Ingénieur d’Etude en Bioinformatique (H/F)

Cnrs; Paris; Sur place; EUR 32 000 - 42 000; Plein temps

Résumé du poste

CNRS à Paris, au sein du Laboratoire Développement, Adaptation et Vieillissement (IBPS), recrute pour un poste de chercheur/doctorant post-doctoral travaillant sur les perturbations post-transcriptionnelles liées à des mutations de l’hélicase DDX6. Vous analyserez des jeux RNA-seq et développerez des pipelines adaptés, en collaboration avec l’équipe mRNP et condensats.

Le candidat exercera son activité dans un cadre ANR, avec des modèles cellulaires humains et une interface étroite avec les

Qualifications

• Maîtrise des outils RNAseq: alignement, quantification, analyse différentielle, visualisation
• Maîtrise des outils d’analyse des isoformes d’ARN
• Expérience en analyse de transcriptome dans des modèles mammifères
• Rigueur, autonomie, dynamisme, esprit d’initiative

Responsabilités

• Traitement et contrôle qualité des données RNA-seq
• Analyse différentielle et fonctionnelle
• Développement et optimisation de pipelines
• Comparaison avec des jeux de données publiés
• Interprétation biologique en lien avec les biologistes de l’équipe

Connaissances

RNAseq analysis

Differential expression

Pipeline development

Quality control

Isoform analysis

Mammalian transcriptome

Description du poste

Missions: Intégrée à une équipe de recherche, la personne recrutée aura pour mission principale de déterminer les perturbations post-transcriptionnelles induites par des mutations dans l’hélicase DDX6 dans les cellules humaines. Elle analysera des jeux de données RNAseq obtenus à partir d’ARN total et polysomal pour identifier les transcrits dérégulés au niveau stabilité et/ou traduction, déterminer les caractéristiques de ces ARN, et proposer les voies de régulation perturbées. Activités:

• Traitement et contrôle qualité des données RNA-seq
• Analyse différentielle et fonctionnelle
• Développement et optimisation de pipelines
• Comparaison avec des jeux de données publiés
• Interprétation biologique en lien avec les biologistes de l’équipe

Contexte de travail: La personne recrutée exercera son activité dans l'équipe « mRNP et condensats » dirigée par Dominique Weil, au Laboratoire Développement, Adaptation et Vieillissement (UMR8263, unité mixte CNRS-Inserm-Sorbonne Université) à l'Institut de Biologie Paris Seine (IBPS) . Ce laboratoire est situé sur le campus Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université. Le poste est financé par l’ANR dans le cadre d'un projet visant à comprendre le rôle de l’hélicase DDX6 et de condensats d’ARN et protéines (P-bodies) dans le neurodéveloppement. Des mutations de cette hélicase sont responsables d’une maladie neurodéveloppementale associée à un déficit de P-bodies. L’équipe travaille sur des modèles de cellules humaines dans lesquelles les mutations des patients ont été introduites. Composée de biologistes, elle comprend quatre chercheuses et enseignants-chercheurs, une ingénieure d’étude, un post-doctorant et une doctorante. La personne recrutée travaillera en collaboration étroite avec le post-doctorant et les chercheurs associés à cet axe de recherche.

Conditions particulières d'exercice

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde: 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers) , en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Profil recherché

Competences:

• Maîtrise des outils RNAseq: alignement, quantification, analyse différentielle, visualisation
• Maîtrise des outils d’analyse des isoformes d’ARN
• Expérience en analyse de transcriptome dans des modèles mammifères
• Expérience en analyse des isoformes dans des modèles mammifères
• Rigueur, autonomie, dynamisme, esprit d’initiative.
• Rédaction de rapports clairs, presentation des résultats à des non-bioinformaticiens

Contraintes et risques

Présentation de Cnrs

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.