Thèse (H / F) Analyse incrémentale de modèles biologiques paramétrés

CNRS; Paris; Sur place; EUR 60 000 - 80 000; Plein temps

Résumé du poste

Le CNRS propose une thèse (H/F) en analyse incrémentale de modèles biologiques paramétrés, axée sur des enjeux méthodologiques en sciences computationnelles. Ce projet sera réalisé au sein de l’équipe Antique de l'École normale supérieure, encadré par un spécialiste reconnu dans le domaine.

Qualifications

• Diplôme de niveau Master 7 requis pour la candidature.

Responsabilités

• Conception et mise en œuvre d’une analyse incrémentale pour les modèles d’interaction entre instances de protéine.
• Étudier les meta-langages pour les compiler sous forme de modèles paramétrés.

Formation

Master 7 ou diplômes équivalents

Description du poste

Thèse (H/F) Analyse incrémentale de modèles biologiques paramétrés

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• Fonction publique : Fonction publique de l'État
• Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
• Nature de l’emploi : Emploi ouvert uniquement aux contractuels
• Nature du contrat : CDD de 3 ans
• Expérience souhaitée : Non renseigné

Rémunération :
Fourchette indicative pour les contractuels : La rémunération est d'un minimum de 2200,00 € brut par mois.
Fourchette indicative pour les fonctionnaires : Non renseignée

• Catégorie : Catégorie A (cadre)
• Management : Non renseigné
• Télétravail possible : Non renseigné

Sujet de thèse :

Cette thèse porte sur la conception et la mise en œuvre d’une analyse incrémentale pour les modèles d’interaction entre instances de protéine décrits en Kappa. Nous comparerons deux approches : la première fondée sur l’utilisation d’hypergraphes pour exprimer comment chaque conclusion a été inférée, la seconde proposant une analyse de modèle paramétrique interfacée avec une analyse incrémentale classique pour ajouter des règles à la volée.
Nous étudierons également les meta-langages proposés dans la littérature pour les compiler sous forme de modèles paramétrés, et donc permettre leur analyse en amont. Enfin, l’intégration de l’analyse incrémentale dans un éditeur pose des questions d’ingénierie ardues qui sortent du cadre de la thèse.

Contexte :
Cette thèse se déroulera au sein de l’équipe Antique, du département d’informatique de l'École normale supérieure. Le domaine de recherche principal de cette équipe est l'analyse statique par interprétation abstraite — une théorie unifiante pour comparer formellement le comportement d'un système dynamique à différents niveaux d'abstraction. La thèse sera encadrée par Jérôme Feret, spécialiste depuis plus de quinze ans en interprétation abstraite des modèles de voies de signalisation écrits en Kappa.

Profil recherché

Contraintes et risques :

Niveau d'études minimum requis

• Niveau : Master 7 ou diplômes équivalents

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

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