Fachbereich Mathematik und Informatik - Institut für Informatik Algorithmische Bioinformatik

Freie Universität Berlin; Berlin; Vor Ort; EUR 60.000 - 80.000; Vollzeit

Zusammenfassung

Eine führende Universität in Deutschland sucht einen Mitarbeiter für das EU-Projekt Waste Water Pathogens (WaWaPa). Der Fokus liegt auf der Integration des Ganon Programms in Analyse-Pipelines und der Dynamisierung von Datenstrukturen. Bewerber sollten einen Masterabschluss in Bioinformatik oder einem ähnlichen Bereich haben und langjährige Erfahrung in der metagenomischen Datenanalyse mitbringen. Kenntnisse in C++ und der SeqAn Bibliothek sind erforderlich. Portugiesische Sprachkenntnisse sind wünschenswert.

Qualifikationen

• Langjährige Erfahrung in der Analyse von Metagenom-Daten erforderlich.
• Erfahrung mit der Implementierung von Programmen zur Metagenomanalyse.

Aufgaben

• Integration des Ganon Programms in die Analyse-Pipelines.
• Dynamisierung der HIBF-Datenstruktur.

Kenntnisse

Analyse von Metagenom-Daten

Implementierung von Programmen zur Metagenomanalyse

C++

SeqAn Bibliothek

Ausbildung

Master und Promotion in Bioinformatik oder vergleichbares Fachgebiet

Jobbeschreibung

Unter Aufgabengebiet :

Mitarbeit im EU-Projekt Waste Water Pathogens (WaWaPa). Das EU-Projekt der EUROPEAN HEALTH AND DIGITAL EXECUTIVE AGENCY (HaDEA) ist eine Kollaboration unter der Führung des Instituto de Desenvolvimento de Novas Tecnologias (UNINOVA) in Lissabon. Im Rahmen des Projekts werden regelmäßig Wasserproben an verschiedenen Standorten entnommen und anschließend metagenomisch analysiert. Dabei wird auf bekannte Pathogene geprüft. Die ausgeschriebene Stelle soll sich mit der Integration des Ganon Programms in die Analyse-Pipelines und mit Arbeiten an der Dynamisierung der HIBF-Datenstruktur beschäftigen. Die Ausschreibung erfolgt vorbehaltlich der Bereitstellung der notwendigen Mittel durch den Mittelgeber.

Einstellungsvoraussetzungen :

abgeschlossenes wiss. Hochschulstudium (Master) und Promotion in Bioinformatik oder vergleichbares Fachgebiet

Berufs-)Erfahrung :

Die Stelle erfordert langjährige Erfahrung in der Analyse von Metagenom-Daten sowie Erfahrungen mit der Implementierung von Programmen zur Metagenomanalyse als auch mit C++ und der SeqAn Bibliothek.

Erwünscht :

• portugiesische Sprachkenntnisse
• Gender- und Diversitykompetenz