PhD student in Bioinformatics

Stockholms-Universitet; Stockholms kommun; On-site; SEK 420,000 - 540,000; Full time

Job summary

Stockholms universitet söker en mycket motiverad doktorand till Laboratoriet för beräkningsbaserad mikroskopi, i samverkan med SciLifeLab. Den akademiska anställningen gäller inom biokemisk och biofysisk forskning och beräkningsbaserad bildanalys.

Doktoranden kommer att utveckla nästa generations generativa AI-metoder för integrering och tolkningsbarhet av multimodala biologiska data, särskilt inom mikroskopi. Den tvärvetenskapliga miljön består av fysiker, ingenjörer och biologer.

Qualifications

• Gedigen erfarenhet av maskininlärning, gärna djupinlärning.
• Dokumenterad erfarenhet av vetenskaplig programmering, t.ex. GitHub eller artiklar.
• Intresse för biologi och tvärvetenskaplig forskning är en förutsättning.

Skills

Machine learning

Deep learning

Scientific programming

Education

Master's degree (related field)

Tools

Python

GitHub

PyTorch

TensorFlow

Job description

Institutionen för biokemi och biofysik. Institutionens lokaler ligger huvudsakligen i Arrheniuslaboratorierna tillsammans med de andra kemiinstitutionerna och andra institutioner inom Naturvetenskapliga fakulteten. Vi är närmare 270 anställda, som för närvarande är verksamma vid institutionen. Forskningen är av absolut världsklass och spänner över flera stora områden.

SciLifeLab ( SciLifeLab ) är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten.

Administrativt kommer anställningen att placeras vid Institutionen för biokemi och biofysik, Stockholms universitet.

Projettitel: AI för multimodal biologi och mikroskopi.

Laboratoriet för beräkningsbaserad mikroskopi för cellbiologi (CMCB), under ledning av biträdande professor Juliette Griffié, söker en mycket motiverad doktorand för att utveckla nästa generations generativa AI-metoder för integrering och tolkningsbarhet av multimodala biologiska data.

Projektet fokuserar på att utveckla AI-strategier för analys av komplexa biologiska datamängder, med särskild tonvikt på mikroskopi. Doktoranden kommer att utforska hur representationell inlärning (representation learning) och generativ AI kan användas för att identifiera grundläggande biologiska mekanismer i storskaliga, multimodala och/eller heterogena datamängder. Detta doktorandprojekt ligger i skärningspunkten mellan artificiell intelligens, beräkningsbiologi och datorseende. Det vänder sig till kandidater som är entusiastiska inför att tillämpa avancerade AI-metoder på banbrytande biologiska frågeställningar.

Vi söker exceptionella kandidater med en stark kvantitativ bakgrund och en masterexamen inom datavetenskap, fysik, matematik, ingenjörsvetenskap, bioinformatik eller närliggande områden. För att bli aktuell för anställningen krävs gedigen erfarenhet av maskininlärning (inklusive djupinlärning), gärna inom datorseende, samt dokumenterad erfarenhet av vetenskaplig programmering (t.ex. via GitHub-repository eller publicerade/inskickade vetenskapliga artiklar). Erfarenhet av generativ AI eller tolkningsbar maskininlärning är mycket meriterande. Ett genuint intresse för biologi och tvärvetenskaplig forskning är en förutsättning.

Den utvalda kandidaten kommer att ingå i en tvärvetenskaplig och dynamisk forskningsmiljö som främst består av fysiker, ingenjörer, biokemister och forskare inom beräkningsvetenskap. CMCB-laboratoriet scilifelab.se/researchers/juliette-griffie/ utvecklar avancerade beräknings- och AI-drivna metoder för att utvinna biologisk kunskap ur mikroskopi- och multimodala datamängder. Laboratoriets nuvarande forskning omfattar bland annat tolkningsbara AI-flöden för studier av cancer och autoimmunitet, samt metoder baserade på generativ AI och graf-neurala nätverk för biologisk bildanalys.

Behörighetskrav

För att bli antagen till forskarutbildning krävs att den sökande har grundläggande och särskild behörighet. Behörighetskraven måste vara uppfyllda vid den tidpunkt då den sökande antas till forskarutbildningen vid Institutionen för biokemi och biofysik.

Grundläggande behörighet har du, om du avlagt examen på avancerad nivå, eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå i bioinformatik krävs, att den sökande inom utbildning på grundnivån har godkänt resultat på kurser om minst 90 hp, antingen a) kemi/molekylärbiologi/bioteknik, eller b) datalogi/matematik/fysik, och ett självständigt arbete om minst 30 hp samt kurser på avancerad nivå inom molekylära livsvetenskaper, datalogi, matematik, fysik och/eller bioinformatik så att totalt 60 hp på avancerad nivå uppnås. Särskild behörighet har också den som i annan ordning inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper, vilket bedöms av examinator och/eller studierektor för utbildning på forskarnivå.

Urval bland behöriga sökande ska göras med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig utbildningen. Viktiga bedömningsgrunder är följande: förtrogenhet med teori, skicklighet inom ämnesområdet för avhandlingsarbetet, förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska och/eller svenska, analytisk förmåga, kreativitet, initiativförmåga, självständighet och samarbetsförmåga.

Till grund för att bedöma hur den sökande uppfyller dessa krav används tidigare studiers relevans för ämnet, betyg på genomgångna högskolekurser (särskilt de på avancerad nivå), kvalitet och omfattning på det självständiga arbetet, referenser till personer som kan beskriva den sökandes färdigheter och intervjuer.

Vi erbjuder en tidsbegränsad anställning som doktorand enligt 5 kap. högskoleförordningen (1993:100). Anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. Som doktorand ska du främst ägna dig åt din egen utbildning på forskarnivå, men i anställningen kan arbete med utbildning, forskning och administration ingå i begränsad omfattning (högst 20 %).

En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen förnyas därefter med högst två år i taget.

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Allmän information angående forskarutbildningen kan fås från professor och studierektor Andreas Barth, [e-mail] .

Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande.