Ingénieur Bioinformatique & Dév R – Métabarcoding

CNRS; Toulouse; On-site; EUR 35,000 - 42,000; Full time

Benefits offered by this job

RTT 44 jours

Prise en charge TT à 75%

Forfait mobilité durable jusqu’à 300€

Job summary

CNRS – Centre de Recherche sur la Biodiversité et l'Environnement (CRBE) à Toulouse recrute un ingénieur de recherche en bioinformatique pour le PEPR Dynabiod. Contrat de 12 mois, poste localisé sur le campus toulousain, au sein du pôle Génomique Environnementale.

Vous développerez un package R pour évaluer des amorces et marqueurs moléculaires, automatiserez l’interrogation de bases et, si possible, développerez une application web associée au package pour faciliter le suivi de la biodiversité.

Qualifications

• Master ou diplôme d’ingénieur avec expérience ≥ 2 ans en développement logiciel bioinformatique.
• Connaissance théorique des techniques d’ADN environnemental, de barcoding et de métabarcoding appréciées.
• Maîtrise des environnements de travail Unix
• Maîtrise de R et des packages de développement (devtools, roxygen2, testthat, usethis)
• Utilisation de Git pour la gestion des versions et de forges logicielles (GitLab/GitHub)
• Connaissances en développement d’applications web et bases de données appréciées
• Anglais technique (lecture & rédaction de publications/documentation)

Responsibilities

• Concevoir et développer en langage R (fonctions, tests unitaires, documentation)
• Automatiser l’interrogation de ressources en ligne (Genbank, BOLD, SILVA, etc) pour la création et la mise à jour des bases de référence
• Communiquer et valoriser les résultats auprès de la communauté scientifique (présentations lors de réunions du consortium, conférences ou workshops, participation à la rédaction des publications scientifiques valorisant les outils développés)

Skills

Unix

R

Git

Web applications

Databases

English (technical)

Education

Master ou diplôme d’ingénieur

Tools

devtools

roxygen2

testthat

usethis

GitLab/GitHub

Job description

CNRS – Centre de Recherche sur la Biodiversité et l'Environnement (CRBE) à Toulouse recrute un ingénieur de recherche en bioinformatique pour le PEPR Dynabiod. Contrat de 12 mois, poste localisé sur le campus toulousain, au sein du pôle Génomique Environnementale.

Vous développerez un package R pour évaluer des amorces et marqueurs moléculaires, automatiserez l’interrogation de bases et, si possible, développerez une application web associée au package pour faciliter le suivi de la biodiversité.