Stage M2: Cartographier la régulation génique en graphes

SFBI; Versailles; Sur place; EUR 5 600 - 6 700; Plein temps

Résumé du poste

Stage M2 au sein d INRAE URGI à Versailles (France) sur la cartographie et l’exploration des régulations géniques via un graphe de connaissance. Le candidat intégrera et interagira avec des données multi-omiques et des annotations pour construire une base graphe Neo4j.

Le stage de 6 mois vise à modéliser, intégrer et automatiser l’insertion des données, et à proposer des visualisations reproductibles. Date de prise de poste: 4 janvier 2027.

Qualifications

• Maîtrise des commandes UNIX et scripting Python.
• Connaissance souhaitable des bases de données NoSQL.
• Compétences en manipulation de données et pipelines de traitement.

Responsabilités

• Intégrer des données hétérogènes dans une base graphe (Neo4j).
• Concevoir et automatiser un pipeline d’ingestion et de formatage des données omiques.
• Explorer les topologies de réseaux et réaliser des analyses de co-localisation.
• Collaborer à la mise en place d’outils pour l’exploration et la visualisation.

Connaissances

UNIX shell

Python

NoSQL

Formation

Master 2 / Bac+5

Outils

Docker

Description du poste

Stage M2 au sein d INRAE URGI à Versailles (France) sur la cartographie et l’exploration des régulations géniques via un graphe de connaissance. Le candidat intégrera et interagira avec des données multi-omiques et des annotations pour construire une base graphe Neo4j.

Le stage de 6 mois vise à modéliser, intégrer et automatiser l’insertion des données, et à proposer des visualisations reproductibles. Date de prise de poste: 4 janvier 2027.