Postdoktor inom strukturell bioinformatik och evolution av bakteriofagproteiner

Lund University; Lunds kommun; On-site; SEK 420,000 - 480,000; Full time

Job summary

Lunds universitet söker en postdoktor till forskargruppen Proteinevolution. Du kommer att arbeta med beräkningsdriven forskning, prediktion av proteinstrukturer och analys av virus–värd interaktioner i bakteriofager.

Du samarbetar nära med forskare inom mikrobiologi och biokemi, utvecklar egna forskningsidéer och bidrar till utbildning och handledning av masterstudenter. Anställningen är två år med start 2027-02-01 eller enligt överenskommelse.

Qualifications

• Doktorsexamen i bioinformatik, molekylärbiologi, mikrobiologi eller närliggande ämne godkänd senast ansökningsdagen.
• Visat framgångsrik forskning av hög kvalitet och erfarenhet av proteinstrukturprediktion.
• Omfattande erfarenhet av forskning kring bakteriofager och viral–värd interaktion.
• Publicerad forskning i välrenommerade tidskrifter.

Responsibilities

• Utföra beräkningsinriktad forskning med Python och storskalig prediktion av proteinstrukturer.
• Arbeta nära forskargruppen och externa samarbetspartner.
• Utveckla självständighet som forskare och delta i undervisning/handledning av masterstudenter.

Skills

Programming

Bioinformatics

Protein structure prediction

Molecular biology

Bacteriophages

Publications

Education

Doktorsexamen inom bioinformatik / molekylärbiologi / mikrobiologi

Tools

Python

HPC

Bioinformatic tools

Job description

Beskrivning av arbetsplatsen

Som postdoktor blir du en del av forskargruppen Proteinevolution, som leds av Gemma C. Atkinson vid Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap, Lunds universitet. Vi använder jämförande genomik, känsliga metoder för att förutsäga proteinfunktion och strukturell bioinformatik för att undersöka hur mikrobiella konflikter utvecklas och fungerar på molekylär nivå, särskilt samspelet mellan bakterier och bakteriofager. Vår beräkningsinriktade forskning är nära integrerad med experimentellt arbete genom samarbeten inom mikrobiologi, biokemi och strukturbiologi.

Projektbeskrivning

Bakteriofager kodar för många proteiner vars funktioner och interaktionspartner ännu är okända. I projektet kombinerar du proteinstruktur- och komplexprediktion med jämförande genomik och evolutionsanalyser för att undersöka interaktioner mellan bakteriofagproteiner och mellan fagproteiner och deras bakteriella värdar. Målet är att upptäcka tidigare okända molekylära interaktioner och förstå hur proteiners evolution påverkar deras funktion i fagbiologi och virus–värdinteraktioner. De beräkningsbaserade förutsägelserna ger upphov till hypoteser som kan undersökas experimentellt tillsammans med våra samarbetspartner.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

Du kommer att bedriva beräkningsinriktad forskning med Python-programmering och storskalig prediktion av proteinstrukturer med hjälp av högpresterande beräkningsresurser. Du kommer att arbeta nära andra medlemmar i forskargruppen och externa samarbetspartner. Anställningen ger dig möjlighet att utveckla din självständighet som forskare och bredda din vetenskapliga kompetens. Det kan även finnas möjlighet att medverka i undervisning och få erfarenhet av handledning av masterstudenter.

KvalifikationerKrav För Anställningen Är

• Du har doktorsexamen eller motsvarande utländsk examen inom bioinformatik, molekylärbiologi, mikrobiologi eller ett närliggande ämne. Doktorsexamen ska vara avlagd senast vid tidpunkten då anställningsbeslut fattas.
• Du har god förmåga att utveckla och genomföra forskning av hög kvalitet.
• Du har goda programmeringskunskaper.
• Du har ingående kunskaper om bakteriofagers molekylärbiologi.
• Du har omfattande erfarenhet av prediktion av proteinstrukturer och av att använda sådana prediktioner i biologisk forskning.
• Du har publicerat forskning om bakteriofager i välrenommerade vetenskapliga tidskrifter.

Meriterande för anställningen är:

• Främst kommer den sökande i fråga som avlagt examen högst tre år före sista ansökningsdag.
• Du har erfarenhet av att förutsäga funktioner hos proteiner med okänd funktion genom att integrera information om sekvens, struktur och genomisk kontext.
• Du har erfarenhet av tvärvetenskapliga forskningssamarbeten.
• Du har utvecklat bioinformatiska verktyg med öppen källkod.
• Du har god pedagogisk förmåga.

Bedömningen av de sökande kommer i första hand att baseras på deras vetenskapliga meriter och potential som forskare. Särskild vikt kommer att fästas vid vetenskaplig förmåga inom ämnesområdet.

Vi erbjuder

Vi erbjuder en tvärvetenskaplig forskningsmiljö där bioinformatik, mikrobiologi, biokemi och strukturbiologi möts för att undersöka proteiners funktion och evolution. Du kommer att samarbeta nära med forskare inom både beräkningsvetenskap och experimentell forskning och ha tillgång till högpresterande beräkningsresurser. Anställningen ger dig möjlighet att utveckla egna forskningsidéer, bygga internationella samarbeten och få erfarenhet av undervisning och handledning. Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss Jobba hos oss.

Om anställningen

Anställningen är en visstidsanställning på två år, 100% med startdatum 2027-02-01 eller enligt överenskommelse. Anställningar vid Lunds universitet bedrivs i Sverige och du kommer att vara placerad vid Biomedicinskt centrum (BMC) i Lund och förväntas utföra ditt arbete på plats.

Anställningen är tidsbegränsad till minst två år, max tre år enligt kollektivavtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor (Arbetsgivarverket). En anställning som postdoktor är tänkt som ett inledande steg i karriären och som en möjlighet att ytterligare fördjupa och bredda forskningskompetens.

Så här söker du

Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du beskriver varför du är intresserad av anställningen och hur den motsvarar dina meriter. Bifoga även examensbevis och ett CV med publikationslista, länkar till exempelvis kod på GitHub samt kontaktuppgifter till två referenspersoner.

Mer information om Medicinska fakulteten