Ingénieur-e bioinformatique en génomique comparative, multi-omics, et développement de méthodes pour ca (H/F)

Cnrs; Lyon; Sur place; EUR 42 000 - 64 000; Plein temps

Résumé du poste

Le CNRS, basé en France, recrute un ingénieur-e de recherche pour piloter des pipelines bioinformatiques et caractériser l’immunité innée des mammifères dans le cadre du projet FUNEVO.

Vous travaillerez avec des virologistes et biologistes cellulaires, développerez des méthodes multi-omiques et contribuerez à des analyses et publications au sein d’une équipe interdisciplinaire.

Qualifications

• Le/la candidat-e devra justifier d’une expérience réussie dans l’analyse de données multi-omiques, l’approche de génomique comparative et le développement ou l’utilisation de pipelines bioinformatiques.
• Une expérience ou formation en prédiction de structures protéiques, ou analyse de données d’imagerie serait un plus.
• Une expérience ou formation en immunologie dans l’arbre du vivant est un plus.
• Une excellente communication en anglais est attendue (écrite et orale).

Responsabilités

• Concevoir et développer des pipelines bioinformatiques robustes et reproductibles.
• Collaborer sur l’analyse comparative et phylogénétique des gènes d’immunité.
• Apporter un soutien méthodologique aux analyses bioinformatiques.
• Effectuer une veille méthodologique et évaluer des outils publiés.

Connaissances

Analyse multi-omique

Génomique comparative

Pipelines bioinformatiques

Biostatistiques

Description du poste

Missions: Le projet FUNEVO (FUNctional EVOlution of mammalian innate immunity) vise à élucider l’évolution fonctionnelle de l’immunité innée des mammifères. Financé par une bourse européenne ERC Consolidator de 5 ans, FUNEVO cherche à identifier les innovations multi-échelles (génomiques, génétiques, transcriptomiques et protéiques) de l’immunité. Le projet comporte notamment un focus sur l’immunité antivirale des chauves-souris — un ordre pour lequel l’équipe dispose de données multi-omiques et de nouveaux modèles cellulaires et virologiques. Les chauves-souris constituent en effet un modèle clé: Elles sont porteuses de nombreux virus, souvent sans développer de symptômes, et certains sont à l’origine de zoonoses. Les chauves-souris présentent aussi des adaptations génomiques remarquables aux interfaces virus-hôtes. Afin de comprendre le rôle des duplications/pertes de gènes et des réarrangements de domaines protéiques (recombinaisons) dans la diversification du système immunitaire, notamment face aux virus pathogènes, le projet FUNEVO consiste à:

• Intégrer la génomique et la biologie de l’évolution pour caractériser les innovations de l’immunité innée ;
• Identifier les réarrangements de domaines et leurs conséquences fonctionnelles ;
• Tester expérimentalement les activités cellulaires et antivirales associées.

Missions: Concevoir et développer des pipelines bioinformatiques ; Analyser les résultats ; Caractériser l’évolution génomique, transcriptomique et protéique de l’immunité innée chez les mammifères.
Activités:
L’ingénieur-e de recherche occupera une place centrale dans le projet FUNEVO, en lien direct avec les axes scientifiques et expérimentaux de l’équipe. Il/elle travaillera en étroite collaboration avec les autres membres du projet, tant bioinformaticien-nes qu’expérimentalistes (virologistes, biologistes cellulaires) . L’encadrement sera assuré par Lucie ETIENNE, directrice de recherche et co-responsable de l’équipe LP2L/HIVE, ainsi que Carine REY, experte en bioinformatique et génomique comparative, et responsable de la plateforme bioinformatique et biostatistique BIBS du CIRI.
Activités principales:

• Développer des méthodes et pipelines bioinformatiques robustes et reproductibles pour identifier et caractériser les innovations multi-échelles (génomiques, génétiques, transcriptomiques et protéiques) de l’immunité innée des mammifères ;
• Collaborer avec les membres de l’équipe (bioinformaticien-nes, virologistes, biologistes cellulaires) sur l’analyse comparative et phylogénétique des gènes d’immunité, en se focalisant sur les duplications/pertes de gènes et les réorganisations de domaines protéiques (notamment grace aux méthodes de prédiction de structures protéiques par IA) ;
• Apporter un soutien méthodologique aux analyses bioinformatiques de l’équipe ;
• Assurer une veille méthodologique active et évaluer les outils et méthodes publiés
• Contribuer à la rédaction d’

Conditions particulières d'exercice

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde: 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers) , en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Profil recherché

Competences:
Le/la candidat-e devra justifier d’une expérience réussie dans l’analyse de données multi-omiques, l’approche de génomique comparative et le développement ou l’utilisation de pipelines bioinformatiques.
Une expérience ou formation en prédiction de structures protéiques, ou analyse de données d’imagerie serait un plus. Une expérience ou formation en immunologie dans l’arbre du vivant est un plus. Une excellente communication en anglais est attendue (écrite et orale) .
Contraintes et risques:

Présentation de Cnrs

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.