Université de Caen Normandie

Unicaen; Caen; Hybride; EUR 32 000 - 42 000; Plein temps

Résumé du poste

L’Université de Caen Normandie propose un poste à temps plein au sein des unités Dynamicure et ABTE (UMR/DRE). Vous contribuerez à des projets d’expérimentation et d’analyse de données génomiques et transcriptomiques sur des souches Escherichia coli STEC dans le cadre du projet EFFAS.

Le candidat mènera des expériences en microbiologie et biologie moléculaire, extraira des ARN en conditions stress et participera au séquençage et à l’analyse des données avec un encadrement pédagogique.

Qualifications

• Diplôme BAC+5 en microbiologie ou équivalent requis.
• Capacité à mener des expérimentations et analyses en microbiologie.
• Rapidité et rigueur dans le traitement des données.
• Bonne maîtrise de l’anglais scientifique.

Responsabilités

• Réaliser des expériences en microbiologie et biologie moléculaire.
• Analyser des données génomiques et transcriptomiques des souches STEC.
• Extraire ARN et préparer les échantillons pour séquençage.
• Analyser les données de transcriptomique après séquençage.
• Participer au fonctionnement des laboratoires Dynamicure et ABTE MALIM.
• Rédiger des rapports et publications.

Connaissances

Microbiologie expérimentale

Biologie moléculaire

Génomique et transcriptomique

Rédaction scientifique

Formation

BAC + 5 en Microbiologie ou équivalent

Outils

Outils bioinformatiques

Description du poste

Présentation de l'unité de recherche

Le poste est à pourvoir dans les unités de recherche UMR Dynamicure et UR 4651 ABTE de l'Université de Caen Normandie L’équipe de l'UMR Dynamicure est composée d’enseignants chercheurs hospitalo-universitaires de Caen et de Rouen exerçant dans des disciplines liées à l’infectiologie et à l’étude des agents pathogènes.

L’unité de recherche ABTE a été créée en 2012 sous la double tutelle des universités de Caen et de Rouen. Son programme scientifique porte sur la qualité des aliments et des environnements et leurs impacts sur la santé humaine.

Positionnement hiérarchique

DESMASURES Nathalie / ISNARD Christophe

Missions principales du poste

Expérimentation et analyses de données génomiques et transcriptomiques de souches de Escherichia coli STEC dans le cadre du projet EFFAS. «EFFAS - Caractérisation génomique et phénotypique de souches d’Escherichia coli STEC et évaluation de leur sensibilité aux stress pour le développement de ferments bioprotecteurs en filière fromagère AOP au lait cru».

Activités et tâches du poste

• Se former et s’habiliter à la manipulation de microorganismes de niveau de sécurité 3,
• Se former et s’habiliter à la manipulation en laboratoire de niveau de sécurité P3,
• Contribuer à l’analyse génomique d’une collection de 50 souches STEC,
• Extraire des ARN de cultures bactériennes en conditions de stress définies, préparer et expédier les échantillons pour le séquençage des ARN,
• Collecter, traiter et analyser les données de transcriptomique après séquençage avec l’aide d’un enseignant-chercheur,
• Contribuer au fonctionnement collectif des laboratoires d’accueil (Dynamicure et ABTE équipe MALIM)

Catégorie d'emploi

A

Diplôme minimal requis

BAC + 5 en Microbiologie ou équivalent

Compétences requises

Compétences principales

• réaliser des expérimentations de microbiologie et biologie moléculaire,
• analyser des données génomiques et transcriptomiques,
• rédiger des rapports d’essai et des publications

Connaissances

• bactériologie générale,
• bactériologie clinique et/ou alimentaire,
• génomique,
• transcriptomique,
• bonnes pratiques de laboratoire

Compétences opérationnelles

• manipulateur/trice expérimenté.e en microbiologie classique (cultures, isolements, etc.),
• manipulation des microorganismes de niveau de sécurité 2,
• biologie moléculaire (extraction d’acides nucléiques),
• usage d’outils de bioinformatique,
• maîtrise de la communication écrite en anglais scientifique

Compétences comportementales

• autonomie,
• rigueur,
• aptitude au travail en équipe

Conditions de recrutement

Recrutement sur contrat de recherche, sous réserve de la disponibilité du financement.

Poste à temps complet, ouvert uniquement aux contractuels (CDD).

Rémunération statutaire et appréciée en fonction de l’expérience professionnelle.

A compétences égales, priorité aux travailleurs handicapés et autres bénéficiaires de l’obligation d’emploi.

Poste à pourvoir

à partir de décembre 2026 jusqu'au 29/02/2028

Date limite de candidature

avant le 24.10.2026