Data Scientist (m/w/d) / Bioinformatiker (m/w/d)

Universitätsklinikum Erlangen; Deutschland; Vor Ort; EUR 50.000 - 70.000; Vollzeit

Zusammenfassung

Ein großes akademisches Krankenhaus in Deutschland sucht einen Bioinformatischen Forschungsmitarbeiter. In dieser Vollzeitstelle sind Sie verantwortlich für das Forschungsdatenmanagement und die bioinformatische Analyse komplexer Datensätze. Wir bieten Ihnen einen sicheren Arbeitsplatz und ein motiviertes Team. Vorkenntnisse in Bioinformatik und statistischer Analyse sind erforderlich.

Leistungen

Krankenhaus mit Tarifvertrag

Gesundheitsförderung

Tarifliche Zusatzvorsorge

Motiviertes Team

Qualifikationen

• Erfahrung mit biomedizinischen Daten und Metadatenstandards.
• Vertrautheit mit FAIR-Prinzipien notwendig.
• Kenntnisse in Hochdurchsatzdatenanalyse erforderlich.

Aufgaben

• Forschungsdatenmanagement gemäß FAIR-Prinzipien.
• Bioinformatische Analyse und Integration von Datensätzen.
• Entwicklung statistischer Methoden zur Datenauswertung.
• Visualisierung komplexer molekularbiologischer Ergebnisse.
• Erstellung wissenschaftlicher Publikationen und Präsentationen.

Kenntnisse

FAIR-Prinzipien

Bioinformatik

Datenanalyse

Teamfähigkeit

Python

R

Statistik

Machine Learning

Ausbildung

Master oder Promotion in Bioinformatik, Computational Biology oder Data Science

Tools

Git

Snakemake

Nextflow

Scanpy

Seurat

Bioconductor

Jobbeschreibung

Klingt spannend?
Das sind wir:

Das Universitätsklinikum Erlangen steht für exzellente Patientenversorgung, innovative Forschung und eine hochwertige medizinische Ausbildung. Mit über 9.800 qualifizierten Mitarbeitenden zählt das Klinikum zu den größten Arbeitgebern in Mittelfranken und trägt durch kontinuierliche Weiterentwicklung maßgeblich zum medizinischen Fortschritt bei.

Im Rahmen des Transregio-Forschungsverbunds TRR 417 "Zelluläre Kommunikation im Stroma des kolorektalen Karzinoms: Von der Pathophysiologie bis zur klinischen Translation" kooperieren die Universitätskliniken Erlangen, Frankfurt und Freiburg intensiv. Ziel des Verbunds ist es, die komplexen Interaktionen im Tumormikromilieu des kolorektalen Karzinoms eingehend zu erforschen und innovative Therapieansätze zu entwickeln.

Durch diese interdisziplinäre Spitzenforschung schaffen die beteiligten Universitätskliniken die wissenschaftliche Grundlage für verbesserte Behandlungsmöglichkeiten sowie eine nachhaltige Optimierung der Versorgung von Patientinnen und Patienten mit kolorektalem Karzinom. Gestalten Sie mit uns gemeinsam die Zukunft der Medizin und werden Sie Teil unseres engagierten Teams.

Die Aufgaben

• Forschungsdatenmanagement (RDM) gemäß FAIR-Prinzipien zur Sicherstellung langfristiger Datenverfügbarkeit und -nachnutzbarkeit
• Bioinformatische Analyse und Integration von Single-Cell-, Bulk-RNA-seq-, Metabolomics und weiteren Omics-Datensätzen im Rahmen des TRR417
• Entwicklung und Anwendung statistischer Methoden zur Auswertung großskaliger biologischer Datensätze
• Visualisierung und Interpretation komplexer molekularbiologischer Ergebnisse in enger Zusammenarbeit mit experimentellen Partnern
• Erstellung und Veröffentlichung wissenschaftlicher Publikationen sowie Präsentation der Ergebnisse auf internen und externen Fachveranstaltungen

Das Know-how dafür

• Abgeschlossenes Studium (Master oder Promotion) in Bioinformatik, Computational Biology, Data Science oder einer verwandten Fachrichtung
• Vertraut mit den FAIR-Prinzipien und deren praktischer Umsetzung
• Erfahrung mit biomedizinischen Daten und Metadatenstandards (z. B. MIAME, MINSEQE, OME)
• Praxis in Datenversionierung (z. B. Git) und Workflow-Management (z. B. Snakemake, Nextflow)
• Erfahrung in der Analyse von Hochdurchsatzdaten (z. B. RNA-seq, Single-Cell Omics)
• Sicherer Umgang mit Python und/oder R sowie gängigen Bioinformatik-Frameworks (z. B. Scanpy, Seurat, Bioconductor)
• Vertiefte Kenntnisse in Statistik und Machine Learning, idealerweise mit Erfahrung in Graph Neural Networks (GNNs)
• Ausgeprägte Teamfähigkeit, selbstständige und strukturierte Arbeitsweise sowie Freude an interdisziplinärer Zusammenarbeit

Das bieten wir:

• Einen krisensicheren Arbeitsplatz mit allen Annehmlichkeiten eines Tarifvertrages, inkl. Zusatzvorsorge der Versorgungsanstalt des Bundes und der Länder (VBL), bei uns als systemrelevanter Arbeitgeber im öffentlichen Dienst
• Eine interessante Tätigkeit in einem motivierten, aufgeschlossenen Team
• Sorgfältige und qualifizierte Einarbeitung
• Ein umfassendes Angebot zur Gesundheitsförderung
• Beabsichtigte Eingruppierung, je nach Qualifikation und persönlichen Voraussetzungen, gemäß TV-L
• Es handelt sich um eine Vollzeitstelle, diese ist grundsätzlich auch teilzeitfähig