Ingénieur d’Etude en Bioinformatique (H/F)

CNRS; Paris; Hybride; EUR 28 000 - 42 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Indemnisation TT

Mobilité durable 300€

44 jours RTT

Résumé du poste

Le CNRS recrute pour déterminer les perturbations post-transcriptionnelles liées aux mutations dans l’hélicase DDX6 dans des cellules humaines. Le poste implique l’analyse de jeux RNA-seq, l’identification de transcrits dérégulés et l’interprétation biologique avec l’équipe de biologistes.

Intégré à l’unité mRNP et condensats, vous travaillerez sur le développement et l’optimisation de pipelines et sur l’analyse différentielle et fonctionnelle, avec collaboration étroite avec le post-doctorant

Qualifications

• Maîtrise des outils RNAseq : alignement, quantification, analyse différentielle, visualisation.
• Maîtrise des outils d’analyse des isoformes d’ARN.
• Expérience en analyse de transcriptome dans des modèles mammifères.
• Rigueur, autonomie, dynamisme et esprit d’initiative.
• Rédaction de rapports clairs et présentation des résultats à des non-bioinformaticiens.

Responsabilités

• Traiter et contrôler la qualité des données RNA-seq.
• Réaliser l’analyse différentielle et fonctionnelle.
• Développer et optimiser des pipelines d’analyse.
• Comparaison avec des jeux de données publiés.
• Interprétation biologique en lien avec l’équipe de biologistes.

Connaissances

RNA-seq outils maîtrise

Analyse des isoformes

Transcriptome analyse chez Mammifères

Rigueur et autonomie

Rédaction et présentation des results

Collaboration en équipe

Formation

BAC+5 en bioinformatique/biologie

Outils

RNA-seq pipelines

Outils d’analyse des isoformes

Description du poste

Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée.

L'unité

Développement, Adaptation, Vieillissement

Durée du contrat

24 mois

Rémuneration

entre 2 467 € et 3786 € brut mensuel selon expérience

Les Missions

Intégrée à une équipe de recherche, la personne recrutée aura pour mission principale de déterminer les perturbations post-transcriptionnelles induites par des mutations dans l’hélicase DDX6 dans les cellules humaines. Elle analysera des jeux de données RNAseq obtenus à partir d’ARN total et polysomal pour identifier les transcrits dérégulés au niveau stabilité et/ou traduction, déterminer les caractéristiques de ces ARN, et proposer les voies de régulation perturbées.

L'Activité

• Traitement et contrôle qualité des données RNA-seq
• Analyse différentielle et fonctionnelle
• Développement et optimisation de pipelines
• Comparaison avec des jeux de données publiés
• Interprétation biologique en lien avec les biologistes de l’équipe

Compétences

• Maîtrise des outils RNAseq : alignement, quantification, analyse différentielle, visualisation
• Maîtrise des outils d’analyse des isoformes d’ARN
• Expérience en analyse de transcriptome dans des modèles mammifères
• Expérience en analyse des isoformes dans des modèles mammifères
• Rigueur, autonomie, dynamisme, esprit d’initiative.
• Rédaction de rapports clairs, présentation des résultats à des non-bioinformaticiens

Votre Environnement de Travail

La personne recrutée exercera son activité dans l'équipe « mRNP et condensats » dirigée par Dominique Weil, au Laboratoire Développement, Adaptation et Vieillissement (UMR8263, unité mixte CNRS-Inserm-Sorbonne Université) à l'Institut de Biologie Paris Seine (IBPS). Ce laboratoire est situé sur le campus Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université.
Le poste est financé par l’ANR dans le cadre d'un projet visant à comprendre le rôle de l’hélicase DDX6 et de condensats d’ARN et protéines (P-bodies) dans le neurodéveloppement. Des mutations de cette hélicase sont responsables d’une maladie neurodéveloppementale associée à un déficit de P-bodies. L’équipe travaille sur des modèles de cellules humaines dans lesquelles les mutations des patients ont été introduites. Composée de biologistes, elle comprend quatre chercheuses et enseignants-chercheurs, une ingénieure d’étude, un post-doctorant et une doctorante. La personne recrutée travaillera en collaboration étroite avec le post-doctorant et les chercheurs associés à cet axe de recherche.

Rémunération et avantages

Rémunération

entre 2 467 € et 3786 € brut mensuel selon expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

Secteur d’activité Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Emploi type Ingenieur biologiste en analyse de donnees (H/F)

Expérience souhaitée 1 à 4 années

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

IT en contrat CDD 24 mois BAC+5 PARIS 05