Bioinformatician single-cell and multi-omics in infection and vaccine immunology

Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM); Bilthoven; On-site; EUR 39,000 - 62,000; Full time

Benefits offered by this job

IKB budget

Public transport vergoeding

Career development

Remote work 50%

Job summary

Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM) zoekt een bioinformaticus voor 36 uur per week in Bilthoven. Je analyseert grote immunologie- en multi-omics datasets om virusinfecties en vaccins te ontrafelen en bij te dragen aan pandemiebereidheid.

Je werkt met state-of-the-art sequencing en analytische tools, ontwikkelt pipelines en levert inzichten voor public health besluitvorming en toekomstige vaccinstrategieën. Ervaring met scRNA-seq, CITE-seq en TCR-seq is een plus.

Qualifications

• PhD in Bioinformatics, Systems Biology, Computational Biology or a related field with publication track in immunology or infectious diseases.
• Advanced proficiency in R or Python enabling pipelines and large omics data handling.
• Responsible for organising, processing and analysing large omics datasets following FAIR practices.
• Analytical mindset connecting omics results with clinical data and providing insights.
• Structured and adaptable working style to coordinate with multiple project leaders.

Responsibilities

• Analyze immunology and multi-omics datasets to understand immune responses to infection and vaccination.
• Design or adapt computational pipelines for transcriptomics, scRNA-seq, CITE-seq and scTCR-seq analyses.
• Perform robust statistical analyses and visualize results for publications and reports.
• Collaborate with the data team to implement best practices for data analysis and FAIR data management.

Skills

Bioinformatics

R of Python

High-dimensional data analysis

FAIR data management

Data visualization

Collaboratie en communicatie

Education

PhD in Bioinformatics, Systems Biology, Computational Biology

Tools

R

Python

Job description

Bioinformatician single-cell and multi-omics in infection and vaccine immunology in Bilthoven voor 36 uur bij RIVM

Dit ga je doen

Are you active in the field of immunology of infectious diseases and eager to contribute to better pandemic preparedness? As a bioinformatician at RIVM, you will analyze large-scale immunological and multi-omic datasets to untangle how the immune system defends against potential pandemic viruses. This role gives you the opportunity to deepen your technical expertise alongside experienced data scientists using state-of-the-art sequencing and analytical tools. You will see your data analyses inform public health decisions and future vaccine strategies.

Your responsibilities

As bioinformatician at RIVM you will be involved in multiple projects aimed at understanding immune responses to vaccination and infection, in particular projects investigating broadly reactive immunity to viruses with pandemic potential. You will be part of the broad-immunity team, which consists of three postdoctoral researchers, four technicians and a group leader, and you will be responsible for the analysis of multi-omic and high-dimensional immunological datasets from preclinical and clinical studies. These datasets include bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), multimodal single-cell datasets incorporating cell hashing and oligonucleotide-tagged antibodies for surface protein detection (e.g. CITE-seq), single-cell T-cell receptor sequencing (scTCR-seq), and high-dimensional flow cytometry. You will be responsible for the analysis, processing and storage of large datasets in accordance with best practices for ensuring analytical reproducibility.

For this purpose, you will use available computational workflows or design and implement new pipelines to address specific questions related to immune responses following infection or vaccination. Examples include the characterization of immune cell populations and their activation states, integration of transcriptomic, surface-protein and TCR repertoire information, and identification of potential biomarkers associated with immune protection or disease progression. Robust statistical analyses will form an integral part of this process. Finally, you contribute to academic research publications in collaboration with other team members, by visualizing and communicating the results, using state-of-the-art figures and data visualizations.

You will join the centre's data team, consisting of several data scientists, data managers and bioinformaticians, to exchange expertise and develop and implement best practices for data analysis.

The department

The center for Immunology of Infectious Diseases and Vaccines (IIV) at RIVM is the knowledge center of the government in the field of immunology of infectious diseases and vaccines. The core mission of this center is to provide information and advice about effectiveness of vaccines, vaccination strategies and immune responses against infectious diseases to parties within the government and to the general public. The center collaborates intensively with other RIVM knowledge centers and national and international collaborators.

Within IIV, the department of Immune Mechanisms - Immunological Models (IIM) specifically employs immunological models to understand immune responses to infection and vaccination. We are an international, dynamic, highly motivated department of 20+ scientists at different stages of our careers with a strong drive to push immunological research for the benefit of Public Health. We combine expertise in virology, immunology, molecular biology and bioinformatics and strongly believe in collaboration and teamwork. We highly value a psychologically safe working environment in which we learn from one another, mistakes are considered part of the learning process, and feedback is given in a constructive way in an informal, relaxed atmosphere. Monday is our fixed office day where we start over coffee, followed by our weekly department work discussion. Depending on the role, there is flexibility to work from home for up to 50% of the working week.

Dit krijg je

• Schaal 10
• €3.496 - €5.535 (bruto)
• Arbeidsovereenkomst voor bepaalde tijd
• 1 jaar
• 36 uur
• Het salaris is gebaseerd op een werkweek van 36 uur.

Dit bieden we nog meer

Nabest museum? Actually, we keep the paragraph: Naast het salaris ontvang je een Individueel Keuzebudget (IKB). Het IKB bestaat uit geld (16,50% van je bruto jaarsalaris) en tijd. Met het IKB maak jij de keuzes die bij jou passen en kun je een deel van je arbeidsvoorwaarden zelf samenstellen. Je kunt er bijvoorbeeld voor kiezen om een deel van je maandinkomen te laten uitbetalen wanneer jij dat wenst. Ook kun je dit budget omzetten in verlof en andersom of besteden aan fiscaal vriendelijke doelen. De Rijksoverheid hecht sterk aan persoonlijke groei en loopbaanontwikkeling en biedt daarvoor tal van mogelijkheden. Tot de secundaire arbeidsvoorwaarden behoren onder meer verschillende studiefaciliteiten, bedrijfsfitness, volledige vergoeding van je OV-reiskosten woon-werkverkeer en gedeeltelijk betaald ouderschapsverlof.

Bij het RIVM hebben we één van de beste cao's van Nederland, namelijk die van de Rijksoverheid. Daarnaast bieden we fiscale voordelen om bijvoorbeeld je studieschuld af te lossen. Ook zijn we een mantelzorgvriendelijke organisatie.

Dit vragen wij

• A PhD in Bioinformatics, Systems Biology, Computational Biology, or a related field, combined with a publication record in immunology or infectious diseases.
• Advanced proficiency in R or Python, enabling you to build reliable pipelines, efficiently manage large bulk and single-cell transcriptomic datasets, and create clear figures for scientific publications. Experience in high-dimensional flow cytometry is a welcome addition.
• Responsibility for the organization, processing and analysis of large omics datasets according to best practices for data quality and FAIR data management, including appropriate sharing of data, workflows and code.
• An analytical mindset that connects statistically robust omics results with other (pre)clinical data, that provides constructive and critical insights into analytical approaches and helps multidisciplinary project leaders draw sound conclusions
• A structured and adaptable working style, enabling you to manage input from multiple project leaders, set and communicate clear priorities, and align expectations across projects. You are able to discuss competing priorities constructively and know when further alignment or decision-making is needed.
• A willingness to contribute to an open, stimulating and pleasant working environment and actively participate in scientific discussions.

Hier kom je te werken

Over RIVM

Als Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM) zijn we een deskundige, betrouwbare en onafhankelijke adviseur voor overheid, professionals en burgers. Ons doel: een gezonde bevolking en een duurzame, veilige en gezonde leefomgeving. We bewaken gezondheid, ziekten, de kwaliteit van de leefomgeving én het milieu. Daarvoor doen we onderzoek en we verzamelen kennis voor toegankelijke informatie en toepasbare adviezen. Het RIVM zorgt voor een goede geboortescreening, het bestrijden van infectieziekten en heeft een centrale rol bij het Rijksvaccinatieprogramma en de bevolkingsonderzoeken. We onderzoeken wat er nodig is voor goede zorg, een gezonde leefstijl, veilige producten en een veilige en gezonde leefomgeving. Ook dragen we bij aan het voorkomen, bestrijden en beheersen van incidenten en crises.

We werken op ons huidige hoofdkantoor in Bilthoven met ongeveer 3000 collega’s aan al onze adviezen, rapporten, factsheets en publicaties. We doen ons werk midden in de maatschappij.

Bijzonderheden

• Bij je indiensttreding vragen we altijd om een Verklaring Omtrent Gedrag (VOG).
• Voor een volledig beeld van de zakelijke achtergrond van sollicitanten raadplegen we soms LinkedIn.