Stage Visualisation Pangénomique via Dash et Graphes

INRAE; Castanet-Tolosan; Sur place; EUR 937 000 - 1 240 000; Plein temps

Résumé du poste

INRAE recherche un stagiaire Master/Ingénieur pour faire évoluer PanAbyss, outil d’exploration de graphes de connaissances en biologie et agronomie. Vous prendrez en main le code existant et réaliserez une interface utilisateur plus intuitive.

Vous développerez avec Python et Dash, améliorerez les visualisations avec Cytoscape et Plotly, et participerez au packaging, aux tests et à la documentation. Stage de 6 mois, début 01/02/2027, à Auzeville-Tolosane.

Qualifications

• Master/Ingénieur Bac+5 en informatique, développement logiciel, data science ou domaine connexe.
• Bonne maîtrise de Python et connaissances en développement d’interfaces.
• Bonne capacité de communication : échanges réguliers avec des biologistes.
• Profil curieux et ouvert aux problématiques mêlant biologie, agronomie, algorithmie et informatique.

Responsabilités

• Concevoir et développer une nouvelle interface pour simplifier la navigation dans l’application.
• Améliorer la visualisation des pangénomes et l’interaction avec les graphes (Cytoscape).
• Développer les interfaces avec Python et Dash.
• Améliorer le packaging et le déploiement sur différentes plateformes.
• Mettre en place des tests de validation et documenter les développements.
• Intégrer les évolutions dans la forge logicielle de l’institut.

Connaissances

Python

Dash

Web UI

Data viz

Git

Testing

Documentation

Neo4j

Cypher

Docker

Apptainer

Conda

Communication

Formation

Master/Ingénieur Bac+5

Outils

Plotly

Cytoscape

Neo4j

Docker

Apptainer

Conda

Description du poste

INRAE recherche un stagiaire Master/Ingénieur pour faire évoluer PanAbyss, outil d’exploration de graphes de connaissances en biologie et agronomie. Vous prendrez en main le code existant et réaliserez une interface utilisateur plus intuitive.

Vous développerez avec Python et Dash, améliorerez les visualisations avec Cytoscape et Plotly, et participerez au packaging, aux tests et à la documentation. Stage de 6 mois, début 01/02/2027, à Auzeville-Tolosane.