Stage M2 Mise en place d’un outil d’intégration pour la caractérisation des ressources génétiques

SFBI; Versailles; Sur place; EUR 5 600 - 6 700; Plein temps

Résumé du poste

INRAE URGI recherche un stagiaire de niveau Master 2 pour mettre en place un outil d’intégration de données afin de caractériser des ressources génétiques végétales. Le stage vise à enrichir une base graphe existante avec des données hétérogènes (génomique, génétique, phénomique, bibliographie) et à développer une interface pour interroger et visualiser les résultats.

Le candidat travaillera en collaboration avec l’unité URGI à Versailles et sera intégré au système d’information pour permettre

Qualifications

• Stage M2 de Bac+5 / Master.
• Connaissances en NoSQL et ETL.
• Compétences en bases de données graphe et visualisation de données.

Responsabilités

• Concevoir et étendre une base graphe existante pour l’intégration de données.
• Développer une interface utilisateur pour interroger et visualiser les résultats.
• Intégrer les données hétérogènes et proposer des workflows reproductibles.

Description du poste

Stage M2 Mise en place d’un outil d’intégration pour la caractérisation des ressources génétiques

Stage·Stage M2·6 moisBac+5 / MasterINRAE URGI·Versailles (France)550

Date de prise de poste : 4 janvier 2027

Titre : Mise en place d’un outil d’intégration de données pour améliorer la caractérisation des ressources génétiques

Résumé du projet de stage: Un des enjeux de la biologie végétale est d’étudier, voire de prédire la capacité des plantes à s’adapter à des stress en s’appuyant sur des données génétiques, génomiques et environnementales. Pour y parvenir les chercheurs étudient des collections de ressources génétiques, représentant la diversité existante d’une espèce, et souhaitent disposer de connaissances intégrées aussi exhaustives que possible sur chacune des accessions/ressources génétiques de ces collections.
L’URGI est une unité de service développant de nouvelles approches basées sur les graphes de connaissances. Le but est de faciliter l’intégration de données hétérogènes pour apporter à la communauté scientifique un appui simple et efficace pour l’exploration et l’accès aux données.
L’objectif du stage proposé sera de mettre en place un outil permettant la mise en relation de ressources génétiques provenant d’un large panel d’espèces de plantes d’intérêt (blé, vigne, peuplier, chêne …) avec des données de caractérisation provenant de jeux de données hétérogènes (génomique, génétique, phénomique, biblio …). Pour cela, la personne recrutée devra poursuivre le développement d’une base graphe (débutée en 2025) pour l’enrichir avec de nouvelles données. Elle devra ensuite développer une interface, qui sera intégrée au système d’information de l’URGI, pour pouvoir interroger les données de cette base graphe et les rendre accessibles.

Objectifs:

• Intégration de données hétérogènes dans une base de données NoSQL. Le(a) candidat(e) devra concevoir l’extension du schéma existant et proposer un ETL (Extract Transform and Load) qui permettra l’intégration des données dans la base via des workflows automatisés et reproductibles.
• Développement d’une interface de visualisation. Le(a) candidat(e) devra proposer une interface permettant l’interrogation de la base graphe et la visualisation des résultats afin de faciliter l’accès aux données.