Bioinformatician / NextFlow Developer

DKFZ Deutsches Krebsforschungszentrum; Heidelberg; Vor Ort; EUR 40.000 - 60.000; Teilzeit

Zusammenfassung

Ein führendes Forschungszentrum in Heidelberg sucht einen Bioinformatician / NextFlow Developer für die Unterstützung der NGS Core Facility. Sie werden die bestehende QC-Pipeline optimieren und NextFlow best practices implementieren. Erforderlich sind Kenntnisse in Bioinformatik, NextFlow, Python und Erfahrung mit HPC-Umgebungen. Flexible Arbeitszeiten und umfassende Sozialleistungen werden geboten.

Leistungen

30 Tage Urlaub pro Jahr

Flexible Arbeitszeiten

Mobiles Arbeiten möglich

Familienfreundliches Arbeitsumfeld

Qualifikationen

• Mindestens 3 Jahre Berufserfahrung.
• Starke Skriptfähigkeiten in Python und Bash.
• Erfahrung in der Verarbeitung großer Datensätze.

Aufgaben

• Analyse des aktuellen QC-Pipeline.
• Refactoring der Pipeline mit NextFlow.
• Sicherstellung der HPC-Kompabilität.

Kenntnisse

Kenntnisse in Bioinformatik

NextFlow

Python

Bash

Linux

Git

Anwendungsanalyse

Ausbildung

Masterabschluss in Bioinformatik oder verwandten Bereichen

Tools

NextFlow

Apptainer oder Singularity

Jobbeschreibung

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“Research for a life without cancer" is our mission at the German Cancer Research Center. We investigate how cancer develops, identify cancer risk factors and look for new cancer prevention strategies. We develop new methods with which tumors can be diagnosed more precisely and cancer patients can be treated more successfully. Every contribution counts – whether in research, administration or infrastructure. This is what makes our daily work so meaningful and exciting.

For a parental leave replacement, we are seeking for our Next Generation Sequencing Core Facility from October 2025 a Bioinformatician / NextFlow Developer.

Reference number: 2025-0204

With a fleet of different Illumina and Oxford Nanopore instruments, the NGS Core Facility generates enormous amounts of high-throughput data each and every week. The sequencing results and the subsequent bioinformatic interpretation of the data will allow for targeted diagnosis and treatment of cancer patients throughout Germany in the near future.

To support the migration of our existing quality control (QC) pipeline to Nextflow on a high-performance computing (HPC) environment, we are seeking a bioinformatician/NextFlow developer starting in October 2025.

Aufgaben

• Analyze and understand the structure and dependencies of the current QC pipeline
• Refactor and implement the pipeline using NextFlow best practices
• Ensure compatibility with the HPC infrastructure
• Optimize resource allocation and job parallelization for efficient workflow execution
• Create comprehensive documentation and develop robust testing strategies for the new workflow
  
  

Profil

• University degree (master, preferable with doctorate) in bioinformatics, computational biology, medical informatics or a related field alternatively
• At least 3 years of professional experience
• Proficiency with NextFlow and containerization tools (Apptainer or Singularity)
• Strong scripting skills in Python and Bash
• Familiarity with version control like Git and GitLab
• Substantial experience using the Linux command line and utilities
• Ability to process large-scale, complex data sets
• Experience in handling and analyzing data from next generation sequencing platforms (e.g. Illumina, Oxford Nanopore) and using bioinformatic tools commonly used for QC (e.g. FastQC, MultiQC, bwa-mem, etc.)
• Basic knowledge in the field of genomics and biostatistics
  
  

You Might Also Have

• Familiarity with HPC environments and job schedulers (Slurm)
• Fluency in the English language
  
  

Wir bieten

• Excellent framework conditions: state-of-the-art equipment and opportunities for international networking at the highest level
• 30 days of vacation per year
• Flexible working hours
• Remuneration according to TV-L incl. occupational pension plan and capital-forming payments
• Possibility of mobile work and part-time work
• Family-friendly working environment
• Sustainable travel to work: subsidized Germany job ticket
• Unleash your full potential: targeted offers for your personal development promote your talents
• Our Corporate Health Management Program offers a holistic approach to your well-being
  
  

Important note

Please be advised that a valid work permit for Germany is required for non-EU citizens. Unfortunately, applications without a valid work permit and sufficient German language skills may not be considered.

LNKD1_DE

Karrierestufe

Beschäftigungsverhältnis

• Beschäftigungsverhältnis

  Teilzeit

Tätigkeitsbereich

• Tätigkeitsbereich

  Forschung, Analyst und IT

Branchen

• Branchen

  Biotechnologieforschung

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Biologe - Präzisionsmedizin (m/w/d)- Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ)

Bioinformatician - Nextflow (m/f/d)- Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ)

Biologe als Qualitätsmanagementbeauftragter (m/w/d)- Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ)

Qualitätsmanagementbeauftragter (m/w/d) im Bereich der Präzisionsonkolgie und Präzisionsmedizin als Elternzeitvertretung in Teilzeit (75%)

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