Postdoktor i Mikrobiologi

Göteborgs universitet; Göteborgs kommun; Sur place; SEK 480 000 - 600 000; Plein temps

Résumé du poste

Göteborgs universitet söker en postdoktor som kan analysera tarmmikrobiotan och isolera specifika bakteriearter med fokus på Lachnospiraceae och Oscillospiraceae. Projektet kombinerar anaerob odling, genomik och bioinformatik för att förstå metabola mekanismer.

Den som tillsätts kommer att arbeta med Faecalibacterium och studera interaktioner mellan kost och mikrober, samt utveckla modeller i integrerad klinisk forskning och dataanalys i R.

Qualifications

• Dokumenterad erfarenhet av beredning, optimering och utveckling av odlingsmedier för strikt anaeroba bakterier.
• Dokumenterad erfarenhet av genomikbaserad fylogenetisk identifiering och funktionell karakterisering.
• Erfarenhet av programmering och statistisk analys i R inom biologiska data.

Responsabilités

• Analysera tarmmikrobiotan och isolera bakteriearter/stammar.
• Utföra integrerade genomiska och bioinformatiska analyser.
• Arbeta tvärvetenskapligt med kliniker och forskare för att studera metabolism och mikrobiell interaktion.

Connaissances

Anaerob odling

Genomikbaserad identifikation

R-programmering

Bioinformatik

Samarbete i tvärvetenskaplig miljö

Formation

Doktorsexamen i relevant ämne

Outils

Protologger

Coy-kammare

API-kit

Prokka

COGs/EggNOG

Description du poste

Göteborgs universitet möter samhällets utmaningar med mångsidig kunskap. 58 000 studenter och 6800 medarbetare gör universitetet till en stor och inspirerande arbetsplats. Stark forskning och attraktiva utbildningar lockar forskare och studenter från hela världen. Med ny kunskap och nya perspektiv bidrar Göteborgs universitet till en bättre framtid.

Institutionen för medicin, Avdelningen för molekylär och klinisk medicin, bedriver translationell forskning främst kring metabolism, diabetes, fetma och kardiovaskulär sjukdom i syfte att förbättra hälsa och sjukvård i samhället. Det övergripande målet är att skapa en excellent translationell forskningsmiljö av mycket hög internationell standard.

Vi har fler bakterier än egna celler i kroppen och dessa bakterier samverkar med varandra i ekosystem, mikrobiota, och kan påverka hur vi mår. Genom att kombinera kliniska prover och gnotobiotiska djurmodeller har vi visat att tarmmikrobiotan påverkar vår fysiologi och metabolism. Vi söker nu en postdoktor som kan analysera tarmmikrobiotan och isolera specifika mikrobiella modulatorer för ämnesomsättningsrelaterade sjukdomar genom att kvantifiera och karaktärisera bakteriella arter, stammar och genom, med fokus på interaktioner mellan kost och mikrober samt mellan olika mikrober i tarmmikrobiotan.

Tarmmikrobiotan innehåller omkring 1 000 gånger fler gener än det mänskliga genomet och utgör ett komplext ekosystem som påverkar värdens fysiologi genom produktion av bioaktiva metaboliter. Trots stora framsteg inom mikrobiomforskningen är det fortfarande till stor del okänt hur enskilda bakteriearter och den genetiska variationen mellan olika bakteriestammar bidrar till mikrobiotans funktion och utvecklingen av metabola sjukdomar.

Detta projekt syftar till att identifiera och karakterisera bakteriearter och bakteriestammar inom familjerna Lachnospiraceae och Oscillospiraceae, med särskilt fokus på släktet Faecalibacterium, en av de mest förekommande och funktionellt betydelsefulla bakteriegrupperna i den friska mänskliga tarmmikrobiotan.

Den framgångsrika kandidaten kommer att undersöka den funktionella diversiteten hos Faecalibacterium och dess interaktioner med andra tarmbakterier genom en integrerad experimentell och bioinformatisk ansats. Projektet kombinerar komparativa genomiska och bioinformatiska analyser för att undersöka hur genetisk variation på stamnivå påverkar bakteriers metabolism och funktionella egenskaper med fysiologisk karakterisering av bakteriell tillväxt, substratutnyttjande och produktion av bioaktiva metaboliter under definierade anaeroba odlingsförhållanden.

Utifrån våra observationer att förekomsten av Faecalibacterium är associerad med en ökad stabilitet i tarmens mikrobiella samhälle, sannolikt genom interaktioner med bakterier inom familjerna Lachnospiraceae och Oscillospiraceae, kommer kandidaten även att isolera och karakterisera nya bakteriestammar från avföringsprover från friska donatorer. Dessa isolat kommer att användas i experimentella modeller för att studera mikrobiella interaktioner, korsnäring (cross-feeding) och deras betydelse för värdens metabolism.

Projektet integrerar kliniska kohorter, storskaliga genomiska analyser, anaerob bakterieodling, metabolomik och experimentella modellsystem för att identifiera mikrobiella mekanismer och bioaktiva metaboliter som bidrar till metabol hälsa och som kan utgöra grunden för framtida mikrobiombaserade behandlingar av kardiometabola sjukdomar.

Behörighet

Behörig att anställas som postdoktor är den som innehar doktorsexamen i relevant ämnesområde, eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.

I första hand bör den komma i fråga som har avlagt examen högst tre år före ansökningstidens utgång. Även den som avlagt examen tidigare bör komma i fråga om detfinns särskilda skäl. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.

Bedömningsgrunder

Dokumenterad erfarenhet av beredning, optimering och utveckling av odlingsmedier för strikt anaeroba humana tarmbakterier, inklusive YCFA-medium med fettsyror, samt odling och isolering av strikt anaeroba tarmbakterier under anaeroba förhållanden, särskilt med användning av Coy-kammare eller motsvarande anaeroba odlingssystem, är ett krav.

Dokumenterad erfarenhet av genomikbaserad fylogenetisk identifiering och funktionell karakterisering av bakteriearter och bakteriestammar, inklusive analyser med verktyg såsom Protologger, fylogenetisk analys och rekonstruktion av fylogenetiska träd, ANI, dDDH samt funktionell genomannotering med Prokka och COGs/EggNOG, är också ett krav. Vidare krävs erfarenhet av programmering och statistisk dataanalys i R, tillsammans med mycket god förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska.

Erfarenhet av isolering, odling och fysiologisk karakterisering av humana tarmkommensaler tillhörande familjerna Lachnospiraceae och Oscillospiraceae, särskilt butyratproducerande och/eller fibernedbrytande bakterier, är mycket meriterande. Erfarenhet av arbete med fekala kulturer från humana prover, inklusive selektiva eller anrikningsbaserade isoleringsstrategier under strikt anaeroba förhållanden, är också meriterande.

Ytterligare merit kommer att tillmätas erfarenhet av att studera bakteriers metabolism av kostkomponenter, inklusive kostfibrer, komplexa kolhydrater eller andra kostrelaterade substrat.

Erfarenhet av fysiologisk och funktionell karakterisering av strikt anaeroba tarmbakterier är meriterande, liksom erfarenhet av att använda API-kit eller andra fenotypiska metoder för karakterisering av bakterier, särskilt Faecalibacterium och närbesläktade humana tarmanaerober. Internationell forskningserfarenhet, exempelvis genom forskarutbildning eller postdoktoral forskning utomlands, är också meriterande.

Stor vikt kommer att läggas vid den sökandes förmåga att samarbeta och interagera effektivt med forskare och kliniker i en tvärvetenskaplig forskningsmiljö. Stor vikt kommer även att läggas vid personlig lämplighet, inklusive förmåga att ta initiativ, arbeta självständigt, visa flexibilitet samt ha god analytisk förmåga och problemlösningsförmåga.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning, 36 mån.
Omfattning: 100%
Placering: Institutionen för medicin, Göteborg.
Tillträde: 2026-11-01 eller enligt överenskommelse.

Bifoga doktorsexamensbevis vid ansökan, i det fall som examensbeviset ännu inte är utfärdat bifogas det senast vid den tidpunkt då anställningsbeslut skall fattas.

Den sökande ska bifoga ett personligt brev med en kort beskrivning av tidigare erfarenhet av anaerob odling, isolering och karakterisering av humana tarmbakterier samt bioinformatisk/genombaserad analys.

Ansökan ska vara inkommen senast: 2026-09-07

Universitetet arbetar aktivt för en arbetsmiljö med jämställda förhållanden och sätter värde på de kvalitéer mångfald tillför verksamheten.

Universitetet tillämpar individuell lönesättning.

Enligt Riksarkivets föreskrifter är universitetet skyldigt att förvara ansökningshandlingar i två år efter tillsättningsbeslutet. Om du som sökande till en anställning särskilt begär tillbaka dina handlingar återsänds de när de två åren har förflutit, i annat fall kommer de att gallras ut.

Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Göteborgs universitet anlitar upphandlad annonsbyrå i samband med rekrytering av personal. Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av jobbannonser.