Thèse (H/F) Analyse incrémentale de modèles biologiques paramétrés

CNRS; Paris; Sur place; EUR 60 000 - 80 000; Plein temps

Résumé du poste

Le CNRS propose une thèse portant sur l’analyse incrémentale de modèles biologiques en Kappa. Vous serez impliqué dans des recherches d’avant-garde au sein de l’École normale supérieure, encadré par un expert du domaine. Cette opportunité est dédiée à ceux ayant un doctorat ou une formation équivalente en informatique et désirant contribuer à des travaux innovants.

Qualifications

• Connaissances en analyse statique et interprétation abstraite.
• Forte capacité analytique et expérience en programmation, notamment en Kappa.
• Recherche et développement sur les modèles paramétriques.

Responsabilités

• Conception d'une analyse incrémentale pour les modèles d’interaction entre instances de protéine.
• Comparaison de deux approches d’analyse pour l’intégration des modèles paramétriques.
• Participation active aux recherches au sein de l’équipe Antique.

Formation

Doctorat en Informatique ou domaine connexe

Description du poste

Thèse (H/F) Analyse incrémentale de modèles biologiques paramétrés

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :

Date Limite Candidature : samedi 5 juillet 2025 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Thèse (H/F) Analyse incrémentale de modèles biologiques paramétrés
Référence : UMR8548-JERFER-004
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : samedi 14 juin 2025
Type de contrat : CDD Doctorant
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 septembre 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : La rémunération est d'un minimum de 2200,00 € mensuel
Section(s) CN : 06 - Sciences de l'information : fondements de l'informatique, calculs, algorithmes, représentations, exploitations

Description du sujet de thèse

Cette thèse porte sur la conception et la mise en œuvre d’une analyse incrémentale
pour les modèles d’interaction entre instances de protéine décrits en Kappa. Nous comparerons deux approches : la première fondée sur l’utilisation d’hypergraphes pour exprimer comment chaque conclusion a été inférée, la seconde proposant une analyse de modèle paramétrique interfacée avec une analyse incrémentale classique pour ajouter des règles à la volée.
Nous étudierons également les meta-langages proposés dans la littérature pour les compiler sous forme de modèles paramétrés, et donc permettre leur analyse en amont. Enfin, l’intégration de l’analyse incrémentale dans un éditeur pose des questions d’ingénierie ardues qui sortent du cadre de la thèse.

Contexte de travail

Cette thèse se déroulera au sein de l’équipe Antique, du département d’informatique de l'Ecole normale supérieure. Le domaine de recherche principal de cette équipe est l'analyse statique par interprétation abstraite --- une théorie unifiante pour comparer formellement le comportement d'un système dynamique à différents niveaux d'abstraction. La thèse sera encadrée par Jérôme Feret, spécialiste depuis plus de quinze ans, en interprétation abstraite des modèles de voies de signalisation écrit en Kappa.