Stage Master 2 : Interactions moléculaires plantes – virus

INRAE; Colmar; Sur place; EUR 6 700 - 7 800; Plein temps

Résumé du poste

INRAE Colmar, au sein de l’équipe Virologie et Vection de l’unité SVQV, propose un stage en biologie moléculaire axé sur la manipulation virale des plantes et le phénotypage des vecteurs viraux chez Arabidopsis.

Vous participerez à la validation fonctionnelle de gènes candidats via PCR/RT-qPCR, transformations et approches RNAi/VIGS, en collaboration avec le doctorant et l’ingénieure d’étude.

Qualifications

• Master/Ingénieur (Bac+5) requis.
• Formation recommandée : Master 2 ou école d’ingénieur Agro.
• Connaissances souhaitées : Biologie moléculaire et génétique végétale; virologie végétale et interactions plantes-virus-insectes appréciées.
• Aptitudes : maîtrise des techniques de biologie moléculaire; rigueur et traçabilité; maîtrise des outils informatiques et statistiques; capacité d’analyse et d’interprétation des données.
• Bonne curiosité pour la recherche et capacité à travailler en équipe.

Responsabilités

• Suivre le comportement des pucerons par des approches moléculaires et phénotypiques.
• Caractériser des mutants d’Arabidopsis et analyser l’expression des gènes candidats par PCR/RT-qPCR.
• Mettre en œuvre des approches pour moduler l’expression des gènes candidats (transformation, RNAi, VIGS).

Connaissances

Biologie moléculaire

Génétique végétale

Virologie végétale

Analyse des données

Formation

Master/Ingénieur (Bac+5)

Outils

PCR

RT-qPCR

RNAi

VIGS

Description du poste

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales , implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Les phytovirus représentent une menace majeure en agriculture. Ils provoquent, entre autres, des baisses de rendements, et ils impactent également la qualité des productions. On estime qu’environ 75 % des virus végétaux sont transmis par des insectes, parmi lesquels les pucerons occupent une place majeure. Afin d’accroître leurs probabilités d’acquisition par l’insecte vecteur, et de transmission à une plante hôte, les phytovirus ont développé des mécanismes de «Manipulation» qui modifient le phénotype de l’hôte ou de l’insecte vecteur afin de favoriser la transmission des virus. Les mécanismes moléculaires sous-jacents sont largement inconnus. Le projet ANR JCJC PHENOMANI vise (i) à identifier les mécanismes moléculaires par lesquels les virus de plantes modifient les phénotypes de leurs plantes hôtes et le comportement de leurs vecteurs, et (ii) à comprendre leur contribution à la transmission virale.
Le projet repose sur l’exploitation de la diversité génétique naturelle d’Arabidopsis thaliana, combinée à un phénotypage à haut débit (vidéo-tracking) du comportement du puceron Myzus persicae vecteur de nombreux virus, dont les virus de la jaunisse ou de la mosaïque du navet et celui de la mosaïque du chou-fleur qui font l’objet de cette étude. Les études comportementales du puceron sur cette collection de plusieurs centaines d’accessions d’A.thaliana, combinées à des analyses génétiques d’association à l’échelle du génome (GWAS), permettent d’identifier des gènes candidats potentiellement impliqués dans la manipulation de la plante hôte.
Vous contribuerez à la validation fonctionnelle des gènes candidats en développant des approches de biologie moléculaire. Vous travaillerez en étroite collaboration avec le doctorant impliqué dans le projet et ayant conduit les études comportementales et l’identification des gènes candidats, ainsi qu’avec l’ingénieure d’étude de l’équipe, et l’ensemble des membres de l’équipe Virologie et Vection de l’unité SVQV.

Vous serez plus particulièrement en charge de:

- Suivre le comportement des pucerons par vidéo-tracking sur des mutants d’A.thaliana déficients dans des voies de signalisation phytohormonales végétales. Ces premières expérimentations permettront d’évaluer la contribution des défenses végétales sur le comportement du puceron au sein du dispositif expérimental;
- Caractériser des mutants d’Arabidopsis disponibles dans les banques et affectés dans l’expression des gènes candidats par des techniques classiques de biologie moléculaire (PCR, RT-qPCR);
- Si les mutants d’Arabidopsis ne sont pas disponibles, mettre en œuvre différentes approches permettant de moduler l’expression (sur- ou sous-expression) des gènes candidats par transformation génétique stable ou transitoire d’Arabidopsis, RNA interférence, VIGS… (clonage dans différents vecteurs d’expression);

Objectifs du stage:

- Participer à la validation fonctionnelle d’un ou de plusieurs gènes candidats (identifiés au préalable) potentiellement impliqués dans le phénomène de Manipulation de la plante par un phytovirus. Le projet portant sur trois phytovirus transmis par puceron selon des modes différents, une sélection du, ou des, gènes candidats ainsi que du virus sera effectuée avant l’arrivée de l’étudiant.e

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Formation recommandée :
Étudiant en Master 2, ou école d’ingénieur Agro (ou en année de césure)

Connaissances souhaitées:
* Biologie moléculaire et génétique végétale ;
* Des connaissances générales en virologie végétale et en interactions plantes-virus-insectes seraient appréciées
Aptitudes recherchées:
* Maîtrise des techniques courantes de biologie moléculaire ;
* Rigueur dans la réalisation des expériences et la traçabilité des résultats ;
* Maitrise des outils informatiques et statistiques ;
* Capacité à analyser, structurer et interpréter des données expérimentales.

Il/elle doit faire preuve d'une grande curiosité pour la recherche, avoir de bonnes capacités de travail et de communication au sein d'une équipe.

Les candidatures sont évaluées progressivement et continuellement. Le stage peut être pourvu avant la clôture de la période de candidature.

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publiquenotamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.> En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr

• Rémunération :Gratification selon la réglementation en vigueur