Doktorand*in (w/m/d) für KI-gestützte Bildanalyse und Optimierung von Wirkstofftransportsystemen - 6111 P

Technische Hochschule Mannheim; Mannheim; Hybrid; EUR 47,000 - 67,000; Full time

Benefits offered by this job

Betriebliche Altersvorsorge

Work-Life-Balance und flexible Arbeits

Promotion über BW-CAR

Job summary

Die Technische Hochschule Mannheim sucht eine/n Doktorand*in (w/m/d) für KI-gestützte Bildanalyse im Bereich Biotechnologie. Sie arbeiten in der Arbeitsgruppe von Prof.

Sauer an der Entwicklung von KI-Methoden zur Analyse von 3D-Mikroskopiedaten und zur Optimierung von Wirkstofftransportsystemen. Es handelt sich um eine befristete Stelle nach TV-L EG 13, mit 80% Teilzeit (31,6 Std./Woche) und der Chance auf Promotion.

Qualifications

• Abgeschlossenes Hochschulstudium in Bioinformatik oder Biotechnologie mit guten Noten (mind. 2,0).
• Kenntnisse in KI-Methoden zur Segmentierung von zellbiologischen Bilddaten.
• Statistische Versuchsplanung; Bayes'sche Optimierung wünschenswert.
• Umfangreiche Programmiererfahrung, idealerweise in Python.
• Englischkenntnisse (C1) und Deutschgrundkenntnisse (A2).

Responsibilities

• Entwicklung und Anwendung von In-silico-Methoden zur Analyse von 3D-Mikroskopiedaten, insbesondere Algorithmen zur Bildsegmentierung und Klassifikation
• Computergestützte Versuchsplanung zur Optimierung des Wirkstofftransportsystems
• Interdisziplinäre Zusammenarbeit mit akademischen und industriellen Partnern
• Wissenschaftliche Auswertung, Präsentation und Publikation der erzielten Ergebnisse

Skills

KI-Methoden zur Segmentierung von zell

Python-Programmierung

Teamfähigkeit

Analytische Fähigkeiten

Selbstständiges Arbeiten

Englischkenntnisse (C1)

Education

Master bzw. Diplom in Bioinformatik oder Biotechnologie (mit Schwerpunkt computational methods)

Tools

Bayesian optimization

Job description

***English version below***

Die Technische Hochschule Mannheim ist eine moderne Technische Hochschule. In neun Fakultäten werden hier über 5.000 Studierende qualifiziert. Die Hochschule ist im Forschungsbereich unter den Hochschulen für Angewandte Wissenschaften führend und kooperiert mit vielen bedeutenden Unternehmen. Wir bieten ein familienfreundliches, attraktives Umfeld inmitten der Metropolregion Rhein-Neckar.

Doktorand*in (w/m/d) für KI-gestützte Bildanalyse und Optimierung von Wirkstofftransportsystemen

EG 13 TV-L, Beschäftigungsumfang 80% (31,6 Std./ Woche) Kennziffer 6111 P

für die Fakultät Biotechnologie (Arbeitsgruppe Prof. Sauer).

Informationen zum Projekt

Das durch das Bundesministerium für Forschung, Technologie und Raumfahrt geförderte interdisziplinäre Projekt „OncoSnipR“ widmet sich der Weiterentwicklung und dem besseren mechanistischen Verständnis einer neuartigen personalisierten Krebstherapie, die auf Technologien aus dem Bereich CRISPR/Cas und RNA-Vakzine beruht. In einer Kooperation aus zellbasierter biomedizinischer Forschung, Informatik und Industrie werden mit KI-Unterstützung neue Wirkstoffformulierungen aus Nanopartikeln und RNA-Molekülen erforscht, um deren Effizienz, Zelltypspezifität und Gewebepenetration zu optimieren und die Mechanismen dahinter besser zu verstehen.

Aufgabenschwerpunkte

• Entwicklung und Anwendung von in-silico-Methoden zur Analyse von 3D-Mikroskopiedaten, insbesondere Algorithmen zur Bildsegmentierung und Klassifikation
• Computergestützte Versuchsplanung zur Optimierung des Wirkstofftransportsystems
• Interdisziplinäre Zusammenarbeit mit akademischen und industriellen Partnern
• wissenschaftliche Auswertung, Präsentation und Publikation der erzielten Ergebnisse

Anforderungsprofil

• abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master/Uni Diplom) der Bioinformatik, Biotechnologie (mit Schwerpunkt auf computational methods) oder vergleichbarer Fächer mit überdurchschnittlichem Ergebnis, mind. Note 2,0
• Kenntnisse in der Entwicklung und Adaption von KI-Methoden zur Segmentierung von zellbiologischen Bilddaten
• Kenntnisse in Statistischer Versuchsplanung; Kenntnisse in Bayes'scher Optimierung sind wünschenswert
• umfangreiche Programmiererfahrung, idealerweise in Python
• Grundkenntnisse in zellbiologischen Fragestellungen und Laborabläufen
• Befähigung und Bereitschaft zu selbstständigem wissenschaftlichem und zielorientiertem Arbeiten einschließlich Publikation
• Ergebnisorientierung und Teamfähigkeit
• Fähigkeit, in einem interdisziplinären Team eigene Ergebnisse und Methoden effektiv zu kommunizieren
• sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift (mindestens C1) sowie grundlegende Deutschkenntnisse (A2)
• hohe Selbstständigkeit, Analysefähigkeit und Entscheidungsfähigkeit

Wir bieten Ihnen:

• Praxisrelevante Forschung in Zusammenarbeit mit einem hochinnovativen Industriepartner und mit der experimentellen Arbeitsgruppe Prof. Rudolf
• die Möglichkeit zur Promotion über den Promotionsverband der Hochschulen für Angewandte Wissenschaften Baden-Württemberg (BW-CAR)
• die Leistungen des öffentlichen Dienstes auf Grundlage des TV-L, wie z.B. Betriebliche Altersvorsorge, vermögenswirksame Leistungen und eine Jahressonderzahlung
• Work-Life Balance und Vereinbarkeit von Familie und Beruf durch Gleitzeit, zentrale Beratungsangebote über "Zusammen am Campus" und voiio
• Anspruch auf Bildungszeit
• arbeitsfreie Tage am 24.12. und 31.12.
• Maßnahmen des betrieblichen Gesundheitsmanagements, Hochschulsport und Firmenfitness
• Arbeiten in verkehrsgünstiger Lage mit bester VRN- und DB-Anbindung, nextbike Sharing und JobBike
• Fahrkostenzuschüsse bei Nutzung des Jobtickets
• Die Technische Hochschule Mannheim trägt das Prädikat "Total E-Quality".

Das Arbeitsverhältnis ist befristet bis 31.12.2030. Der Gehaltsrahmen in EG13 beträgt 47.459,29€ – 67.455,86€ pro Jahr.

Schwerbehinderte Bewerber*innen (w/m/d) werden bei entsprechender Eignung vorrangig berücksichtigt.

Um den Anteil von Mitarbeiterinnen zu erhöhen, werden qualifizierte Frauen ausdrücklich zur Bewerbung aufgefordert. Bei Fragen rund um die Gleichstellung, wenden Sie sich gerne an die Gleichstellungsbeauftragte, Frau Prof. Dr. Jessica Steinberger, E-Mail: gleichstellung(at)th-mannheim.de.

Ansprechpartner*innen: Fachliche Fragen beantwortet Ihnen Prof. Dr. Simeon Sauer, Für Personalfragen wenden Sie sich bitte an den Geschäftsbereich Personal.

Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung bis 15.11.2026 über unser Online-Bewerbungsportal unter karriere.hs-mannheim.de

Die eingereichten Bewerbungsunterlagen werden nach Beendigung des Auswahlverfahrens datenschutzkonform gelöscht bzw. vernichtet. Beachten Sie hierzu auch unsere Datenschutzerklärung.

Mannheim Technical University of Applied Sciences is a modern campus university that qualifies around 5,100 students in nine faculties. The university is one of the leading universities for applied sciences in research and teaching and cooperates with many important companies. We offer a family-friendly, livable environment in the heart of the Rhine-Neckar metropolitan region.

PhD Candidate for AI-assisted image analysis and optimization of drug delivery systems (f/m/d)

EG 13 TV-L, 80% employment scope (31,6 hours/ week) Reference number 6111 P

at the Department of Biotechnology (Prof. Sauer's research group).

Project Information

Funded by the German Federal Ministry for Research & Technology, the interdisciplinary project "OncoSnipR" is dedicated to the further development and better mechanistic understanding of a novel personalized cancer therapy based on CRISPR/Cas and RNA vaccine technologies. In a collaboration spanning cell-based biomedical research, computer science, and industry, AI-assisted research is conducted on new drug formulations made of nanoparticles and RNA molecules to optimize their efficiency, cell-type specificity, and tissue penetration, as well as to better understand the underlying mechanisms.

Key Responsibilities

• Development and application of in silico methods for analyzing 3D microscopy data, particularly algorithms for image segmentation and classification
• Computer-aided experimental design for optimizing the drug delivery system
• Interdisciplinary collaboration with academic and private sector partners.
• Publication of research results in scientific journals and reports.

Requirements:

• A completed academic degree (Master’s or university diploma) in bioinformatics, biotechnology (with a focus on computational methods), or a comparable field, with above-average grades (minimum grade of 2.0 in German grading system)
• Knowledge of developing and adapting AI methods for the segmentation of cell biology image data
• Knowledge of statistical experimental design; knowledge of Bayesian optimization is desirable
• Extensive programming experience, ideally in Python
• Basic knowledge of cell biology research questions and laboratory procedures
• Ability and willingness to work independently in a scientific and goal-oriented manner, including publication
• Results-oriented approach and ability to work well in a team
• Ability to effectively communicate one’s own results and methods within an interdisciplinary team
• Very good written and spoken English (at least C1) as well as basic German language skills (A2)
• High degree of independence, analytical skills, and decision-making ability

We offer you:

• Applied research in collaboration with a highly innovative industry partner and the renowned experimental research group led by Prof. Rudolf
• Doctoral degree via the Promotionsverband der Hochschulen für Angewandte Wissenschaften Baden-Württemberg (BW-CAR)
• public sector benefits under the TV-L collective bargaining agreement, such as a company pension plan, capital-forming benefits, and an annual bonus
• Work-life balance and the ability to balance family and career through flexible working hours, centralized support services through “Together on Campus,” and voiio
• Entitlement to educational leave
• days off on December 24th and December 31st
• Workplace health management initiatives, university sports, and corporate fitness
• Work in a convenient location with excellent VRN and DB connections, nextbike bike-sharing, and JobBike
• Travel expense reimbursements when using the Job Ticket
• Mannheim University of Applied Sciences has been awarded the “Total E-Quality” designation.

The employment contract is for a limited until December 31, 2030. The salary range for EG13 is 47,459.29€ – 67,455.86€ per year (Note: This reflects the 80% part-time share).

Severely disabled applicants f/m/d will be given priority if they are suitably qualified

To increase the proportion of female employees, qualified women are strongly encouraged to apply. If you have any questions regarding gender equality, please contact the Equal Opportunity Officer, Prof. Dr. Jessica Steinberger, at gleichstellung(at)th-mannheim.de.

Contact: Please direct any academic questions to Prof. Dr. Simeon Sauer. For HR-related inquiries, please contact the Human Resources Department at bewerberfragen(at)th-mannheim.de.

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