bioinformatikker

Helse Stavanger; Stavanger; On-site; NOK 650,000 - 900,000; Full time

Benefits offered by this job

Hjem-jobb-Hjem-avtale (rabatt på 30-dø

Gratis bruk av bysykkel

Pensjons- og forsikringsordninger

Job summary

Stavanger universitetssjukehus søker en bioinformatiker for å implementere og validere store genpanelanalyser i kreftdiagnostikk.

Du vil etablere infrastruktur, utvikle arbeidsflyter og samarbeide tett med patologer, molekylærbiologer og IT for å sikre rutinediagnostikk og rekruttering til kliniske studier.

Qualifications

• Erfaring med Linux-miljøer, Docker/Singularity og git.
• Programmeringsferdigheter i Python, R, C++ og bash.
• Har kjennskap til Nextflow eller Snakemake for arbeidsflyter.
• Vant til å jobbe i genomic diagnostics og klinisk forskning.

Responsibilities

• Etablere infrastruktur og validerte arbeidsflyter for store genpaneler i klinisk diagnostikk.
• Sikre rutinediagnostikk og god kontakt med IT og kliniske samarbeidspartnere.
• Arbeide med Linux-miljøer, containerteknologier og versjonskontroll.
• Identifisere mutasjoner, kopitallsendringer og andre klinisk relevante funn.
• Bidra til klinisk tolkning av resultater sammen med patologer og molekylærbiologer.
• Bygge lokal kompetanse innen genomisk diagnostikk og bioinformatikk.

Skills

Python

R

C++

bash

Git

Linux

Docker

Kubernetes

Nextflow

Snakemake

DevOps

GitOps

TDD

Genomisk diagnostikk

Tools

Docker/Singularity

Git

Nextflow

Snakemake

Illumina NGS

LocalApp/Dragen

Job description

Avdeling for patologi arbeider med diagnostikk og forskning av kreft og andre sykdommer. Avdelingen er delt inn i sju seksjoner: Histologi, cytologi, kvantitativ molekylær patologi, seksjon for leger, obduksjon, merkantilt og seksjon for forskning og utprøvende diagnostikk.
Det er et nasjonalt mål i Norge at kreftpasienter uten nytte av standardbehandling, skal vurderes for deltakelse i kliniske studier. For å støtte dette skal pasienter tilbys omfattende molekylærgenetiske analyser for å identifisere målrettet behandling og studie muligheter. I 2020 ble InPreD etablert for å sikre lik tilgang til avansert kreft diagnostikk nasjonalt.

Stavanger universitetssjukehus (SUS) bidrar med regionale diagnostiske tjenester og kompetanse. Videre utvikling av InPreD fokuserer på kompetansebygging og økt kapasitet. SUS har imidlertid ennå ikke fullt implementert bruk av store genpanel analyser i rutine diagnostikk, blant annet på grunn av begrenset tilgang på spesialkompetanse innen molekylær diagnostikk og bioinformatikk. Gjennom et prosjekt, finansiert av kreftforeningen, har vi nå mulighet for å ansette en bioinformatikker som vil ha ansvar for å implementere bruk av et stort genpanel (f. eks. TSO500v2) innenfor kreft diagnostikk ved avdeling for patologi.

Attester, vitnemål og eventuell annen relevant dokumentasjon må vedlegges søknaden.

• Etablere nødvendig infrastruktur og validerte arbeidsflyter for store genpanel analyser ved Stavanger universitetssjukehus
• Sikre at analysene kan brukes i rutinediagnostikk ved sykehuset
• Ansvarlig for god kontakt og samarbeid med Helse Vest IKT
• Arbeide med Linux-miljøer, Docker/Singularity og versjonskontroll (Git).
• Identifisere mutasjoner, kopitallsendringer, fusjoner og andre klinisk relevante genomiske funn.
• Bidra til klinisk tolkning av resultatene sammen med patologer og molekylærbiologer.
• Bygge lokal kompetanse innen genomisk diagnostikk og bioinformatikk.
• Bidra til InPreD-samarbeidet og nasjonale forskningsprosjekter.
• Øke rekruttering av pasienter til kliniske studier gjennom bedre molekylær diagnostikk.
• Generere og analysere genomiske data til forskningsprosjekter.
• Samarbeide med forskere innen kreftgenomikk og presisjonsmedisin.
• Potensielt bidra til vitenskapelige publikasjoner og metodeutvikling
• Erfaring med programmeringsspråk (Python, R, C++, bash), teknologier (t.d. kubernetes, git, Docker/Singularity Containers), metodologier (t.d. gitops, devops, tdd) og/eller oppsett og drift av linuxbaserte OS
• Erfaring innen genomikk drevene basale eller kliniske kreft studier anses som en fordel.
• Kjennskap til Workflow Management Systems som Nextflow eller Snakemake er en fordel
• Kjennskap til/erfaring med Illumina NGS-instrumenter og tilhørende analysetjenester (LocalApp, Dragen) og/eller TSO500-panelet er en fordel
• Beherskenorsk muntlig og skriftlig. Søkere som har annet morsmål enn norsk, svensk eller dansk, og som ikke har fullført norskspråklig videregående skole, må minimum ha bestått Bergenstesten, eller annen norsk test på B2 nivå. Dokumentasjon må vedlegges søknaden. Ved ansettelse av allerede fast ansatt i foretaket kan en unntaksvis, i særlige tilfeller, fravike kravet om bestått norsktest på B2-nivå.
• Vi søker en person som er resultatorientert, strukturert og har evne til å jobbe selvstendig.
• Du bidrar positivt til et faglig og kollegialt godt miljø
• Det er også ønskelig at kandidaten jobber ryddig, er pliktoppfyllende og har god kommunikasjonsevne.
• Lønn i samsvar med gjeldende overenskomst
• Hjem-jobb-Hjem-avtale (god rabatt på 30 dagers billett samt gratis bruk av bysykkel)
• Gode pensjons- og forsikringsordninger

Adresse: Stavanger Universitetssjukehus, Inngang B, Sykehusveien 80, 4021 Stavanger, Norge

Helse Stavanger HF, Stavanger universitetssjukehus, har ansvar for spesialisthelsetjenesten i Sør-Rogaland. Med nærmere 8000 ansatte er vi en av regionens største arbeidsgivere. Pasientbehandling, utdanning av helsepersonell, pasientopplæring og forskning er våre hovedoppgaver. Les mer på www.helse-stavanger.no.

Helse Stavanger HF skal så langt som mulig gjenspeile mangfoldet i befolkningen. Vi ønsker å rekruttere medarbeidere uavhengig av kjønn med ulik kompetanse, fagkombinasjoner, livserfaring og perspektiv for å bidra i spesialisthelsetjenesten.