Senior bioinformatiker till GMCK

Karolinska University Hospital; Solna kommun; On-site; SEK 550,000 - 750,000; Full time

Job summary

Karolinska Universitetssjukhuset söker bioinformatiker till GMCK för att stärka storskaliga genomikprojekt i vår kliniska verksamhet.

Du kommer att arbeta i ett multidisciplinärt team tillsammans med läkare, molekylärbiologer och mjukvaruutvecklare inom sjukhuset samt SciLifeLab och Karolinska Institutet.

Qualifications

• Magister- eller civilingenjörsexamen inom bioinformatik eller annat relevant område.
• Dokumenterad erfarenhet av bioinformatisk dataanalys kopplat till storskalig DNA/RNA-sekvensering (NGS).
• Goda programmeringskunskaper i Python och R.
• Vana att arbeta i Linuxmiljö och HPC, gärna SLURM.
• Goda kunskaper i engelska, muntligt och skriftligt.

Responsibilities

• Bidra till kontinuerlig förbättring, validering och utveckling av bioinformatiska NGS-flöden.
• Analysera patientprover inom interna och externa forsknings- och kliniska implementationsprojekt.
• Bidra med expertis inom dataanalys i bioinformatiska utvecklingsprojekt.
• Bistå våtlabbsenhet med dataanalys vid implementering av nya tekniker och metoder.
• Delta i teamets dagliga arbete samt bidrag till ett väl fungerande arbetsflöde.
• Delta i tvärvetenskapliga möten och samarbeten inom Genomic Medicine Sweden (GMS).

Skills

Python

R

Engelska

Education

Magister eller civilingenjör inom bioinformatik/bioteknik/biomedicin

Tools

Linux

SLURM

Nextflow

CI

Job description

Vill du arbeta i absolut framkant av den molekylära precisionsdiagnostiken? Vi söker bioinformatiker för att stärka den pågående implementeringen av storskalig DNA-sekvensering inom sjukvården.

• En spännande multidisciplinär arbetsmiljö där ditt dagliga arbete gör stor skillnad för ett stort antal patienter
• Stor möjlighet att utvecklas i din roll och ta dig an nya arbetsuppgifter över tid

Tjänsten är placerad vid Genomic Medicine Center Karolinska (GMCK), som är en del av Medicinsk diagnostik Karolinska (MDK). GMCK ansvarar för att tillhandahålla storskaliga och avancerade genomikanalyser till samtliga laboratoriemedicinska specialiteter inom MDK. Vårt uppdrag är att möjliggöra precisionsdiagnostik genom högkvalitativa genetiska analyser med fokus på klinisk relevans och teknisk spetskompetens.

Du bidrar till arbetet i ett multidisciplinärt team tillsammans med läkare, molekylärbiologer, andra bioinformatiker och mjukvaruutvecklare inom sjukhuset samt med forskningsinfrastrukturen Clinical Genomics vid Science for Life laboratoriet (SciLifeLab) och forskargrupper på Karolinska Institutet.

I rollen kommer du bland annat att:

• bidra till kontinuerlig förbättring, validering och utveckling av våra bioinformatiska NGS flöden
• analysera patientprover inom interna och externa forskningsprojekt och kliniska implementationsprojekt.
• bidra med expertis inom dataanalys i bioinformatiska utvecklingsprojekt.
• bistå vår våtlabbsenhet med expertis inom dataanalys vid implementering av nya tekniker och metoder.
• delta i teamets dagliga arbete samt bidra till ett väl fungerande arbetsflöde.
• delta i tvärvetenskapliga möten och samarbeten, exempelvis inom Genomic Medicine Sweden (GMS).

Vi söker dig som

• är noggrann, strukturerad och har hög ansvarskänsla för kliniska leveranser.
• har en stark analytisk förmåga och nyfikenhet på nya tekniker inom genomik.
• har en god kommunikativ förmåga och trivs i gränssnittet mellan bioinformatik och medicinsk diagnostik.
• har ett engagemang för kvalitet och trivs med att samverka i grupp.

Kvalifikationer

• Magister- eller civilingenjörsexamen inom bioinformatik, bioteknik, biomedicin eller annat relevant område.
• Dokumenterad erfarenhet av bioinformatisk dataanalys kopplat till storskalig DNA/RNA-sekvensering (NGS).
• Goda programmeringskunskaper (t.ex. Python, R)
• Vana att arbeta i Linuxmiljö
• Erfarenhet av arbete i HPC-miljö, gärna med SLURM
• Goda kunskaper inom statistik, analys och testdesign
• Mycket god förmåga att uttrycka dig på engelska, både muntligt och skriftligt

Meriterande:

• Doktorsexamen (PhD) inom relevant område.
• Erfarenhet av arbete i klinisk sjukhusmiljö, nära genetik eller patologi, eller inom annan ackrediterad verksamhet (t.ex. ISO 15189).
• Erfarenhet av automatiserad testning, CI och strukturerad kod
• Erfarenhet inom utveckling av bioinformatiska analyser med Nextflow eller liknande ramverk för automatisering av beräkningsanalyser
• Erfarenhet av utveckling och arbete i kvalitetssäkrade miljöer
• God förståelse för human genomik kopplat till sällsynta diagnoser eller somatiska sjukdomar
• Fördjupade kunskaper inom design och validering av breda genetiska paneler.
• Goda kunskaper i svenska i tal och skrift.

Urval och intervjuer kan komma att ske löpande under ansökningstiden.

Inför tillsättning av befattning som innefattar vård av barn och ungdom, kontrolleras den som erbjuds tjänsten mot misstanke- och belastningsregistret. Här kan du läsa mer om rekryteringsprocessen och om vilka kontroller som utförs på Karolinska. Som anställd på Karolinska Universitetssjukhuset kan du komma att krigsplaceras. Läs mer om vad det innebär här. Om du är eller tidigare har varit anställd i Region Stockholm kommer vi att ta interna referenser från din nuvarande eller tidigare chef om du blir aktuell för anställning. För tillsvidaretjänster kan provanställning komma att tillämpas. Om Karolinska Universitetssjukhuset

Om Karolinska Universitetssjukhuset Vi på Karolinska Universitetssjukhuset är stolta över att vi är ett av världens främsta universitetssjukhus. Förutom vårt särskilda ansvar för den högspecialiserade vården i Stockholmsregionen är huvuduppdraget att tillsammans med Karolinska Institutet utbilda framtidens vårdanställda och bedriva världsledande forskning samtidigt som vi fortsätter vårt arbete med att utveckla vården för patientens bästa. Vi arbetar inom en rad olika områden och professioner. Du kan läsa mer om vårt uppdrag inom vård, forskning och utbildning här. Vår vision - Vi ska bota och lindra imorgon det ingen kan bota och lindra idag. Läs gärna mer om oss på karolinska.se och följ oss på sociala medier!

Funktion Medicinsk Diagnostik Karolinska Funktion Medicinsk Diagnostik Karolinska är en sammanslagning av Karolinska Universitetslaboratoriet och Bild och Funktion med laboratorieverksamhet, radiologi, nuklearmedicin, medicinsk strålningsfysik, radiofarmaci och strålsäkerhet inom Karolinska Universitetssjukhuset. Här kan du läsa mer om Medicinsk Diagnostik Karolinska. Här kan du läsa mer om Karolinska Universitetslaboratoriet.

Vi eftersträvar jämställdhet och jämlikhet på vår arbetsplats och ser gärna sökande med olika bakgrund och förutsättningar.

Region Stockholm ansvarar för hälso- och sjukvård, kollektivtrafik, regional utveckling och bidrar till kulturlivet. Varje dag, dygnet runt. I landets snabbaste växande region. Tillsammans skapar vi Europas attraktivaste storstadsregion.