m² de surface, dont 1882 m² de halle expérimentale, et d’un équipement scientifique et analytique permettant la mise en place et le suivi d'expérimentations à différentes échelles.

Contexte scientifique

La méthanisation permet de valoriser les résidus organiques en biogaz et en digestats. Le pilotage des installations et la valorisation agronomique des digestats nécessitent une connaissance fiable de leur composition et de leurs propriétés fonctionnelles : matières sèches, matière organique, nutriments, stabilité de la matière organique, potentiel méthane résiduel ou encore devenir du carbone et de l’azote après retour au sol. Les analyses classiques sont souvent longues, coûteuses et peu compatibles avec un suivi fréquent. La spectroscopie proche infrarouge (NIRS), associée à des méthodes statistiques et de machine learning, ouvre la voie à des mesures rapides et multiparamétriques. Le Laboratoire de Biotechnologie de l’Environnement (INRAE-LBE, Narbonne) recrute un·e ingénieur·e d’études pour contribuer à deux projets complémentaires, QUALIDIG et DIGEST-NIR, en lien notamment avec INRAE Transfert–METYS. Les deux projets mobilisent un même socle de compétences en gestion de données spectrales et analytiques, chimiométrie, apprentissage statistique et validation des modèles, mais abordent deux étapes différentes de leur développement :

• QUALIDIG – échantillons secs et transfert : consolidation de modèles NIRS et ISBAMO® (méthode de fractionnement chimique associée à de la spectrofluorimétrie 3D développée au LBE) de caractérisation physicochimique et fonctionnelle des digestats, exploration de leur complémentarité (approches multiblocs), puis intégration des modèles retenus dans un prototype logiciel R Shiny destiné à préparer un usage analytique de routine et leur transfert vers INRAE Transfert–METYS.
• DIGEST-NIR – échantillons frais et mesures terrain : développement de modèles prédictifs à partir de spectres acquis sur matrices fraîches, comparaison avec les échantillons secs, évaluation d’instruments de laboratoire et portatifs et transfert éventuel des calibrations vers des mesures in situ, au service du pilotage des méthaniseurs et de la caractérisation agronomique des digestats.

Le CDD de 22 mois est mutualisé entre ces deux projets, avec une mobilisation prévisionnelle d’environ 10 mois sur QUALIDIG et 12 mois sur DIGEST-NIR, articulée selon l’avancement des travaux et les échéances scientifiques. Le poste est à dominante analyse de données et développement méthodologique, avec des interactions régulières avec les équipes chargées des acquisitions spectrales et des analyses de référence.

Objectifs

• Objectif transversal : structurer des bases analytiques et spectrales traçables, comparer les prétraitements et algorithmes (PLS, Random Forest et autres méthodes appropriées), quantifier les performances, les incertitudes et les domaines d’applicabilité, en privilégiant la robustesse et la reproductibilité.
• QUALIDIG : consolider les modèles sur digestats secs pour les principaux paramètres de composition (MO, C, N organique, P, S) et les indicateurs fonctionnels (Cmin91, Nmin91, BMP résiduel) ; tester des approches combinant NIRS et ISBAMO® ; développer un prototype R Shiny permettant le transfert des modèles sélectionnés.
• DIGEST-NIR : développer des calibrations adaptées aux digestats frais, notamment pour des indicateurs de fonctionnement des procédés (AGV, NH₄⁺, MS, MV, éventuellement alcalinité) et de qualité des digestats ; étudier les effets de la teneur en eau, du type d’instrument et du passage laboratoire/terrain sur la qualité des prédictions

Missions et activités

Missions communes aux deux projets

• Gestion des données : consolider les bases existantes et les nouvelles acquisitions ; vérifier leur qualité (unités, métadonnées, traçabilité, valeurs atypiques, cohérence des références), harmoniser les jeux de données et préparer des ensembles de calibration et de validation indépendants.
• Chimiométrie et modélisation : explorer et prétraiter les spectres, comparer des approches statistiques et de machine learning, optimiser leur paramétrage, documenter les modèles, étudier les facteurs influençant leurs performances et interpréter les résultats.
• Robustesse et validation : mettre en place des stratégies de validation adaptées à la diversité des digestats et à l’hétérogénéité des données ; quantifier les erreurs et incertitudes, détecter les prédictions hors domaine d’applicabilité et proposer des critères de sélection des modèles selon les usages.

Volet QUALIDIG – caractérisation sur digestats secs et préparation du transfert

• Prototype logiciel R Shiny : concevoir et développer une application permettant l’import des spectres et données, le choix de modèles versionnés, les prédictions multiparamétriques, l’affichage des incertitudes et alertes hors domaine, l’édition de rapports et la conservation traçable des résultats ; documenter et tester ce prototype avec les futurs utilisateurs, notamment METYS.

Volet DIGEST-NIR – caractérisation des digestats frais

• Portabilité et usages : évaluer la transférabilité des modèles développés sur le spectromètre de laboratoire Büchi N500 vers le dispositif portatif ProxiScoot ; comparer les performances selon les types de digestats et les usages envisagés (suivi des procédés, caractérisation agronomique, mesures sur site).
• Validation applicative : contribuer à la définition des protocoles de mesure, à l’exploitation d’essais sur pilotes ou échantillons indépendants et à la formulation de recommandations pour un usage fiable en conditions proches du terrain.

Formations et compétences recherchées

• Formation académique : diplôme Bac +5 (master ou école d’ingénieurs) en science des données (data science), statistiques appliquées, voire chimie analytique avec spécialisation en science des données.
• Compétences : maîtrise de R et/ou Python ; bonnes compétences en statistique et modélisation prédictive (PLS, validation croisée, machine learning), traitement et visualisation de données. Une expérience en traitement de données spectrales NIRS et en développement R Shiny constitue un atout important.
• Qualités : autonomie, rigueur scientifique, esprit critique, organisation, capacités d’analyse et de rédaction ; aptitude au travail collaboratif et aux échanges avec des équipes pluridisciplinaires. Un intérêt pour l’encadrement ponctuel de stagiaires sera apprécié.
• Langue : anglais scientifique (lecture, rédaction et échanges professionnels).
• Motivation : intérêt marqué pour la recherche appliquée, le développement de méthodes analytiques innovantes et la transition écologique ; sensibilité aux problématiques de méthanisation et de valorisation des déchets organiques.

Votre qualité de vie à INRAE

• Environnement de recherche : accès aux équipements analytiques et aux installations expérimentales mutualisées du LBE.
• Accompagnement et formation : intégration dans une équipe pluridisciplinaire et appui scientifique des personnels du LBE et de METYS.
• Réseaux de collaboration : vous pourrez collaborer avec une équipe dynamique de chercheurs et de partenaires industriels, tant au niveau national qu'international.
• Moyens de recherche : accès aux équipements expérimentaux et analytiques, aux logiciels et aux moyens nécessaires à la réalisation des travaux, dans le cadre des ressources du projet.
• Evolution de carrière : développement de votre réseau (ateliers, séminaires, évènements…)
• Ambiance de travail : Vous ferez partie d'une équipe compétente. Vous travaillerez dans un environnement dynamique où règne une atmosphère de bienveillance et de respect. Les agents n’hésitent pas à travailler ensemble pour trouver des solutions innovantes en matière d’environnement durable.
• Excellentes conditions de travail : 30 jours de vacances par an (+ 15 si RTT) ; soutien à la parentalité ; accès à des restaurants collectifs bon marché ; horaires flexibles ; accès à des installations sportives sur site ; temps ensoleillé.
• Salaire (brut) : selon la grille de rémunération INRAE et l’expérience

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du