Ingénieur.e de recherche - caractérisation de souches d’Escherichia coli

Université de Caen Normandie; Caen; Sur place; EUR 27 000 - 42 000; Plein temps

Résumé du poste

L’Université de Caen Normandie (UNICAEN) recherche un chercheur en microbiologie pour des expérimentations et analyses de données génomiques dans le cadre du projet EFFAS. Poste à temps plein sur les unités Dynamicure et ABTE, avec financement par contrat de recherche et possibilité d’évolution selon le financement.

Le candidat doit maîtriser la manipulation en laboratoire et la bioinformatique, et avoir une formation BAC+5 en microbiologie.

Qualifications

• Réaliser des expérimentations de microbiologie et biologie moléculaire.
• Analyser des données génomiques et transcriptomiques.
• Rédiger des rapports d’essai et des publications

Responsabilités

• Former et habiliter à la manipulation de microorganismes de niveau de sécurité 3.
• Contribuer à l’analyse génomique d’une collection de souches STEC.
• Extraire des ARN et préparer les échantillons pour le séquençage.
• Collecter, traiter et analyser les données de transcriptomique après séquençage.
• Contribuer au fonctionnement des laboratoires Dynamicure et ABTE.

Connaissances

Expérience en microbiologie

Analyse de données génomiques

Rédaction scientifique

Formation

BAC +5 en Microbiologie ou équivalent

Outils

Bioinformatique

Description du poste

À propos de nous

L’université de Caen Normandie (UNICAEN) est un acteur majeur et un moteur de développement de l’enseignement supérieur et de la recherche en Normandie. UNICAEN est membre de la communauté d’universités et d’établissements Normandie Université. Pluridisciplinaire, elle accueille plus de 33 000 étudiants au sein de 12 composantes (UFR, écoles, instituts ). Afin de mener ces missions, elle s’appuie sur 2 700 professionnels, dont 1 600 personnels enseignants (1 060 enseignant.es-chercheur.ses et 540 enseignant.es) et 1 100 personnels des bibliothèques, ingénieur.es, administratif.ves, techniques, sociaux et de santé (BIATSS).

Mission

Présentation De L'unité De Recherche

Le poste est à pourvoir dans les unités de recherche UMR Dynamicure et UR 4651 ABTE de l'Université de Caen Normandie. L’équipe de l'UMR Dynamicure est composée d’enseignants chercheurs hospitalo-universitaires de Caen et de Rouen exerçant dans des disciplines liées à l’infectiologie et à l’étude des agents pathogènes. L’unité de recherche ABTE a été créée en 2012 sous la double tutelle des universités de Caen et de Rouen. Son programme scientifique porte sur la qualité des aliments et des environnements et leurs impacts sur la santé humaine.

Positionnement Hiérarchique

DESMASURES Nathalie / ISNARD Christophe

Missions Principales Du Poste

Expérimentation et analyses de données génomiques et transcriptomiques de souches de Escherichia coli STEC dans le cadre du projet EFFAS. "EFFAS - Caractérisation génomique et phénotypique de souches d'Escherichia coli STEC et évaluation de leur sensibilité aux stress pour le développement de ferments bioprotecteurs en filière fromagère AOP au lait cru".

Activités Et Tâches Du Poste

• Se former et s’habiliter à la manipulation de microorganismes de niveau de sécurité 3,
• Se former et s’habiliter à la manipulation en laboratoire de niveau de sécurité P3,
• Contribuer à l’analyse génomique d’une collection de 50 souches STEC,
• Extraire des ARN de cultures bactériennes en conditions de stress définies, préparer et expédier les échantillons pour le séquençage des ARN,
• Collecter, traiter et analyser les données de transcriptomique après séquençage avec l’aide d’un enseignant-chercheur,
• Contribuer au fonctionnement collectif des laboratoires d’accueil (Dynamicure et ABTE équipe MALIM)

Profil

Catégorie d'emploi : A

Diplôme minimal requis : BAC + 5 en Microbiologie ou équivalent

Compétences Requises

Compétences principales

• réaliser des expérimentations de microbiologie et biologie moléculaire,
• analyser des données génomiques et transcriptomiques,
• rédiger des rapports d'essai et des publications

Connaissances

• bactériologie générale,
• bactériologie clinique et/ou alimentaire,
• génomique,
• transcriptomique,
• bonnes pratiques de laboratoire

Compétences Opérationnelles

• manipulateur/trice expérimenté.e en microbiologie classique (cultures, isolements, etc.),
• manipulation des microorganismes de niveau de sécurité 2,
• biologie moléculaire (extraction d’acides nucléiques),
• usage d’outils de bioinformatique,
• maîtrise de la communication écrite en anglais scientifique

Compétences Comportementales

• autonomie,
• rigueur,
• aptitude au travail en équipe

Conditions De Recrutement

Recrutement sur contrat de recherche, sous réserve de la disponibilité du financement.

Poste à temps complet, ouvert uniquement aux contractuels (CDD).

Rémunération statutaire et appréciée en fonction de l’expérience professionnelle.

A compétences égales, priorité aux travailleurs handicapés et autres bénéficiaires de l’obligation d’emploi.

Poste à pourvoir : à partir de décembre 2026 jusqu'au 29/02/2028

Date limite de candidature : avant le 24.10.2026

Référence de l'offre : wajv21ku9y