Stage M2 - Décrypter la transmission des résistances aux antibiotiques entre les compartiments [...]

INRAE; Toulouse; Sur place; EUR 6 700 - 8 900; Plein temps

Résumé du poste

INRAE recrute un stagiaire Master 2 pour l’unité INRAE/ENVT INTHERES, sur le site de l’École Nationale Vétérinaire de Toulouse. Le stage porte sur l’étude CARBA-TER: extraction d’ADN, séquençage et analyses bio-informatiques des EPC dans les compartiments humain, animal et environnemental.

Le candidat travaillera sur l’assemblage, le contrôle de qualité des génomes, l’identification des gènes de résistance et des déterminants de virulence, le typage clonale et la détection des réplicons

Qualifications

• Master/Bac+5 requis ou en cours avec formation pertinente.
• Bon niveau en analyse génomique, bio-informatique et microbiologie.
• Goût pour le travail expérimental en laboratoire et travail en équipe.

Responsabilités

• Extraire l’ADN des isolats pour séquençage.
• Analyser les données et identifier dissémination clonale/plasmidique.
• Réaliser l’assemblage et le contrôle qualité des génomes.
• Identifier les gènes de résistance et les déterminants de virulence.
• Réaliser le typage clonale (MLST, cgMLST) et détecter les plasmides.
• Préparer et effectuer des séquençages long-read et des expériences de transfert in vitro.

Connaissances

Analyse génomique

Bio-informatique

Microbiologie

Travail en équipe

Formation

Master (Bac+5)

Description du poste

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales , implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR1436 INRAE/ENVT INTHERES située sur le site de l’Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse. Cette unité de recherche, composée d’une quarantaine d’agents, est dédiée à la recherche sur les innovations thérapeutiques pour la réduction et l’optimisation des usages des antibiotiques et des antiparasitaires.

Vous intégrerez l’axe «Antibiotiques: pathogènes, microbiote et environnement.» Ce projet de stage de M2 s’inscrit dans le cadre de l’étude CARBA-TER dont l’objectif est de caractériser des entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC) sur le territoire d’une métropole française. Dans ce cadre, des isolats d’EPC ont été isolées à partir de trois compartiments représentant les interfaces « One Health »: (i) la sphère humaine, à travers des souches cliniques issues des centres hospitaliers universitaires (CHU) ; (ii) la sphère animale, à partir de prélèvements de portage digestif réalisés chez des chiens, des chats et des chevaux, hospitalisés ou non ; et (iii) la sphère environnementale, via des souches isolées d’eaux usées domestiques et hospitalières.

Vous serez plus particulièrement en charge de:

L’objectif du stage de M2 sera d’extraire l’ADN de ces isolats en vue de leur séquençage génomique en technologie short-read, puis d’analyser les données obtenues afin d’identifier d’éventuels événements de dissémination clonale et/ou plasmidique entre les trois compartiments. Les analyses bio-informatiques comprendront : (i) l’assemblage et le contrôle qualité des génomes (ii) l’identification des gènes de résistance et des déterminants de virulence, et (iii) le typage clonale (MLST, phylogroupes, cgMLST), et (iv) la détection et la classification des réplicons plasmidiques. À l’issue de ces analyses, une sélection de souches sera soumise à un séquençage en technologie long-read afin de reconstruire les plasmides, de caractériser leur contenu en gènes de résistance et d’évaluer leur potentiel de transfert. Enfin, des expérimentations de transfert in vitro seront menées sur des isolats contenant des plasmides conjugatifs. Ces expérimentations permettront d’évaluer le potentiel de dissémination des plasmides porteurs de gènes de résistance entre bactéries, et de mieux comprendre leur rôle dans la propagation de l’antibiorésistance entre les compartiments humain, animal et environnemental.

Conditions particulières d’activité: analyse génomique, bio-informatique, biologie moléculaire, microbiologie.

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Formation recommandée: Master (Bac+5)

Connaissances souhaitées: bon niveau académique et scientifique en analyse génomique, bio-informatique et microbiologie, être à l’aise avec la recherche et synthèse de ressources bibliographiques.

Aptitudes recherchées: goût pour le travail expérimental en laboratoire, dynamise, aptitude de travail en équipe.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez(selon le type de contrat et sa durée) :

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publiquenotamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité.> En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr

Référence de l'offre

• Durée :6 mois
• Début du contrat :01/01/2027
• Rémunération :selon plafond horaire sécurité sociale