H/F Ingénieur en analyse de données transcriptomiques

CNRS; France; Híbrido; EUR 28.000 - 42.000; Jornada completa

Ventajas ofrecidas por este puesto de trabajo

RTT 44 jours

Mobilité durable 300€

Descripción de la vacante

CNRS recrute au sein de l’Institut des Neurosciences Paris-Saclay. Le poste concerne l’analyse de données transcriptomiques sur noyaux isolés, avec participation potentielle aux étapes expérimentales mais centrée sur l’analyse en aval.

Le candidat idéal maîtrise R et idéalement Seurat et Python, avec une forte autonomie et une bonne communication en anglais technique. Contrat de 6 mois, rémunération brute mensuelle entre 2 466,98 € et 3 786,43 €, selon expérience, sur CNRS.

Formación

• Formation Master2 en domaine lié à la bio-informatique et/ou Neurosciences avec forte composante analyse de données.
• Bioinformatique et biostatistiques: analyse de données single-cell/single-nucleus RNA-seq; tests et visualisation.
• Programmation: maîtrise de R et idéalement Seurat et Python; gestion de scripts sur GitHub.

Responsabilidades

• Réaliser des analyses transcriptomiques sur noyaux isolés (snRNA-seq).
• Préparer des librairies et assurer le contrôle qualité des données.
• Réaliser analyses et visualisations: normalisation, clustering, annotation, Gènes différentiellement exprimés.
• Collaborer avec l'équipe sur interprétation biologique et rédaction de protocoles.

Conocimientos

Bio-informatique

Biologie des Systèmes

Génomique

Neurosciences

Analyse de données

Educación

Master 2 Bio-informatique/Neurosciences

Herramientas

R

Python

Seurat

GitHub

Descripción del empleo

Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée.

L'unité

Institut des Neurosciences Paris-Saclay

Durée du contrat

6 mois

Rémunération

Entre 2 466,98 € et 3 786,43 € bruts mensuels, selon expérience professionnelle et grille des salaires du CNRS.

Postuler Date limite de candidature : lundi 26 octobre 2026 23:59

Description du Poste

Les Missions

La personne recrutée rejoindra une équipe de recherches en Neurosciences travaillant sur les circuits nerveux des mouvements chez la souris. Il.elle devra réaliser des analyses transcriptomiques sur noyaux isolés (snRNA-seq)

L'Activité

La personne recrutée pourra participer, si il.elle le souhaite, aux étapes expérimentales (tri, isoation et séquençage des noyaux). Néanmoins, le poste est ciblé sur l'analyse des données, en aval des expérimentations.

ACTIVITES A MENER EN AUTONOMIE:

• Préparation des librairies
• Contrôle qualité (doublets, contamination, intégrité des ARNs,...).
• Analyse et statistiques avec Seurat: normalisation et réduction de dimension, clustering et annotation, détection des gènes différentiellement exprimés entre conditions, intégration de jeux de données multiples.
• illustration des résulats: graphiques, barplots, dotplots, heatmaps, UMAPs...

ACTIVITES EN COLLABORATION AVEC L'EQUIPE:

• Interprétations biologiques: Comparaison de compositions cellulaires entre échantillons, hétérogénéité transcriptionnelle au sein d'une population neuronale
• Validation des résultats : croisement des marqueurs identifiés avec des bases de données anatomiques, ou des expériences d'immunomarquages ou in situ.
• Documentation et reproductibilité : rédaction de protocoles standardisés, archivage des scripts/données brutes/résultats (ex: GitHub).
• Présentation des résultats aux réunions d’équipe
• Participation à la rédaction d’articles scientifiques (ex: figures, tableaux, méthodes).

Votre Profil

Compétences

Générales :

• Formation initiale en Master 2 Bio-informatique, Biologie des Systèmes, Génomique, ou Neurosciences avec une forte composante en analyse de données.

Spécifiques :

• Connaître le principe du séquençage d'ANRm en noyaux ou cellules isolé.es.
• Bioinformatique et biostatistiques: analyse de données single-cell/single-nucleus RNA-seq, tests statistiques, visualisation des données.
• Programmation : Maîtrise de R et idéalement Seurat et Python.
• Plateformes de disséminiation des codes informatiques (ex Github).

Transversales :

• Excellente autonomie en analyse et programmation : évolution dans une équipe de neurobiologiques sans forte expertise en programmation.
• Excellente communication, capacités didactiques et de synthèse, esprit d'équipe
• Anglais professionnel (présentations d'équipes et écriture en anglais impérativement).

Votre Environnement de Travail

Le.la candidat.e rejoindra l'équipe dirigée par Julien Bouvier, circuits neuronaux et contrôle moteur, (https://neuropsi.cnrs.fr/departements/icn/equipe-julien-bouvier/), composée d’un directeur de recherche, d'un maître de conférences, d’une ingénieure d’études, d’une assistante ingénieure, de 2 postdoctorants, de deux étudiants en thèse et de plusieurs étudiants en licence et master.

Contraintes et risques

Travail à l'ordinateur.

Rémunération et avantages

Rémunération

Entre 2 466,98 € et 3 786,43 € bruts mensuels, selon expérience professionnelle et grille des salaires du CNRS.

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.