Data scientist - secteur développement durable projet CEDRE F/H

Aix-Marseille Université; Marseille; On-site; EUR 42,000 - 65,000; Full time

Benefits offered by this job

Télétravail possible

Congés jusqu’à 50 jours (58 après 1 an

Prime mobilité

RIFSEEP pour les titulaires

Forfait mobilité durable et prise en 3

Job summary

Aix-Marseille Université recrute un ingénieur IA qui concevra et entraînera des modèles avancés pour des données biologiques et d’imagerie. Vous développerez des pipelines robustes (ETL) et garantirez l’interprétabilité des résultats, en documentant soigneusement les méthodes et le code.

Le poste implique des déplacements sur les sites AMU et une collaboration transversale avec le Pôle DATA de CEDRE et CISAM, dans un cadre de projet stimulant et durable.

Qualifications

• Diplôme Bac+3 en informatique ou IA et une première expérience dans ce domaine.
• Intérêt pour le développement durable et les enjeux sociétaux liés à la donnée.
• Expérience dans le traitement et l’analyse de données scientifiques.

Responsibilities

• Concevoir, entraîner et valider des modèles d’IA (deep learning/hybrides) pour classifier et prédire des motifs.
• Développer des pipelines de prétraitement robustes pour grands volumes de données d’imagerie et de séquençage.
• Rendre les modèles interprétables (XAI) et croiser les résultats avec les connaissances du domaine.
• Documenter méthodiquement les méthodes et le code pour reproductibilité et transfert.

Skills

Python avancé

Pipelines ETL

Git et versioning

Tests et CI

Déploiement serveurs/cloud

Docker

Données scientifiques (spectrométrie)

Education

Bac+3 informatique/IA

Tools

Snakemake

Nextflow

Docker

Job description

Et si vous rejoigniez une structure en pleine mutation vers l’université de demain ?

Première université francophone avec 84 000 étudiants et 8 500 personnels, Aix Marseille Université (amU) délivre plus de 1 000 diplômes au sein de ses 17 facultés, écoles et instituts de formation. Ses 54 sites, implantés sur 4 départements et 10 villes, constitue un atout considérable pour le développement économique du territoire.

Université de recherche intensive, labélisée Initiative d’Excellence, amU abrite 123 structures de recherche, 13 écoles doctorales et 21 instituts d’établissement interdisciplinaires. Université socialement engagée, elle agit en faveur de la diversité, de l’inclusion et de la lutte contre la précarité. Dans un monde en constante évolution, elle s’investit pleinement dans sa mission : accompagner les réussites collectives et individuelles qui participent au progrès de la société.

Aix-Marseille Université recrute et reconnait tous les talents, ses offres d'emplois sont handi-accessibles.

amUs’engage à promouvoir l'inclusion et l'égalité, en créant un environnement où chaque individu est valorisé et respecté.

Rejoignez-nous pour bâtir un avenir où la diversité est notre plus grande force.

L’ingénieur recruté ou l’ingénieure recrutée sera sous l’autorité hiérarchique de la responsable du Pôle DATA de CEDRE et fonctionnelle du Chargé d’affaires de la thématique dédiée de la CISAM.

Un comité composé de CEDRE et CISAM + définira les délais de réalisation des tâches affectées à l’agent, ses projets prioritaires à traiter et supervisera leur bonne réalisation.

MISSIONS ET ACTIVITÉS PRINCIPALES

Concevoir, entraîner et valider des modèles d'IA (deep learning, modèles hybrides) pour classifier, prédire et identifier des motifs inédits dans des données scientifiques complexes

Développer des pipelines de prétraitement robustes et reproductibles pour nettoyer, formater et structurer de grands volumes de données issues de l'imagerie et du séquençage

Rendre les modèles interprétables (XAI) et croiser les résultats prédictifs avec les connaissances du domaine pour guider la recherche expérimentale

Documenter rigoureusement les méthodes, les données et les codes pour assurer la reproductibilité des analyses et faciliter leur transfert aux équipes de recherche

Activités principales

Prétraitement et structuration des données

Nettoyer, formater et structurer les données issues de séquençage et d’imagerie électronique

Développer des pipelines adaptés aux grands volumes de données biologiques et d’imagerie

Modélisation et apprentissage automatique :

Concevoir et entraîner des modèles hybrides (deep learning + règles bioinformatiques ou physiques)

Appliquer des algorithmes de classification, détection d’anomalies et de clustering

Analyse et Découverte

Identifier des modifications inédites dans les ADN/ARN viraux et prédire de nouvelles protéines

Développer des outils d’analyse automatique de clichés de microscopie électronique à balayage (MEB)

Exploration et interprétation des résultats

Visualiser et expliquer les sorties des modèles (XAI, SHAP, etc.)

Croiser les résultats biologiques, structuraux et prédictifs pour guider les hypothèses scientifiques

Conditions d’exercice

Son temps de travail sera réparti entre le campus de St Jerome (CEDRE) et ses laboratoires/instituts d’intervention, au sein des autres campus où les projets ont été identifiés (à définir).

Il ou elle sera amené(e) à se déplacer régulièrement sur les sites d’Aix-Marseille, ou effectuer des missions dans le cadre de son activité.

Des activités supplémentaires de formation initiale à l’université, ou d’encadrement d’étudiants, pourront lui être proposées, en dehors des heures de travail ou pendant les congés.

Vous êtes diplômé·e au minimum d'un Bac+3 dans le domaine informatique ou mathématiques/IA et disposez d'une première expérience dans ce domaine avec une appétence pour le développement durable.

Compétences métiers et/ou techniques

Programmation : Python niveau avancé exigé pour le traitement de données et l'automatisation de tâches

Compétences solides en conception et optimisation de pipelines de traitement de données volumineuses (ETL). Maîtrise d'un gestionnaire de workflows (Snakemake, Nextflow) indispensable

Connaissance approfondie des bonnes pratiques de développement, incluant le versioning (Git), les tests et l'intégration continue

Des compétences en déploiement sur serveur ou cloud et en conteneurisation (Docker) seraient un atout majeur

Une première expérience avec des données scientifiques (spectrométrie de masse, chromatographie) et des outils spécialisés du domaine

Compétences « transverses »

Langue anglaise : B2 au minimum

Capacité à mettre en œuvre une démarche qualité

Pour finir..

Vous travaillez en mode projet.

Vous avez une grande capacité de conceptualisation.

Vous aimez le travail en équipe.

Vous êtes autonome et faites preuve de réactivité.

Un processus de recrutementfluide et transparent :

À réception de votre candidature, deux étapes: un échange téléphonique personnalisé avec les candidats sélectionnés (avec soin par un humain, et non par une IA), et un entretien avec les responsables de notre structure. En cas de réussite, nous mettrons tout en œuvre pour confirmer votre recrutement rapidement. À votre arrivée, vous bénéficiez d'un parcours d'accueil et d'intégration, ainsi que de formations adaptées à vos besoins pour favoriser votre développement professionnel.

Rejoindre AMU, c’est bénéficier d’un environnement de travail socialement engagé:

• Selon le cadre de la structure, une flexibilité dans l’organisation de la semaine de travail est possible: deux dispositifs ouverts dès 2 mois d’ancienneté en accord avec le manager: Le télétravail et la semaine en 4j ou 4,5j
• Un équilibre des temps de vie : bénéficiez jusqu'à 50 jours de congés dès la première année, puis 58 jours après un an (varie selon l’organisation choisie et le temps de travail)
• Une prime mensuelleet annuelle dès 12 mois d’ancienneté pour les agents non titulaires et application du RIFSEEP pour les titulaires
• Un accompagnement personnalisé pour les personnels en situation de handicap
• La prise en charge des transports en commun à hauteur de 75% compatible avec un forfait mobilité durable
• La possibilité d’une place de parking ou d’un forfait mobilité durable pour l'utilisation de cycles sur les trajets domicile-travail
• Un accès à des prestations dans différents domaines: loisir, sport, culture et social